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- PDB-5ux5: Structure of Proline Utilization A (PutA) from Corynebacterium fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ux5
タイトルStructure of Proline Utilization A (PutA) from Corynebacterium freiburgense
要素BIFUNCTIONAL PROTEIN Proline utilization A (PutA)
キーワードOXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE / FLAVOENZYME / ROSSMANN FOLD / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / PROLINE CATABOLISM / SUBSTRATE CHANNELING / BIFUNCTIONAL ENZYME / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal ...Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium freiburgense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tanner, J.J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM065546 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM061068 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM103335 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1156692 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure and characterization of a class 3B proline utilization A: Ligand-induced dimerization and importance of the C-terminal domain for catalysis.
著者: Korasick, D.A. / Gamage, T.T. / Christgen, S. / Stiers, K.M. / Beamer, L.J. / Henzl, M.T. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2017年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIFUNCTIONAL PROTEIN Proline utilization A (PutA)
B: BIFUNCTIONAL PROTEIN Proline utilization A (PutA)
C: BIFUNCTIONAL PROTEIN Proline utilization A (PutA)
D: BIFUNCTIONAL PROTEIN Proline utilization A (PutA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)483,72916
ポリマ－477,5484
非ポリマー6,18012
水00
1
A: BIFUNCTIONAL PROTEIN Proline utilization A (PutA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9324
ポリマ－119,3871
非ポリマー1,5453
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BIFUNCTIONAL PROTEIN Proline utilization A (PutA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9324
ポリマ－119,3871
非ポリマー1,5453
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BIFUNCTIONAL PROTEIN Proline utilization A (PutA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9324
ポリマ－119,3871
非ポリマー1,5453
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: BIFUNCTIONAL PROTEIN Proline utilization A (PutA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9324
ポリマ－119,3871
非ポリマー1,5453
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.959, 116.360, 140.734
Angle α, β, γ (deg.)71.480, 89.680, 83.420
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 9 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 9 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 9 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 9 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 9 and (name N or name...A0
211(chain B and ((resid 9 and (name N or name...B0
311(chain C and ((resid 9 and (name N or name...C0
411(chain D and ((resid 9 and (name N or name...D0

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要素

#1: タンパク質
BIFUNCTIONAL PROTEIN Proline utilization A (PutA)


分子量: 119387.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium freiburgense (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1X8XLF1*PLUS, EC: 1.5.5.22, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: The reservoir contained three volumes of solution A and one volume of solution B. Solution A:0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Bis-tris pH 6.5, 25% w/v polyethylene glycol 3,350 ...詳細: The reservoir contained three volumes of solution A and one volume of solution B. Solution A:0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Bis-tris pH 6.5, 25% w/v polyethylene glycol 3,350 Solution B: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% w/v polyethylene glycol 6,000, 5% v/v (+/-)-2-Methyl-2, 4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→63.295 Å / Num. obs: 137220 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 46.26 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.751.90.4880.620.4850.68998
14.79-63.2920.0160.9990.0160.02397.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.9データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QAN

3qan


解像度: 2.7→63.29 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 6784 4.95 %
Rwork0.1828 --
obs0.1854 137069 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.43 Å2 / Biso mean: 51.5769 Å2 / Biso min: 18.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→63.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29280 0 372 0 29652
Biso mean--58.6 --
残基数----3849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00930289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02941339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.92718101
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A15628X-RAY DIFFRACTION6.906TORSIONAL
12B15628X-RAY DIFFRACTION6.906TORSIONAL
13C15628X-RAY DIFFRACTION6.906TORSIONAL
14D15628X-RAY DIFFRACTION6.906TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.73070.34922210.27284316453798
2.7307-2.76280.33242370.27044320455798
2.7628-2.79650.31722500.25284245449598
2.7965-2.83190.3412370.25714383462098
2.8319-2.86920.33112300.26584255448598
2.8692-2.90850.33932230.26774353457698
2.9085-2.950.35831970.25864328452598
2.95-2.99410.30852220.25814336455898
2.9941-3.04080.31872140.24044336455098
3.0408-3.09070.29682600.23844264452498
3.0907-3.1440.31512210.24234382460398
3.144-3.20120.32472160.23454259447598
3.2012-3.26270.27982420.21814340458298
3.2627-3.32930.26862040.2264336454098
3.3293-3.40170.25992350.22154365460098
3.4017-3.48080.2512080.19834329453798
3.4808-3.56790.26032310.18154334456598
3.5679-3.66430.24552180.16814383460199
3.6643-3.77210.23882330.17144316454999
3.7721-3.89390.21072380.16334399463799
3.8939-4.0330.1932400.15734322456299
4.033-4.19450.18212040.14294384458899
4.1945-4.38530.18752380.13734355459399
4.3853-4.61650.18482220.13554359458199
4.6165-4.90560.18282290.13324374460399
4.9056-5.28420.19542020.15124431463399
5.2842-5.81560.22012250.16924380460599
5.8156-6.65640.21252090.16784377458699
6.6564-8.38330.19542240.15614399462399
8.3833-63.31190.17932560.15564323457999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5455-0.17290.98180.4374-0.26021.1476-0.04690.23680.1957-0.0319-0.0392-0.0479-0.0230.0140.05550.3058-0.01370.05740.26510.04860.217986.2743108.1712-7.1082
21.5502-0.2696-0.37850.74370.16370.6539-0.04540.2605-0.4233-0.00170.06720.00750.17990.0579-0.02520.4256-0.0121-0.02210.2608-0.13680.3962108.077350.40639.2947
31.78520.19430.450.82370.13990.8379-0.0906-0.29990.50510.05430.08940.0218-0.1520.0611-0.00260.35090.02830.00860.3139-0.09970.445565.7702124.949452.4992
41.8704-0.1129-0.53260.4854-0.16490.9076-0.0906-0.4624-0.2385-0.02460.05570.0680.0736-0.06150.02290.32150.0121-0.03550.43940.13350.313643.953667.12568.7449
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and not (resname FAD or resname NAD)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and not (resname FAD or resname NAD)B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and not (resname FAD or resname NAD)C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and not (resname FAD or resname NAD)D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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