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- PDB-3cl1: M. loti cyclic-nucleotide binding domain, cyclic-GMP bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cl1
タイトルM. loti cyclic-nucleotide binding domain, cyclic-GMP bound
要素Mll3241 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cyclic-nucleotide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellularly cyclic nucleotide-activated monoatomic cation channel activity / potassium channel activity / cAMP binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / N-PROPANOL / Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Clayton, G.M. / Alteiri, S.L. / Thomas, L.R. / Morais-Cabral, J.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural and Energetic Analysis of Activation by a Cyclic Nucleotide Binding Domain.
著者: Altieri, S.L. / Clayton, G.M. / Silverman, W.R. / Olivares, A.O. / De La Cruz, E.M. / Thomas, L.R. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2008年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mll3241 protein
B: Mll3241 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,61710
ポリマ－29,6782
非ポリマー9398
水1,964109
1
A: Mll3241 protein
ヘテロ分子

B: Mll3241 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,61710
ポリマ－29,6782
非ポリマー9398
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
Buried area3572 Å2
ΔGint-34.9 kcal/mol
Surface area12134 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.202, 79.594, 49.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGALAALA4AA225 - 25310 - 38
21ARGARGALAALA4BB225 - 25310 - 38
32VALVALLEULEU1AA256 - 32241 - 107
42VALVALLEULEU1BB256 - 32241 - 107
53HISHISARGARG4AA323 - 349108 - 134
63HISHISARGARG4BB323 - 349108 - 134

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mll3241 protein


分子量: 14839.093 Da / 分子数: 2
断片: cyclic nucleotide binding domain, UNP residues 216-355
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium loti (根粒菌) / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q98GN8

-
非ポリマー , 5種, 117分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#5: 化合物 ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIDEL PAIRS
結晶化詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9
検出器日付: 2004年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.326 Å / Num. obs: 15482 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.155 / % possible all: 64.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→30.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 7.595 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.776 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 439 4.5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 15242 93.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å2-0.58 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1891 0 55 109 2055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222009
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3092.0092747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4385260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.6921.47168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.91715292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4571519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1280.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.350.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0780.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4641.51308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92922097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6683705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0074.5650
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
463tight positional0.050.05
402medium positional0.290.5
463tight thermal0.080.5
402medium thermal0.552
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 34 -
Rwork0.228 640 -
obs--88.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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