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- PDB-4i4t: Crystal structure of tubulin-RB3-TTL-Zampanolide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i4t
タイトルCrystal structure of tubulin-RB3-TTL-Zampanolide complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin Tyrosine ligase, TTL
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードCELL CYCLE / Alpha-tubulin / beta-tubulin / ligase / GTPase / stathmin / zamanolide
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / protein modification process / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / growth cone / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / ATP-grasp fold, A domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Dna Ligase; domain 1 / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TYROSINE / Chem-ZPN / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Prota, A.E. / Steinmetz, M.O.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Molecular Mechanism of Action of Microtubule-Stabilizing Anticancer Agents.
著者: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Zurwerra, D. / Field, J.J. / Diaz, J.F. / Altmann, K.H. / Steinmetz, M.O.
#1: ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of tubulin tyrosination by tubulin tyrosine ligase.
著者: Prota, A.E. / Magiera, M.M. / Kuijpers, M. / Bargsten, K. / Frey, D. / Wieser, M. / Jaussi, R. / Hoogenraad, C.C. / Kammerer, R.A. / Janke, C. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2012年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22013年2月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin Tyrosine ligase, TTL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,60332
ポリマ－261,3056
非ポリマー4,29826
水27,4191522
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.770, 158.640, 179.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50041.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin Tyrosine ligase, TTL


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

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非ポリマー , 11種, 1548分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#12: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-ZPN / (2Z,4E)-N-[(S)-[(1S,2E,5S,8E,10Z,17S)-3,11-dimethyl-19-methylidene-7,13-dioxo-6,21-dioxabicyclo[15.3.1]henicosa-2,8,10-trien-5-yl](hydroxy)methyl]hexa-2,4-dienamide / (-)-ZAMPANOLIDE (Bound form)


分子量: 497.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H39NO6
#14: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細BRAIN TUBULIN PREPARATIONS CONTAIN THREE TUBULIN SUBPOPULATIONS: TYROSINATED (20-30%), DE- ...BRAIN TUBULIN PREPARATIONS CONTAIN THREE TUBULIN SUBPOPULATIONS: TYROSINATED (20-30%), DE-TYROSINATED (30-40%) AND DELTA-2 TUBULIN (ABOUT 40%) (LACKING THE CARBOXYTERMINAL GLUTAMYL-TYROSINE). TUBULIN-TYROSINE LIGASE BINDS ALL THREE VARIANTS, BUT ONLY CAN MODIFY DE-TYROSINATED TUBULIN. ALTHOUGH ALL SUBPOPULATIONS ARE PRESENT IN THE CRYSTAL, ONLY THE DE-TYROSINATED FORM WAS MODELED WITH A TERMINAL CARBOXYLATE TO DESCRIBE THE LIGASE REACTION. IN THE SEQRES RECORD FOR CHAIN A THE TERMINAL TYR WAS OMITTED TO MATCH THE MODELED VARIANT OF ALPHA-TUBULIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 3% PEG 4000, 4-6% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM MES/Imidazole, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99995 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月29日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator, Sagittally - horizontally focussed
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→79.4 Å / Num. all: 275149 / Num. obs: 274535 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 33.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 13.35
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RYC, 3TIN

