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万見
- PDB-4i05: Structure of intermediate processing form of cathepsin B1 from Sc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i05
タイトルStructure of intermediate processing form of cathepsin B1 from Schistosoma mansoni
要素Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
キーワードHYDROLASE / peptidase / digestive tract
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease ...Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cathepsin B1 isotype 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rezacova, P. / Jilkova, A. / Brynda, J. / Horn, M. / Mares, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Activation route of the Schistosoma mansoni cathepsin B1 drug target: structural map with a glycosaminoglycan switch
著者: Jilkova, A. / Horn, M. / Rezacova, P. / Maresova, L. / Fajtova, P. / Brynda, J. / Vondrasek, J. / McKerrow, J.H. / Caffrey, C.R. / Mares, M.
履歴
登録2012年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3262
ポリマ－32,3031
非ポリマー231
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.859, 50.988, 62.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-533-

HOH

21A-634-

HOH

31A-703-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cathepsin B-like peptidase (C01 family) / Cathepsin B1 isotype 1


分子量: 32303.410 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 56-340 / 変異: T168A, T283A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: zeocin resistance
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: cb1.1, Smp_103610 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q8MNY2, cathepsin B
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Reservoir: 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Citrate, 30% PEG 4000. Protein buffer and concentration: 5mM Sodium Acetate, pH 5.5, Cpr=1.5mg/ml. Ratio Protein: Reservoir=1:0.75. Cryocooled in ...詳細: Reservoir: 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Citrate, 30% PEG 4000. Protein buffer and concentration: 5mM Sodium Acetate, pH 5.5, Cpr=1.5mg/ml. Ratio Protein: Reservoir=1:0.75. Cryocooled in mother liquor., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si111 double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 23701 / Num. obs: 23559 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Rsym value: 0.0313 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QSD

3qsd


解像度: 1.9→25.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 6.12 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21642 1201 5.2 %RANDOM
Rwork0.16308 ---
obs0.16587 22107 99.29 %-
all-22581 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.249 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å2-0 Å20.02 Å2
2---0.22 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2199 0 1 340 2540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192355
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4871.9423203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8145304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14723.363113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89915417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0761520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21126
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5121.51419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89722302
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66131003
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6684.5900
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 89 -
Rwork0.232 1573 -
obs--98.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1959-0.6581-1.00593.32340.8583.8917-0.09720.0720.0930.13320.0768-0.13450.07440.16780.02040.0557-0.007-0.02640.13440.01950.1082-9.31610.382-29.837
22.70181.0812-0.82175.7692-1.40143.32450.0511-0.16240.31440.36140.04350.3579-0.3181-0.3381-0.09460.09120.0269-0.0010.1079-0.01510.0792-14.94714.445-7.082
31.3787-1.00680.64963.9297-0.64351.5713-0.0113-0.1002-0.00590.05230.06450.06610.1006-0.0945-0.05310.0158-0.02190.00140.0722-0.00020.0449-15.132-2.094-14.865
40.5025-5.3848-0.358173.27726.06540.5854-0.2370.28650.03262.5261-0.06652.45050.15680.26360.30350.1731-0.12890.08420.9040.34211.0026-27.3391.273-12.216
52.46350.4586-0.49292.7119-0.49771.7554-0.01920.131-0.0708-0.18570.0223-0.10220.15080.0386-0.00310.0559-0.0135-0.01710.0869-0.02210.0443-16.892-6.635-23.632
66.4129-0.0452.8061.4504-0.03174.51230.08440.1035-0.31480.17290.0204-0.1620.3470.2346-0.10480.1286-0.0108-0.00020.0529-0.00760.1314-8.235-16.142-15.084
71.44211.0691-0.92313.21890.21546.61170.03650.06980.0144-0.0653-0.03570.30390.2443-0.0735-0.00090.0463-0.05-0.00960.1841-0.0160.1244-29.167-12.08-21.915
83.4050.36140.33582.1166-0.15123.1011-0.03450.18720.234-0.00770.0342-0.0046-0.23490.06510.00040.02690.01020.0110.04680.01980.0514-12.37813.101-21.583
94.5091-0.51340.94010.56160.23632.6085-0.04980.0620.07770.0589-0.0184-0.12450.12320.26690.06820.0459-0.00430.03080.05450.01640.0856-0.6723.024-13.504
101.1225-0.15260.50381.7838-0.09631.31230.05040.09790.00150.0956-0.0666-0.07140.12940.12670.01620.02250.00490.00750.07150.01510.0452-1.3093.546-10.09
1118.26470.74742.26680.463-0.02983.5231-0.330.40260.27070.0690.09250.1177-0.15240.25340.23750.0374-0.00160.03390.04370.03830.095-6.7669.264-20.841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3A85 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4A118 - 124
5X-RAY DIFFRACTION5A125 - 170
6X-RAY DIFFRACTION6A171 - 199
7X-RAY DIFFRACTION7A200 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8A217 - 235
9X-RAY DIFFRACTION9A236 - 260
10X-RAY DIFFRACTION10A261 - 307
11X-RAY DIFFRACTION11A308 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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