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- PDB-4j6r: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j6r
タイトルCrystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC23 in complex with HIV-1 gp120
要素
  • Envelope glycoprotein gp160
  • HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC23
  • LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC23
キーワードviral protein/immune system / HIV / GP120 / CD4-binding site / VRC23 / NEUTRALIZATION / VACCINE / Antibody / envelope protein / immune system / viral protein-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / viral envelope / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Zhou, T. / Moquin, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Delineating antibody recognition in polyclonal sera from patterns of HIV-1 isolate neutralization.
著者: Georgiev, I.S. / Doria-Rose, N.A. / Zhou, T. / Kwon, Y.D. / Staupe, R.P. / Moquin, S. / Chuang, G.Y. / Louder, M.K. / Schmidt, S.D. / Altae-Tran, H.R. / Bailer, R.T. / McKee, K. / Nason, M. / ...著者: Georgiev, I.S. / Doria-Rose, N.A. / Zhou, T. / Kwon, Y.D. / Staupe, R.P. / Moquin, S. / Chuang, G.Y. / Louder, M.K. / Schmidt, S.D. / Altae-Tran, H.R. / Bailer, R.T. / McKee, K. / Nason, M. / O'Dell, S. / Ofek, G. / Pancera, M. / Srivatsan, S. / Shapiro, L. / Connors, M. / Migueles, S.A. / Morris, L. / Nishimura, Y. / Martin, M.A. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2013年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Envelope glycoprotein gp160
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC23
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,60432
ポリマ－87,2723
非ポリマー3,33229
水18,3751020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.044, 68.692, 214.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC23


分子量: 24445.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 抗体 LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC23


分子量: 22846.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 G

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160


分子量: 39980.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q8J581*PLUS
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 1040分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10.5 % PEG 4000, 4 % MPD, 100 mM Tris/HCl, 200 mM CaCl2 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日
放射モノクロメーター: APS 22ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. all: 113960 / Num. obs: 108035 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 21.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SE9

3se9


解像度: 1.64→23.173 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1976 5396 5 %Radom
Rwork0.1635 ---
obs0.1652 107945 94.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→23.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6015 0 210 1020 7245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.018614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0472315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.635-1.65360.30681710.25612964X-RAY DIFFRACTION84
1.6536-1.67310.25681710.24053285X-RAY DIFFRACTION92
1.6731-1.69350.2711800.22853364X-RAY DIFFRACTION94
1.6935-1.71490.2531970.21813374X-RAY DIFFRACTION94
1.7149-1.73740.26921780.21853374X-RAY DIFFRACTION95
1.7374-1.76120.24251980.21593434X-RAY DIFFRACTION96
1.7612-1.78640.24131860.21083392X-RAY DIFFRACTION96
1.7864-1.8130.22951840.20653474X-RAY DIFFRACTION96
1.813-1.84140.25021690.19843435X-RAY DIFFRACTION96
1.8414-1.87150.23911690.18873431X-RAY DIFFRACTION96
1.8715-1.90380.23871830.18823456X-RAY DIFFRACTION97
1.9038-1.93840.22721990.18213450X-RAY DIFFRACTION96
1.9384-1.97570.23861590.18173482X-RAY DIFFRACTION97
1.9757-2.0160.21821710.1813475X-RAY DIFFRACTION96
2.016-2.05980.21411940.17033386X-RAY DIFFRACTION95
2.0598-2.10770.19421880.16813431X-RAY DIFFRACTION96
2.1077-2.16030.24781580.16733452X-RAY DIFFRACTION95
2.1603-2.21870.21261750.16853440X-RAY DIFFRACTION95
2.2187-2.28390.20881590.1633429X-RAY DIFFRACTION95
2.2839-2.35760.21931720.16163426X-RAY DIFFRACTION95
2.3576-2.44170.19242110.1633362X-RAY DIFFRACTION94
2.4417-2.53940.19991750.15593389X-RAY DIFFRACTION94
2.5394-2.65480.1951820.15683399X-RAY DIFFRACTION94
2.6548-2.79460.20491740.16283369X-RAY DIFFRACTION93
2.7946-2.96930.19111740.16043388X-RAY DIFFRACTION93
2.9693-3.1980.18211830.1493388X-RAY DIFFRACTION93
3.198-3.51890.16561650.14493389X-RAY DIFFRACTION92
3.5189-4.02580.16021810.13923480X-RAY DIFFRACTION94
4.0258-5.06330.16772060.13163659X-RAY DIFFRACTION98
5.0633-23.17520.20221840.18763772X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2292-0.89981.59644.60430.53414.4432-0.1028-0.08340.447-0.3049-0.02410.1237-0.4392-0.1190.090.26260.01090.00020.1806-0.04320.2475-12.3952.33945.4738
22.76490.15980.63052.51020.95063.4674-0.0083-0.4071-0.09250.2987-0.06070.26850.3393-0.40390.0320.2225-0.00690.05080.23130.00070.177-15.8331-20.778347.0053
31.4552-0.489-0.20042.86130.20321.9477-0.0185-0.12110.05570.0956-0.0376-0.09630.0220.1220.050.1341-0.0037-0.00320.1510.00950.11152.4804-26.534427.0636
42.87770.5309-2.12862.5719-1.39876.6984-0.08780.1479-0.1208-0.09320.0811-0.14590.0880.1463-0.00420.11180.0242-0.00360.1119-0.01530.220519.0419-42.3530.505
50.991-0.4422-0.55492.2018-0.18223.7210.05860.08410.0348-0.1116-0.0666-0.03360.0559-0.08210.01420.12480.0321-0.02010.11980.00560.1504-7.0249-19.31327.2084
61.1927-0.80870.23936.312-0.55351.76260.03740.1102-0.2666-0.1460.0276-0.05040.2124-0.0666-0.06520.1316-0.00570.01850.1652-0.02690.19756.8055-47.7853-8.101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain G and (resid 44:253 or resid 476:492)
2X-RAY DIFFRACTION2chain G and resid 254:475
3X-RAY DIFFRACTION3chain H and resid 1:113
4X-RAY DIFFRACTION4chain H and resid 114:217
5X-RAY DIFFRACTION5chain L and resid 1:108
6X-RAY DIFFRACTION6chain L and resid 109:215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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