3ryc

3tin


解像度: 1.8→79.32 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 13945 5.08 %
Rwork0.1711 --
obs0.1728 274515 99.77 %
all-274535 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.35 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1254 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.3509 Å2-0 Å2
3----2.1148 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→79.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17547 0 265 1522 19334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17925453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7037082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0692788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82050.34554730.33688477X-RAY DIFFRACTION99
1.8205-1.84190.33274700.32218551X-RAY DIFFRACTION99
1.8419-1.86430.34684910.32028599X-RAY DIFFRACTION100
1.8643-1.88790.3414470.31888600X-RAY DIFFRACTION99
1.8879-1.91280.33964160.29978591X-RAY DIFFRACTION99
1.9128-1.9390.3274900.29548594X-RAY DIFFRACTION100
1.939-1.96670.3034990.27528553X-RAY DIFFRACTION100
1.9667-1.99610.26424780.2518600X-RAY DIFFRACTION100
1.9961-2.02720.26114480.23498642X-RAY DIFFRACTION100
2.0272-2.06050.27575020.2298582X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.0960.25014480.21678621X-RAY DIFFRACTION100
2.096-2.13410.23514760.19848633X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.17520.22134370.18088654X-RAY DIFFRACTION100
2.1752-2.21960.21624620.17578633X-RAY DIFFRACTION100
2.2196-2.26790.21134430.17778706X-RAY DIFFRACTION100
2.2679-2.32060.21524830.16698632X-RAY DIFFRACTION100
2.3206-2.37860.20174470.16298692X-RAY DIFFRACTION100
2.3786-2.4430.18984880.15418668X-RAY DIFFRACTION100
2.443-2.51490.20324440.1518668X-RAY DIFFRACTION100
2.5149-2.5960.20364710.16268694X-RAY DIFFRACTION100
2.596-2.68880.20664480.16488736X-RAY DIFFRACTION100
2.6888-2.79650.2174850.16698662X-RAY DIFFRACTION100
2.7965-2.92380.20834360.16178761X-RAY DIFFRACTION100
2.9238-3.07790.18384380.168753X-RAY DIFFRACTION100
3.0779-3.27080.20414360.16868789X-RAY DIFFRACTION100
3.2708-3.52330.20764980.17018759X-RAY DIFFRACTION100
3.5233-3.87780.18524630.15448798X-RAY DIFFRACTION100
3.8778-4.43890.15414460.12658840X-RAY DIFFRACTION100
4.4389-5.59240.15064910.12838903X-RAY DIFFRACTION100
5.5924-79.39710.21394910.18689179X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.025-0.2207-0.45762.11110.76571.71590.04980.06560.1381-0.17340.0893-0.1241-0.38310.1574-0.12230.3086-0.04490.05690.246-0.07610.224231.606288.552151.3548
20.53850.0947-0.22281.53280.72091.92230.08480.00450.04190.2202-0.09110.1866-0.1016-0.1508-0.00350.2908-0.00570.05780.2485-0.07010.273319.101982.888165.311
30.4634-0.2546-0.03022.97680.99981.2077-0.0007-0.10620.08030.4906-0.00170.1711-0.027-0.07440.00670.3734-0.0170.09250.2741-0.07670.273218.688284.064172.9221
41.4425-0.3184-0.97652.30992.31234.3385-0.0746-0.1325-0.17410.5660.212-0.17290.59290.5441-0.13610.37930.0588-0.02620.2456-0.07220.32732.92562.464260.3998
50.01160.008-0.02450.01230.0050.0334-0.30830.0172-0.7504-0.611-0.1579-0.8191-0.2208-0.11410.32781.3758-0.05270.32850.4929-0.04490.896617.239856.381787.7257
62.6015-0.928-0.50153.83350.83592.16440.06250.11170.5543-0.3058-0.18460.2317-0.7428-0.21460.11980.38040.0634-0.04360.2356-0.03440.349216.171870.05519.2617
71.7306-0.2288-0.16372.86350.01381.93070.05660.27470.0473-0.3012-0.0339-0.1951-0.31190.249-0.02350.2493-0.03940.02980.3323-0.0310.213429.164456.083114.317
81.55240.51680.1473.20190.962.09650.0287-0.12460.11450.0118-0.0133-0.0487-0.160.0123-0.00010.19340.00280.02510.2587-0.07650.238724.517853.403526.1181
94.0159-0.34071.18970.2457-0.33330.8469-0.3573-0.405-0.19730.2645-0.17820.4541-0.0314-0.7690.19460.1514-0.0620.15850.631-0.35510.50095.448651.088228.0721
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111.5972-0.47390.69041.110.09731.6576-0.1376-0.2080.16770.2779-0.230.2503-0.051-1.0880.26150.3020.05560.05840.5757-0.19970.38356.565261.13644.4904
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130.4499-0.2030.052.38782.03414.71930.0252-0.1825-0.150.5078-0.0197-0.05740.35590.2785-0.02970.2405-0.0282-0.03930.2754-0.01740.229725.807138.44631.3267
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160.5952-0.16490.03651.09470.72131.08740.0049-0.030.050.0879-0.05120.08930.0415-0.14550.03580.1211-0.03240.02860.1824-0.02010.18437.85726.3362.9342
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181.0974-0.0025-0.19371.09320.30271.5003-0.06640.2931-0.1355-0.24440.1448-0.1630.17630.103-0.05920.2792-0.00790.03220.3279-0.12540.221819.7457-2.0808-33.9486
191.17540.2044-0.10650.79380.19031.3924-0.06420.2164-0.1634-0.04740.06270.01480.2214-0.0660.03370.2507-0.0149-0.00160.2419-0.07380.21279.2248-3.5944-21.6205
203.2635-1.0024-3.12411.81931.31954.82090.02730.0656-0.42810.04140.1528-0.38530.47020.3824-0.12930.31430.1139-0.00110.303-0.22690.458930.4399-16.0908-24.5724
211.3383-0.1969-0.30731.30540.77762.3137-0.1063-0.3129-0.08110.73120.1135-0.3090.28350.4977-0.09140.7413-0.11810.03120.2747-0.16590.301127.144494.019881.0849
220.20280.0271-0.06741.45281.57561.9677-0.07730.0416-0.04450.29210.5241-0.46590.38990.764-0.41910.23730.06330.02430.4753-0.21340.432243.055327.99143.6479
231.49821.3075-0.24222.73870.51121.3555-0.30110.3201-0.5068-0.40270.0827-0.26150.9753-0.09350.03480.6668-0.09920.09890.2624-0.12830.31236.557555.198369.9406
242.25160.4008-0.44552.3484-0.65342.3896-0.1713-0.5281-0.30250.25660.0442-0.68540.49990.97710.12220.45030.1802-0.0520.530.03280.449715.474159.2142105.16
251.42410.2504-1.28331.31040.00553.047-0.24490.0268-0.39180.12030.12480.00290.55-0.1242-0.01920.437-0.00520.03270.14130.02350.3291-1.830655.235893.8453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:180)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 181:311)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 312:401)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 402:436)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 437:450)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 1:88)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 89:127)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 128:197)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 198:223)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 224:295)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 296:373)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 374:401)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 402:438)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 506:506)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resseq 1:197)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resseq 198:440)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resseq 1:88)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resseq 89:295)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resseq 296:401)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resseq 402:441)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resseq 6:46)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resseq 47:144)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resseq 1:66)
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resseq 67:198)
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resseq 199:384)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る