PDB-4lbq: Crystal structure of mouse galectin-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lbq

タイトル

Crystal structure of mouse galectin-1

要素

(Galectin-1) x 3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-sandwich / beta-galactosides binding / regulator of immunity / Secreted / extracellular space / extracellular matrix

機能・相同性

機能・相同性情報

galectin complex / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / galactose binding / plasma cell differentiation / myoblast differentiation / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / T cell costimulation / cell-cell adhesion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Rustiguel, J.K. / Trabuco, A.C. / Del Cistia Andrade, C. / Stowell, S.R. / Cummings, R.D. / Dias-Baruffi, M. / Nonato, M.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of mouse galectin-1
著者: Rustiguel, J.K. / Trabuco, A.C. / Del Cistia Andrade, C. / Stowell, S.R. / Cummings, R.D. / Dias-Baruffi, M. / Nonato, M.C.

履歴

登録	2013年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lbq.cif.gz	219.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lbq.ent.gz	178.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/4lbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/4lbq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3m2mS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4q2f-d 3m2m-11 1is6-1 3m2m-12 5ews-3 6m5y-d 4q27-d 4y22-d 1gan-d 4xbl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Galectin-1

B: Galectin-1

C: Galectin-1

D: Galectin-1

ヘテロ分子

59.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Galectin-1

D: Galectin-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Galectin-1

C: Galectin-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.040, 38.200, 130.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.71, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / Lactose-binding lectin ...Gal-1 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / Lactose-binding lectin 1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / S-Lac lectin 1 分子量: 14898.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gbp, Lgals1 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P16045
#2: タンパク質	Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / Lactose-binding lectin ...Gal-1 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / Lactose-binding lectin 1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / S-Lac lectin 1 分子量: 14882.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gbp, Lgals1 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P16045
#3: タンパク質	Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / Lactose-binding lectin ...Gal-1 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / Lactose-binding lectin 1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / S-Lac lectin 1 分子量: 14914.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gbp, Lgals1 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P16045
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium fluoride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月26日詳細: Collimating mirror, Si(111) double-crystal monochromator and toroidal bendable mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→35.752 Å / Num. obs: 19975 / % possible obs: 99.88 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 34.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.444 / R_sym value: 0.444 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.5267 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 39013 / R_sym value: 0.444 / % possible all: 99.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M2M

3m2m

解像度: 2.4→35.75 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: overall / σ(F): 1.35 / σ(I): 1.7 / 位相誤差: 24.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2382	1018	5.1 %	Random
R_work	0.1858	-	-	-
obs	0.1884	19975	99.88 %	-
all	-	39013	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3936	0	24	242	4202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4106
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.862	5581
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.34	1453
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	617
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	751

