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- PDB-4i8v: Human Cytochrome P450 1A1 in complex with alpha-naphthoflavone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i8v
タイトルHuman Cytochrome P450 1A1 in complex with alpha-naphthoflavone
要素Cytochrome P450 1A1
キーワードOXIDOREDUCTASE / monooxygenase / cytochrome P450 / P450 / CYP1A1 / P450 1A1 / heme / aryl hydrocarbon hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate monooxygenase activity / ethylene metabolic process / flavonoid 3'-monooxygenase activity / insecticide metabolic process / dibenzo-p-dioxin catabolic process / long-chain fatty acid omega-hydroxylase activity / response to diphenyl ether / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors / response to Aroclor 1254 / phenol-containing compound metabolic process ...arachidonate monooxygenase activity / ethylene metabolic process / flavonoid 3'-monooxygenase activity / insecticide metabolic process / dibenzo-p-dioxin catabolic process / long-chain fatty acid omega-hydroxylase activity / response to diphenyl ether / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors / response to Aroclor 1254 / phenol-containing compound metabolic process / long-chain fatty acid omega-1 hydroxylase activity / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase activity / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / omega-hydroxylase P450 pathway / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / demethylase activity / coumarin metabolic process / response to iron(III) ion / response to 3-methylcholanthrene / porphyrin-containing compound metabolic process / maternal process involved in parturition / flavonoid metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / Biosynthesis of protectins / epoxygenase P450 pathway / tissue remodeling / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / vitamin D 24-hydroxylase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / estrogen 2-hydroxylase activity / vitamin D metabolic process / steroid biosynthetic process / hepatocyte differentiation / amine metabolic process / Xenobiotics / response to arsenic-containing substance / camera-type eye development / response to nematode / response to vitamin A / hydrogen peroxide biosynthetic process / digestive tract development / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / response to herbicide / long-chain fatty acid biosynthetic process / response to food / steroid metabolic process / response to immobilization stress / response to hyperoxia / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / nitric oxide metabolic process / Hsp70 protein binding / xenobiotic metabolic process / cellular response to copper ion / Hsp90 protein binding / monooxygenase activity / PPARA activates gene expression / fatty acid metabolic process / oxygen binding / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP1 / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHENYL-4H-BENZO[H]CHROMEN-4-ONE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRATE ION / Cytochrome P450 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Walsh, A.A. / Scott, E.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Human Cytochrome P450 1A1 Structure and Utility in Understanding Drug and Xenobiotic Metabolism.
著者: Walsh, A.A. / Szklarz, G.D. / Scott, E.E.
履歴
登録2012年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22013年5月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 1A1
B: Cytochrome P450 1A1
C: Cytochrome P450 1A1
D: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,51815
ポリマ－223,7774
非ポリマー3,74111
水3,261181
1
A: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9575
ポリマ－55,9441
非ポリマー1,0134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8954
ポリマ－55,9441
非ポリマー9513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8333
ポリマ－55,9441
非ポリマー8892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8333
ポリマ－55,9441
非ポリマー8892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.003, 195.491, 235.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 1A1 / CYPIA1 / Cytochrome P450 form 6 / Cytochrome P450-C / Cytochrome P450-P1


分子量: 55944.156 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP1A1 / プラスミド: pkk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3 / 参照: UniProt: P04798, unspecific monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-BHF / 2-PHENYL-4H-BENZO[H]CHROMEN-4-ONE / 7,8-BENZOFLAVONE / ALPHA-NAPHTHOFLAVONE


分子量: 272.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12O2
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.27 %
結晶化温度: 277.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M bis-tris propane/HCl, 200 mM sodium malonate, 14% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月18日 / 詳細: RH coated flat mirror, toroidal focusing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→38.24 Å / Num. obs: 93519 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 12.3 / Num. unique all: 6776 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HI4

2hi4


解像度: 2.6→38.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 9.695 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24353 4687 5 %RANDOM
Rwork0.18842 ---
obs-88726 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.472 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15083 0 268 181 15532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01915765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0215002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6661.97921417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg334450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg51877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.343709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg152676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.22313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.02117701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.023827
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 349 -
Rwork0.292 6417 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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