PDB-4ilj: Crystal structure of an Prp8p RNaseH W1911A mutant protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ilj

タイトル

Crystal structure of an Prp8p RNaseH W1911A mutant protein

要素

Pre-mRNA-splicing factor 8

キーワード

SPLICING / U5 snRNP assembly / Aar2 / Prp8

機能・相同性

機能・相同性情報

generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.0001 Å

データ登録者

Weber, G. / Heroven, C. / Santos, K.F. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for dual roles of Aar2p in U5 snRNP assembly.
著者: Weber, G. / Cristao, V.F. / Santos, K.F. / Jovin, S.M. / Heroven, A.C. / Holton, N. / Luhrmann, R. / Beggs, J.D. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2012年12月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月27日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ilj.cif.gz	232.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ilj.ent.gz	188.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ilj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ilj_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ilj_full_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示
XML形式データ	4ilj_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	4ilj_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ilgC 4iliC 3eo9S 4ilh C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3e9p-1 3e66-1 4jjr-1 3pz6-1 2jhn-2 4axs-d 4tkn-2 3pcs-4 2ov9-2 4tkn-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (22) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Pre-mRNA-splicing factor 8

B: Pre-mRNA-splicing factor 8

58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pre-mRNA-splicing factor 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pre-mRNA-splicing factor 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.600, 85.022, 95.955
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pre-mRNA-splicing factor 8 分子量: 29385.980 Da / 分子数: 2 / 断片: yPrp8 RNaseH (UNP Residues 1835-2090) / 変異: W1911A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2, YHR165C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33334
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Pre-mRNA-splicing factor 8

分子量: 29385.980 Da / 分子数: 2 / 断片: yPrp8 RNaseH (UNP Residues 1835-2090) / 変異: W1911A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2, YHR165C / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33334

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, 12% PEG 3350, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 42465 / Num. obs: 42335 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.57 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EO9

3eo9

解像度: 2.0001→37.8 Å / SU ML: 0.21 / 位相誤差: 22.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2262	2117	5 %	RANDOM
R_work	0.1799	-	-	-
all	0.1822	42465	-	-
obs	0.1822	42330	99.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.0001→37.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4068	0	0	366	4434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4389
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.188	5989
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.442	1672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	701
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	765

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0001-2.0466	0.2795	138	0.2437	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0466-2.0978	0.2687	140	0.2199	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0978-2.1545	0.2871	139	0.2115	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1545-2.2179	0.2591	139	0.2108	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2179-2.2895	0.2764	140	0.2001	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2895-2.3713	0.2513	140	0.1936	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3713-2.4662	0.2403	139	0.1829	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4662-2.5784	0.252	142	0.1892	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.7144	0.2271	141	0.1855	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7144-2.8844	0.2553	139	0.1877	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8844-3.107	0.2672	142	0.1979	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.107-3.4194	0.242	142	0.1828	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4194-3.9138	0.2181	143	0.1654	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9138-4.9293	0.1634	143	0.1449	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9293-37.8067	0.2035	150	0.1763	2861	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5892	-1.7907	0.4926	2.1402	-1.2561	1.3716	-0.0088	-0.1489	-0.0226	0.1584	0.0071	0.0961	0.0796	-0.1775	-0.0113	0.2168	0.0096	-0.0048	0.2007	-0.0041	0.1728	-34.0122	-4.2422	10.7926
2	1.1817	-0.5535	-0.0996	2.6865	0.1218	2.0588	0.0111	0.0086	-0.0761	0.244	0.0099	0.0669	0.1143	-0.0164	0.0077	0.1792	-0.0018	0.0099	0.2065	0.0037	0.2046	-37.7993	-3.2515	6.0382
3	2.5224	-1.9531	0.6585	4.1162	-0.2554	3.0287	0.289	0.1566	-0.3515	-0.7437	-0.201	0.0372	0.5306	0.4271	0.0293	0.4177	0.1109	-0.0197	0.3545	-0.0453	0.2914	-28.7265	-14.0886	-9.2966
4	2.5015	0.5221	-0.0503	1.1014	0.4894	0.2487	-0.41	0.7863	-0.7917	-1.392	-0.1762	0.5203	0.3132	-0.5591	-0.0399	0.4599	-0.0853	0.0892	0.4689	-0.1051	0.467	-16.6654	-34.7651	10.8777
5	1.0419	-0.176	-0.4905	2.126	-0.1375	1.9526	0.1332	-0.0668	0.0355	-0.0789	-0.1983	0.0229	-0.3778	0.4258	-0.0361	0.2247	-0.0221	0.0215	0.3012	0.0391	0.2131	-24.0957	-26.6406	25.3422
6	1.1463	0.6798	-0.4927	2.1059	-0.4876	0.9338	0.084	-0.0925	0.1492	0.3483	-0.0472	0.3894	-0.315	-0.0071	-0.0576	0.2984	0.024	0.0695	0.2546	0.0171	0.2854	-29.3735	-22.1399	33.4567
7	2.3026	1.8197	-2.6053	2.5029	-2.3133	3.2395	0.0528	0.2048	0.1294	0.2152	0.1926	0.6395	-0.1668	-0.451	-0.1215	0.3312	0.0043	-0.0544	0.3336	0.0286	0.3661	-33.1637	-20.8562	22.5842
8	1.0654	-0.3204	-0.8566	2.5439	-0.5176	1.7222	-0.2226	0.2946	-0.0504	-0.8649	0.1544	0.1428	0.332	-0.0731	-0.0047	0.364	-0.0596	-0.0631	0.3028	0.0348	0.2634	-25.9712	-23.2863	14.7137
9	2.1981	-0.4603	0.3286	1.8238	0.0806	1.4115	-0.2412	-0.18	-0.0838	-0.5843	0.3441	0.1843	0.0473	-0.1952	-0.0411	0.4709	-0.0844	-0.0679	0.3071	0.031	0.2957	-26.1609	-28.5095	13.1025
10	1.84	0.4685	-0.267	2.0979	-0.2361	0.4206	0.173	-0.3749	0.2227	0.2841	-0.0682	-0.1782	-0.2795	0.2528	-0.0276	0.2806	-0.0235	0.03	0.2663	0.0151	0.2706	-15.3631	-19.7638	30.4494
11	2.1931	0.0416	0.6649	2.4902	0.4597	1.47	-0.0313	-0.5136	-0.0875	0.2688	0.0583	-0.4892	-0.0752	0.0221	0.0026	0.1261	0.0054	-0.0293	0.2608	0.0484	0.1876	-6.3514	-28.2483	31.5026
12	2.5738	1.9026	0.0144	4.7987	0.0099	1.3941	0.0356	-0.4048	-0.3205	0.3775	-0.1249	-0.8823	0.3931	0.3268	0.0433	0.3532	0.0604	0.0284	0.3882	0.0733	0.5121	-3.173	-38.4106	30.7505
13	1.1442	-0.7921	0.3106	2.2077	-0.8962	1.1537	-0.2625	0.7018	-0.2126	-0.4866	-0.0406	-0.9526	1.1006	0.1969	0.0603	0.6769	0.082	0.0872	0.5231	0.046	0.7204	-5.8487	-48.7356	24.3155

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1833 through 1904 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1905 through 2026 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 2027 through 2086 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1833 through 1844 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1845 through 1864 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1865 through 1904 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1905 through 1923 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1924 through 1947 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1948 through 1964 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1965 through 2000 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2001 through 2044 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 2045 through 2067 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 2068 through 2086 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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