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- PDB-4ifx: Crystal structure of Treponema pallidum TP0796 Flavin trafficking... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ifx
タイトルCrystal structure of Treponema pallidum TP0796 Flavin trafficking protein, FAD substrate bound form
要素Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE
キーワードHYDROLASE / bimetal center / FAD pyrophosphatase / flavin turnover / Treponema pallidum
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD:protein FMN transferase / transferase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-fold / ApbE-like domains / Flavin transferase ApbE / ApbE family / ApbE-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD:protein FMN transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.452 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The TP0796 Lipoprotein of Treponema pallidum Is a Bimetal-dependent FAD Pyrophosphatase with a Potential Role in Flavin Homeostasis.
著者: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Liu, W.Z. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V.
履歴
登録2012年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Structure summary
改定 1.22013年3月13日Group: Database references
改定 1.32013年5月8日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6956
ポリマ－36,7431
非ポリマー9525
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.825, 47.079, 57.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-567-

HOH

21A-574-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE


分子量: 36742.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ)
株: Nichols / 遺伝子: apbE, tp0796, TP_0796 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O83774
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: hanging-drop vapor diffusion / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 0.8 M sodium acetate, 0.1 M NaCl, 20% (w/v) ethylene glycol, pH 6.5, hanging-drop vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月18日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 53215 / Num. obs: 53215 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.45-1.483.30.628195.3
1.48-1.53.60.592196.9
1.5-1.533.80.494197.3
1.53-1.5640.424197.3
1.56-1.64.10.352198.7
1.6-1.634.10.313197.7
1.63-1.674.10.252198
1.67-1.724.10.225199
1.72-1.774.10.182198.4
1.77-1.834.10.143198.4
1.83-1.894.10.109198.7
1.89-1.974.10.093198.7
1.97-2.064.10.065199.1
2.06-2.174.10.058199.3
2.17-2.34.10.05199.5
2.3-2.484.10.043199.5
2.48-2.7340.039199.8
2.73-3.123.90.026199.6
3.12-3.9440.018199.6
3.94-5040.016196.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0032精密化
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
DENZOデータ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4IFU

4ifu


解像度: 1.452→28.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU B: 2.554 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20354 2687 5.1 %RANDOM
Rwork0.17237 ---
obs0.17391 50440 97.96 %-
all-53127 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å21.12 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.452→28.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2521 0 63 247 2831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0192722
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2281.9883719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94836006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6825348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.20522.437119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.24915424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5781528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02647
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.452→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 195 -
Rwork0.302 3488 -
obs--92.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06670.24030.00982.0755-0.05922.03440.05310.0440.02840.0432-0.06130.0046-0.02990.10550.00810.0387-0.0053-0.00450.10830.00850.075952.023248.7693.1794
21.09830.5790.40552.960.40362.99020.0159-0.01740.13140.27180.07170.0728-0.40780.0535-0.08760.11180.00430.04960.0395-0.01030.063332.90346.774720.9607
33.0358-1.08640.65816.30321.18534.8490.0676-0.2313-0.13510.89830.1542-0.2550.62770.4731-0.22180.20630.0339-0.03730.089-0.02330.046736.134132.517830.5031
40.2467-0.16730.21310.709-0.1220.189-0.0302-0.05110.01190.10530.02560.1288-0.0238-0.05450.00460.06470.00130.01070.0662-0.00220.082536.504946.427810.7297
51.2294-0.11750.35192.8359-0.72153.2690.0603-0.0591-0.1158-0.0334-0.1364-0.25750.26940.32050.07610.06190.0013-0.00980.0886-0.00920.093146.517429.66470.7781
68.3062-2.43592.54354.4073-0.40832.03360.03510.1783-0.10670.3209-0.0094-0.39580.05880.2533-0.02570.09710.0044-0.02670.04070.00110.054942.6124.245424.914
70.934-0.5569-0.35482.0650.31650.6850.02960.086-0.0553-0.0622-0.06490.18690.0021-0.03420.03540.0473-0.0033-0.01970.0622-0.00520.076235.771524.38925.2261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3A95 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4A134 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5A200 - 243
6X-RAY DIFFRACTION6A244 - 266
7X-RAY DIFFRACTION7A267 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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