PDB-4i74: Crystal structure of the Trypanosoma brucei Inosine-Adenosine-Gua...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i74

タイトル

Crystal structure of the Trypanosoma brucei Inosine-Adenosine-Guanosine nucleoside hydrolase in complex with compound UAMC-00312 and allosterically inhibited by a Ni2+ ion

要素

Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / nucleoside hydrolase / open (alpha / beta) structure / NH fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleosidase / purine nucleosidase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / glycosome / purine ribonucleoside salvage / purine nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Giannese, F. / Degano, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of purine nucleosidase from Trypanosoma brucei bound to isozyme-specific trypanocidals and a novel metalorganic inhibitor
著者: Giannese, F. / Berg, M. / Van der Veken, P. / Castagna, V. / Tornaghi, P. / Augustyns, K. / Degano, M.

履歴

登録	2012年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i74.cif.gz	84.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i74.ent.gz	65.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i74_validation.pdf.gz	803.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i74_full_validation.pdf.gz	806.3 KB	表示
XML形式データ	4i74_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	4i74_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/4i74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/4i74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i70C 4i71C 4i72C 4i73C 4i75C 3epw 3fz0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i75-d 4i73-2 4i70-1 3qvm-d 3b9g-d 3epx-d 2r2d-1 2ff1-d 3ebl-9 3a2n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

A: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.120, 69.420, 130.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase 分子量: 36167.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.3.2960 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57ZL6, purine nucleosidase

#1: タンパク質

Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

分子量: 36167.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.3.2960 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57ZL6, purine nucleosidase

-
非ポリマー , 5種, 291分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-MBY / (2R,3R,4S)-2-(hydroxymethyl)-1-[(4-hydroxythieno[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]pyrrolidine-3,4-diol 分子量: 297.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₃O₄S
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	MBY 408 AND NI 406, TRS 409 PLACE THE ALTERNATE POSITIONS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.52 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 詳細: 0.1M Tris, 23% PEGMME2000, 10mM Ni2SO4, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月21日

放射

モノクロメーター: Diamond (001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.68→42.91 Å / Num. all: 31441 / Num. obs: 31441 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 21.247 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 18.94

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique all	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.68-1.72		6.5	0.52	0.657	2.94	14873	2302	2283	2283	0.711	99.2
1.72-1.77			0.406	0.523	3.62	14884	2265		2263	0.567	99.9
1.77-1.82			0.359	0.451	4.36	14777	2178		2175	0.488	99.9
1.82-1.88			0.277	0.361	5.52	14372	2078		2078	0.39	100
1.88-1.94			0.205	0.279	7.2	14615	2086		2083	0.301	99.9
1.94-2.01			0.153	0.217	9.58	14072	1986		1983	0.234	99.8
2.01-2.08			0.112	0.169	12.23	13861	1922		1922	0.182	100
2.08-2.17			0.097	0.14	14.47	13477	1854		1852	0.15	99.9
2.17-2.27			0.082	0.118	16.81	12838	1754		1754	0.127	100
2.27-2.38			0.068	0.1	19.71	12439	1708		1708	0.107	100
2.38-2.5			0.061	0.09	21.31	11852	1632		1632	0.097	100
2.5-2.66			0.05	0.073	25.42	11173	1541		1540	0.079	99.9
2.66-2.84			0.041	0.063	28.37	10516	1454		1453	0.068	99.9
2.84-3.07			0.031	0.051	33.41	9780	1363		1363	0.055	100
3.07-3.36			0.024	0.042	39.99	8966	1241		1241	0.046	100
3.36-3.76			0.02	0.034	46.32	8086	1138		1138	0.037	100
3.76-4.34			0.017	0.03	49.16	7169	1023		1023	0.032	100
4.34-5.31			0.016	0.028	51.69	5969	860		860	0.03	100
5.31-7.51			0.016	0.031	48.59	4697	686		686	0.034	100
	7.51		0.014	0.025	52.43	2427	406		404	0.027	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→42.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.1732 / WR_factor R_work: 0.1403 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.9029 / SU B: 1.905 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1017 / SU R_free: 0.0998 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.188	1590	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1501	-	-	-
obs	0.1521	31439	99.89 %	-
all	-	31439	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.15 Å² / B_iso mean: 20.6601 Å² / B_iso min: 2.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→42.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2506	0	36	281	2823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2655
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.68	1.97	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.002	3	4331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.236	5	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.694	25.189	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.352	15	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.25	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.887	1.5	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.258	1.5	669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.561	2	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.475	3	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.124	4.5	905

LS精密化シェル

解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	115	-
R_work	0.191	2166	-
all	-	2281	-
obs	-	-	99.17 %

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