PDB-4hyl: The crystal structure of an anti-sigma-factor antagonist from Hal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hyl

タイトル

The crystal structure of an anti-sigma-factor antagonist from Haliangium ochraceum DSM 14365

要素

Stage II sporulation protein

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / Midwest Center For Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

anti-sigma factor antagonist activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Haliangium ochraceum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.751 Å

データ登録者

Tan, K. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of an anti-sigma-factor antagonist from Haliangium ochraceum DSM 14365
著者: Tan, K. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hyl.cif.gz	100.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hyl.ent.gz	84.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4hyl_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hyl_full_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示
XML形式データ	4hyl_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	4hyl_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5nd0-d 2nrz-2 1wlc-1 3cl1-1 2g80-2 1gan-d 4m4g-d 2ybq-d 4uu8-2 4lbq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC103458

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Stage II sporulation protein

B: Stage II sporulation protein

ヘテロ分子

26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.466, 59.466, 65.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

詳細

Experimentally unknown. Chains A and B may form a dimer.

#1: タンパク質	Stage II sporulation protein 分子量: 12953.056 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (バクテリア) 株: DSM 14365 / 遺伝子: Haliangium ochraceum, Hoch_4443 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D0LNN2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 22%(w/v) PEG4000, 0.1M Sodium Avetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月12日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→26 Å / Num. all: 26011 / Num. obs: 26011 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 32
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1286 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.751→25.75 Å / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.11 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2293	1329	5.11 %	random
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.2086	25983	99.55 %	-
all	-	25983	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.994 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.8088 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.8088 Å²	0 Å²
3-	-	-	-15.6177 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.751→25.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1747	0	35	109	1891

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1796
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	2422
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.973	651
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	305

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7516-1.8217	0.4527	130	0.3899	2764	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8217-1.9046	0.419	135	0.3845	2749	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9046-2.005	0.3605	138	0.3528	2762	X-RAY DIFFRACTION	95
2.005-2.1305	0.3292	144	0.3311	2773	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1305-2.2949	0.2826	164	0.2976	2711	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2949-2.5256	0.3323	139	0.2891	2782	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5256-2.8905	0.2721	165	0.2683	2713	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8905-3.6397	0.2336	141	0.1774	2755	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6397-23.9713	0.1568	170	0.1144	2635	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.164	-0.1692	0.1346	0.4328	-0.4106	0.6505	-0.1733	-0.1193	0.3192	-0.1189	-0.1276	0.1288	0.1346	-0.2531	-0.0052	0.4003	-0.0563	-0.0148	0.3233	0.0093	0.3274	7.1188	2.0141	9.9037
2	0.4333	-0.3417	-0.0404	0.3857	-0.2227	0.4784	0.1643	0.1188	-0.0034	0.2568	-0.0886	-0.2485	0.1268	0.0044	-0.0001	0.2628	0.0231	-0.0257	0.233	0.003	0.3189	13.8154	5.9713	6.1328
3	0.1355	-0.1102	0.1633	0.2538	-0.0995	0.1735	-0.1073	0.0362	0.0718	0.3049	0.1559	0.048	0.5192	0.468	-0.0003	0.33	0.0912	-0.0077	0.2974	0.0472	0.3501	16.9015	-1.9792	7.2414
4	0.4589	-0.0292	0.3856	0.0774	-0.0202	0.2955	0.1324	-0.2069	0.0371	0.2793	-0.1353	0.0127	0.4734	-0.5185	-0.0009	0.4209	-0.02	-0.0013	0.2327	0.0397	0.2639	6.1	-2.703	1.7777
5	1.0794	-0.276	-0.421	0.4046	0.4823	0.5943	-0.023	-0.063	-0.0845	0.2203	-0.3345	0.1142	-0.7202	0.1546	-0.0148	0.413	-0.0723	-0.0743	0.185	0.0885	0.4377	15.3571	11.8322	0.9564
6	0.2059	-0.1384	0.2707	0.1251	-0.1943	0.2783	0.1608	-0.1013	-0.0748	-0.1705	0.1032	0.0453	0.0372	0.3403	0.0005	0.2986	0.0429	-0.0257	0.3776	0.0102	0.397	17.5707	-2.8843	-3.3045
7	0.251	0.07	-0.1749	0.0173	-0.026	0.3455	0.0728	-0.011	0.0442	0.2307	-0.1066	-0.1975	0.4454	-0.5108	-0.0726	0.3314	-0.0114	-0.0201	0.1914	0.029	0.3078	7.4241	-1.5231	-3.0622
8	0.1095	0.1529	-0.0523	0.225	-0.0329	0.0776	0.1335	-0.4946	0.2479	-0.2566	-0.2841	-0.0186	-0.4777	0.5654	-0.0005	0.4253	-0.0946	-0.0434	0.3692	0.0896	0.4067	13.8366	10.6389	-10.4005
9	0.3298	-0.2021	0.4002	1.0544	0.0714	0.5622	0.0632	0.0561	0.2002	0.0001	-0.0259	-0.008	-0.1343	-0.58	0	0.2516	0.068	0.028	0.3944	0.0234	0.2722	3.0245	1.5939	-5.7752
10	0.3591	-0.0914	-0.2446	0.0793	-0.0851	0.4207	0.0263	0.1138	0.1146	-0.8728	0.0155	0.0087	0.0742	0.4055	-0.0035	0.3836	-0.0446	0.0092	0.3886	0.0158	0.3188	28.7372	-6.7916	-31.8562
11	0.8169	-0.1927	-0.1365	0.0566	0.1135	0.9009	-0.0907	0.1761	0.052	-0.2319	0.0493	-0.1075	0.0149	0.1635	-0.0001	0.2802	-0.0261	-0.0222	0.287	0.0455	0.3288	27.7006	-4.6001	-27.493
12	0.6886	-0.2777	-0.4466	0.1756	0.1588	0.4513	0.5392	-0.0158	0.0092	0.0445	-0.1479	0.0252	0.3614	-0.8162	0.0143	0.3642	-0.1275	-0.1256	0.3606	0.0091	0.4242	18.3183	-7.5219	-27.0019
13	0.2163	-0.1904	0.1672	0.2513	-0.0214	0.342	-0.0394	0.1857	0.1318	0.3496	-0.0322	-0.0423	-0.0451	0.2366	-0.0002	0.3002	-0.0479	-0.0538	0.3028	0.0164	0.3296	30.3207	-5.4501	-22.7398
14	0.0747	-0.0166	0.0897	0.1129	-0.1154	0.154	0.3322	-0.2099	0.0682	0.2365	-0.301	0.2965	-0.5478	-0.3114	-0.0005	0.311	0.0514	0.0581	0.3367	-0.0631	0.4096	18.4557	-3.2863	-18.3401
15	0.2741	-0.3909	0.1399	0.8711	-0.6565	0.9696	-0.0802	0.0441	0.1077	0.0922	0.0814	-0.0678	-0.1055	-0.1939	0.0001	0.2431	0.0277	-0.0317	0.33	-0.0157	0.3007	28.2118	-6.1098	-13.4045
16	0.0117	0.0087	0.0068	0.0413	0.0189	0.006	0.3493	0.1951	-0.552	0.0064	0.2078	0.138	0.8318	0.0324	-0.0009	0.4245	0.0662	-0.1236	0.3544	-0.0148	0.4461	31.9263	-20.9903	-19.8519

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -1:10)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 11:24)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 25:35)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 36:47)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 48:53)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 54:69)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 70:80)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 81:90)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 91:111)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq -2:8)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 9:24)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 25:40)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 41:53)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 54:69)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 70:101)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 102:112)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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