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- PDB-4ihy: Crystal structure of Fis bound to 27bp Inosine substituted DNA F2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ihy
タイトルCrystal structure of Fis bound to 27bp Inosine substituted DNA F29-dI (AAATTTGTTTGIICICTGAGCAAATTT)
要素
  • 27-bp DNA Strand A
  • 27-bp DNA Strand B
  • DNA-binding protein fis
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Protein-DNA complex / HTH domain / minor groove compression / DNA bending / indirect recognition / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DNA / DNA (> 10) / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hancock, S.P. / Cascio, D. / Johnson, R.C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Control of DNA minor groove width and Fis protein binding by the purine 2-amino group.
著者: Hancock, S.P. / Ghane, T. / Cascio, D. / Rohs, R. / Di Felice, R. / Johnson, R.C.
履歴
登録2012年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22013年7月31日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein fis
B: DNA-binding protein fis
C: 27-bp DNA Strand A
D: 27-bp DNA Strand B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0214
ポリマ－39,0214
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.210, 94.050, 155.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein fis / Factor for Inversion Stimulation


分子量: 11252.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ECDH1ME8569_3147, EcDH1_0445, fis / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9QXL3
#2: DNA鎖 27-bp DNA Strand A


分子量: 8316.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 27-bp DNA Strand B


分子量: 8198.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 36% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月24日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 14611 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.72 % / Biso Wilson estimate: 69.195 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 10.18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.9-2.980.9472.197852104899.9
2.98-3.060.7662.738578104399.8
3.06-3.150.4954.02802699699.7
3.15-3.240.3235.417909983100
3.24-3.350.2716.16780396499.8
3.35-3.470.2137.46708389699.7
3.47-3.60.1828.71718890299.1
3.6-3.740.1649.81662984899.8
3.74-3.910.13910.78655583199.9
3.91-4.10.12512.56597578399.1
4.1-4.320.10614.38582576199.2
4.32-4.590.09515.25527769499.1
4.59-4.90.08915.65525968498.8
4.9-5.290.09115.31469462799.7
5.29-5.80.08716.24432058499.8
5.8-6.480.08416.353851544100
6.48-7.490.07183532483100
7.49-9.170.06619.07297141199.8
9.17-12.970.0619.41230233799.7
12.970.06318.06113919295

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.54 Å77.52 Å
Translation7.54 Å77.52 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IV5

3iv5


解像度: 2.9→59.819 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7023 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 34.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2704 1451 9.97 %RANDOM
Rwork0.2279 ---
obs0.2323 14553 99.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.63 Å2 / Biso mean: 38.8703 Å2 / Biso min: 9.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→59.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1505 1096 0 4 2605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5573932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.3091108
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-3.00370.41841400.324412581398100
3.0037-3.1240.34971450.307113111456100
3.124-3.26610.3111410.28711274141599
3.2661-3.43830.35731430.25521283142699
3.4383-3.65370.29181440.24481302144699
3.6537-3.93580.28691450.231613181463100
3.9358-4.33170.24721440.21931300144499
4.3317-4.95830.23981450.20361300144599
4.9583-6.24590.25621480.223713471495100
6.2459-59.83180.22591560.19021409156598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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