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- PDB-4j3n: Human Topoisomerase Iibeta in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j3n
タイトルHuman Topoisomerase Iibeta in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
  • DNA topoisomerase 2-beta
キーワードISOMERASE/DNA / TOPRIM DOMAIN / WINGED-HELIX DOMAIN / COILED-COIL DOMAIN / DNA BINDING AND CLEAVAGE / NUCLEUS / ISOMERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / cellular response to ATP / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / forebrain development ...positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / cellular response to ATP / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / forebrain development / ribonucleoprotein complex binding / axonogenesis / B cell differentiation / cellular response to hydrogen peroxide / neuron migration / cellular senescence / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / DTHCT / DTHCT (NUC029) region / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / C-terminal associated domain of TOPRIM ...Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / DTHCT / DTHCT (NUC029) region / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 2-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wu, C.C. / Li, T.K. / Li, Y.C. / Chan, N.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: On the structural basis and design guidelines for type II topoisomerase-targeting anticancer drugs
著者: Wu, C.C. / Li, Y.C. / Wang, Y.R. / Li, T.K. / Chan, N.L.
履歴
登録2013年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2-beta
B: DNA topoisomerase 2-beta
C: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,20913
ポリマ－196,0396
非ポリマー1707
水12,665703
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13910 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area63400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.953, 176.368, 94.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2-beta / DNA topoisomerase II / beta isozyme


分子量: 91928.367 Da / 分子数: 2 / 断片: HTOP2BETA CLEAVAGE CORE, UNP RESIDUES 450-1206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOP2B / プラスミド: PET51B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: Q02880, EC: 5.99.1.3
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量: 2436.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE OLIGONUCLEOTIDE SEQUENCE 5'-AGCCGAGCTGCAGCTCGGCT-3' WAS ORDERED FROM VIOGENE.
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3654.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE OLIGONUCLEOTIDE SEQUENCE 5'-AGCCGAGCTGCAGCTCGGCT-3' WAS ORDERED FROM VIOGENE.
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF DNA USED IN THE EXPERIMENT WAS 5'-AGCCGAGCTGCAGCTCGGCT-3'. AND THE DNAS WERE ...THE SEQUENCE OF DNA USED IN THE EXPERIMENT WAS 5'-AGCCGAGCTGCAGCTCGGCT-3'. AND THE DNAS WERE CLEAVED INTO TWO PIECES (TOTALLY 4 STRANDS, DESIGNATED AS CHAIN C, D, E AND F) DURING EXPERIMENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.1M MAGNESIUM ACETATE, 50MM 2-(N-MORPHOLINO)ETHANESULFONIC ACID PH 5.8, 22% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPT), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月25日
放射モノクロメーター: HORIZONTALLY FOCUSING SINGLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (CRYSTAL TYPE SI(1 1 1))
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 109988 / Num. obs: 103829 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5259 / Rsym value: 0.489 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX(PHENIX.AUTOMR: 1.6.4_486)モデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.6.4_486位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L4K

3l4k


解像度: 2.3→27.31 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 4954 4.99 %Random
Rwork0.176 ---
all0.178 106932 --
obs0.178 99340 92.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.53 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 139.83 Å2 / Biso mean: 46.3339 Å2 / Biso min: 18.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3477 Å2-0 Å26.7788 Å2
2---5.0532 Å2-0 Å2
3---2.7055 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10783 799 7 703 12292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08216477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0864699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041988
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3001-2.38230.28194210.2273857384
2.3823-2.47760.26944520.209898389
2.4776-2.59030.25414660.2046925191
2.5903-2.72670.26125190.2003942093
2.7267-2.89740.25065420.1958955895
2.8974-3.12080.24615050.1917968195
3.1208-3.43430.22715020.1743977396
3.4343-3.930.19465130.1569980396
3.93-4.94660.17595030.1452978896
4.9466-27.31230.20575310.1812955693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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