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- PDB-4j8b: Crystal structure of alpha-COP/Emp47p complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j8b
タイトルCrystal structure of alpha-COP/Emp47p complex
要素
  • Emp47p
  • coatomer alpha subunit
キーワードPROTEIN TRANSPORT / beta propeller domain / Dilysine motif / ER retrieval
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / cargo receptor activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity ...COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / cargo receptor activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative coatomer subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.878 Å
データ登録者Ma, W. / Goldberg, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Rules for the recognition of dilysine retrieval motifs by coatomer.
著者: Ma, W. / Goldberg, J.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: coatomer alpha subunit
B: Emp47p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2432
ポリマ－38,2432
非ポリマー00
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.743, 81.958, 87.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 coatomer alpha subunit


分子量: 37525.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q96WV5
#2: タンパク質・ペプチド Emp47p


分子量: 716.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.878→77.105 Å / Num. all: 33643 / Num. obs: 29390 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.878→59.729 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 1992 6.78 %
Rwork0.1762 --
obs0.1789 29390 98.5 %
all-33643 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.878→59.729 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2457 0 0 163 2620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3563485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.159907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.878-1.92460.24341360.22181913X-RAY DIFFRACTION98
1.9246-1.97670.2461370.2081915X-RAY DIFFRACTION98
1.9767-2.03480.23191450.19721896X-RAY DIFFRACTION97
2.0348-2.10050.24651430.18141952X-RAY DIFFRACTION100
2.1005-2.17560.24111410.18911966X-RAY DIFFRACTION100
2.1756-2.26270.21121500.17911933X-RAY DIFFRACTION99
2.2627-2.36570.23411320.17431955X-RAY DIFFRACTION98
2.3657-2.49040.24861540.19041901X-RAY DIFFRACTION97
2.4904-2.64640.24571360.18961965X-RAY DIFFRACTION100
2.6464-2.85080.24391410.18261956X-RAY DIFFRACTION99
2.8508-3.13760.20391460.16851965X-RAY DIFFRACTION98
3.1376-3.59160.20931370.15731991X-RAY DIFFRACTION99
3.5916-4.52480.18781460.15121989X-RAY DIFFRACTION98
4.5248-59.75920.21141480.19372101X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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