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Yorodumi- PDB-3u4y: The crystal structure of a functionally unknown protein (Dtox_175... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u4y | ||||||
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Title | The crystal structure of a functionally unknown protein (Dtox_1751) from Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771. | ||||||
Components | uncharacterized protein | ||||||
Keywords | Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomi cs / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Lactonase, 7-bladed beta propeller / Lactonase, 7-bladed beta-propeller / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Desulfotomaculum acetoxidans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.994 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of a functionally unknown protein (Dtox_1751) from Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771. Authors: Tan, K. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u4y.cif.gz | 250.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u4y.ent.gz | 214.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u4y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u4y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | Experimentally unknown. It is predicted to be a monomer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 36099.992 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Desulfotomaculum acetoxidans (bacteria) Strain: DSM 771 / Gene: Dtox_1751 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: C8VX32 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1M Succinic acid 15% (w/v) PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97915, 0.97929 | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 27, 2011 / Details: mirror | |||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.994→48.5 Å / Num. all: 15627 / Num. obs: 15627 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 12.4 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 3→3.05 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 754 / % possible all: 97.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.994→48.214 Å / SU ML: 0.95 / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.65 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.811 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.994→48.214 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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