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- PDB-2hms: Rectangular-shaped octameric ring structure of an RCK domain with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2hms | ||||||
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Title | Rectangular-shaped octameric ring structure of an RCK domain with NADH bound | ||||||
![]() | YuaA protein | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / RCK / KTN / KTR / KTRA / KTRAB / ion transporter / symporter | ||||||
Function / homology | ![]() monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Albright, R.A. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: The RCK Domain of the KtrAB K(+) Transporter: Multiple Conformations of an Octameric Ring. Authors: Albright, R.A. / Ibar, J.L. / Kim, C.U. / Gruner, S.M. / Morais-Cabral, J.H. #1: ![]() Title: A Mechanism of Regulating Transmembrane Potassium Flux through a Ligand-Mediated Conformational Switch Authors: Roosild, T.P. / Miller, S. / Booth, I.R. / Choe, S. #2: ![]() Title: Crystal structure and mechanism of a calcium-gated potassium channel Authors: Jiang, Y. / Lee, A. / Chen, J. / Cadene, M. / Chait, B.T. / MacKinnon, R. | ||||||
History |
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Remark 295 | NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 7 .. 144 C 7 .. 144 0.245 M 1 B 7 .. 140 D 7 .. 140 0.146 WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS REMARK: |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 121.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 96.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2hmtC ![]() 2hmuC ![]() 2hmvC ![]() 2hmwC ![]() 1lsuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9999, -0.0112, 0.0031), Vector: Details | The biological assembly is an octameric ring generated from the two dimers of the asymmetric unit by applying these symmetry operators: X, Y, Z and 2+Y-X, Y, 1/3-Z | |
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Components
#1: Protein | Mass: 16076.447 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RCK core domain (KTN), residues 1-144 / Mutation: C22V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NAI / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.49 Å3/Da / Density % sol: 64.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.2 Details: 100mM sodium acetate pH 5.2, 2M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. all: 24595 / Num. obs: 24578 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.961 / Num. unique all: 2428 / Χ2: 1.037 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: single domain from PDB entry 1LSU Resolution: 2.7→50 Å / FOM work R set: 0.851 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 51.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 66.616 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 46
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Xplor file |
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