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- PDB-4ipn: The complex structure of 6-phospho-beta-glucosidase BglA-2 with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ipn
タイトルThe complex structure of 6-phospho-beta-glucosidase BglA-2 with thiocellobiose-6P from Streptococcus pneumoniae
要素6-phospho-beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Hydrolysase
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase activity / : / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
thio-alpha-cellobiose 6-phosphate / 6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.411 Å
データ登録者Yu, W.L. / Jiang, Y.L. / Andreas, P. / Cheng, W. / Bai, X.H. / Ren, Y.M. / Thompsonn, J. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the substrate specificity of a 6-phospho-&[beta]-glucosidase BglA-2 from Streptococcus pneumoniae TIGR4
著者: Yu, W.L. / Jiang, Y.L. / Pikis, A. / Cheng, W. / Bai, X.H. / Ren, Y.M. / Thompson, J. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.
履歴
登録2013年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 6-phospho-beta-glucosidase
E: 6-phospho-beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3294
ポリマ－112,4522
非ポリマー8772
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area33510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.030, 66.650, 133.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 136.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 6-phospho-beta-glucosidase


分子量: 56225.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: bglA-2, SP_0578 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q97S37, UniProt: A0A0H2UP35*PLUS, 6-phospho-beta-glucosidase
#2: 多糖 6-O-phosphono-alpha-L-idopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose / thio-alpha-cellobiose 6-phosphate


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 438.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with S-glycosidic bond between monosaccharides
参照: thio-alpha-cellobiose 6-phosphate
記述子タイププログラム
[][b-D-Glcp4SH]{[(4+S)][a-L-Idop]{[(6+0)][P]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15% polyethylene glycol 5000MME, 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 43252 / Num. obs: 42473 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.411→45.954 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 2143 5.05 %
Rwork0.1745 --
obs0.1784 42398 97.79 %
all-43356 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.585 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.9123 Å20 Å2-3.3355 Å2
2--27.9526 Å2-0 Å2
3----5.0403 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.411→45.954 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7522 0 54 202 7778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14310556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4422826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.411-2.49720.30571980.21583771X-RAY DIFFRACTION92
2.4972-2.59720.39052120.22453991X-RAY DIFFRACTION99
2.5972-2.71540.28672040.22154106X-RAY DIFFRACTION99
2.7154-2.85850.29782190.1984027X-RAY DIFFRACTION99
2.8585-3.03760.25931940.19244131X-RAY DIFFRACTION100
3.0376-3.27210.27722130.19424096X-RAY DIFFRACTION100
3.2721-3.60120.27022100.19454106X-RAY DIFFRACTION100
3.6012-4.12210.24442370.16234082X-RAY DIFFRACTION100
4.1221-5.19220.17912470.12784082X-RAY DIFFRACTION99
5.1922-45.9540.23752090.16263863X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.3121 Å / Origin y: -1.3964 Å / Origin z: 25.7273 Å
111213212223313233
T0.1484 Å2-0.1001 Å2-0.003 Å2-0.1903 Å2-0.0813 Å2--0.1101 Å2
L0.8729 °20.1208 °2-0.174 °2-0.5854 °20.0099 °2--1.3301 °2
S-0.0582 Å °-0.5095 Å °0.1937 Å °0.0695 Å °-0.0725 Å °0.0833 Å °0.0462 Å °0.082 Å °0.0448 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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