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.5267	0.3097	156	0.2565	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5267-2.6849	0.2934	144	0.2372	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6849-2.8921	0.2991	160	0.2256	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8921-3.183	0.3006	137	0.2144	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.183-3.6432	0.2294	133	0.1763	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6432-4.5885	0.2023	143	0.1447	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5885-35.7562	0.1911	145	0.1723	2826	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2377	-2.0962	3.8565	7.9998	-3.6102	6.004	-0.192	0.331	0.0667	0.041	-0.0592	-0.6322	-0.2686	-0.0802	0.4802	0.334	0.1761	0.0638	0.3805	0.056	0.4134	-33.0754	8.3936	134.5274
2	4.7687	0.5012	-1.674	3.5707	1.0215	2.9976	-0.3824	-0.1346	-1.0365	0.0956	0.0652	-0.0635	0.5606	-0.1224	0.2208	0.3201	0.1184	0.0391	0.3202	0.0859	0.5538	-44.0659	-3.4628	137.3731
3	3.9817	0.0882	-0.5156	3.2191	1.9333	2.3785	-0.0599	-0.2784	-0.2918	-0.0082	-0.0701	0.3655	0.0761	-0.2988	0.1156	0.2767	0.0809	-0.016	0.3303	0.0572	0.3433	-49.2442	6.5694	140.6805
4	3.5701	3.4481	-0.6778	7.9196	0.2702	1.9216	-0.0446	0.0365	0.0925	-0.2022	0.0462	0.5859	0.1217	0.0447	-0.0754	0.3427	0.059	-0.0031	0.3834	0.0461	0.3219	-45.5396	6.7774	128.2272
5	6.5622	-2.0167	0.3289	4.9662	0.6161	2.3225	0.0633	0.3466	0.2819	-0.3303	-0.3163	0.1471	-0.4558	-0.1472	0.2414	0.4055	0.0932	-0.0133	0.3479	0.0751	0.2916	-43.6649	16.0656	133.0737
6	3.4771	2.3675	0.067	2.2713	1.0408	2.8407	0.2318	0.2456	-0.7478	0.5434	-0.227	0.6222	0.2104	-0.4215	-0.14	0.2524	-0.0177	0.0094	0.4096	0.0284	0.4207	-39.2464	2.5502	141.9259
7	8.1888	5.1573	-6.2313	3.4739	-4.8039	8.7216	0.3554	0.451	0.4857	-0.4983	0.1029	0.7298	-0.3268	-0.663	-0.263	0.4229	0.1434	-0.0201	0.3567	0.0211	0.3766	-36.0524	-1.4466	132.0554
8	6.0064	3.8427	-5.0853	7.6417	-3.8946	4.2954	-0.1817	-0.1295	-0.4575	-0.5155	0.1701	-0.6998	0.5228	0.1958	0.3092	0.3647	0.0366	-0.0251	0.4358	-0.0203	0.3878	-24.9591	15.4242	166.3663
9	4.661	0.4037	1.0942	1.8727	-0.0097	0.9219	-0.0853	0.214	0.5107	-0.0697	0.118	-0.1595	-0.1365	-0.0654	0.0048	0.2672	0.0817	0.0189	0.4101	0.0404	0.4056	-30.7914	24.8972	162.3193
10	4.5646	1.4382	1.5733	4.9071	2.2103	3.1867	-0.0239	-0.139	0.89	-0.3581	-0.1815	0.4204	-0.5552	-0.4672	0.2044	0.381	0.1168	0.0375	0.4723	0.0563	0.5798	-38.5624	28.1095	161.8794
11	2.5241	1.895	-0.51	3.6951	-0.5427	1.7133	0.2586	0.1411	0.6093	0.7784	0.127	0.4903	-0.278	-0.2997	-0.3713	0.3742	0.0806	0.043	0.4167	-0.0593	0.3948	-34.9219	23.8494	173.1056
12	7.8505	3.0736	-0.5581	3.4806	0.4547	1.9863	0.1348	-0.0836	0.6116	0.0934	-0.0108	0.422	-0.1217	-0.1109	-0.1299	0.2506	0.1088	0.0141	0.3782	0.031	0.3434	-28.0994	19.6564	165.5168
13	7.5797	5.7984	-3.7241	4.4924	-3.1204	7.9377	-0.0622	-0.0005	-0.1609	-0.4792	-0.0902	-1.1153	0.0221	-0.0164	0.3167	0.2734	0.0722	0.0828	0.3768	0.1	0.5867	-13.802	19.83	159.538
14	4.4621	-1.711	2.4216	3.8695	-2.3878	2.435	0.1879	-0.0861	0.3967	1.196	-0.4061	0.1186	-0.576	-0.0943	-0.0846	0.4555	0.0901	0.1268	0.3798	-0.0341	0.4723	-11.205	17.589	171.734
15	3.108	-0.9668	-0.2017	2.6059	-2.2548	6.4072	0.0781	0.0816	-0.3603	-0.13	-0.2682	0.0434	0.1065	0.5782	0.2287	0.2089	0.0271	-0.0266	0.3756	-0.0346	0.3681	-7.646	8.637	163.097
16	5.0254	-0.5582	-0.0228	0.8696	2.0165	3.7	-0.0257	-0.043	-0.426	0.1275	0.1348	-0.3112	0.6979	0.9879	0.0165	0.386	0.1233	-0.0415	0.409	0.0743	0.4326	-0.402	5.959	166.615
17	4.8792	-1.0786	-0.5409	2.4408	1.6887	4.6016	0.2974	0.1858	0.959	-0.1545	0.1304	-0.3632	-0.3015	0.8952	-0.3827	0.2853	-0.0057	0.0322	0.3773	-0.0003	0.4846	-1.517	19.287	162.282
18	6.3253	-4.5151	-1.4668	5.4643	1.7477	8.1845	0.083	-0.3347	-0.2794	0.2175	-0.0429	0.1008	0.0213	-0.2844	-0.0926	0.1934	0.0059	-0.0333	0.3246	0.0138	0.3167	-14.071	15.242	167.455
19	4.7861	-3.2008	0.6184	3.4632	-2.0026	3.566	-0.2967	-0.2365	-0.5455	0.6316	0.2882	-0.2064	-0.194	-0.1793	0.0295	0.2453	0.1007	-0.0216	0.4052	0.0327	0.5339	-27.429	-4.571	139.392
20	5.6683	0.3183	-2.4493	6.6688	-3.944	3.2114	0.0453	0.8393	0.3924	-0.8961	-0.4642	-0.2603	0.5407	0.6049	0.0428	0.4745	0.2037	-0.0081	0.6999	0.1367	0.5231	-23.792	-1.011	125.916
21	6.2709	-2.3465	1.7503	1.8835	0.1132	1.1778	0.0912	0.1603	0.8308	0.0348	-0.1151	-0.2891	-0.3648	0.2881	-0.2159	0.3091	0.1046	0.0351	0.3919	0.0496	0.4199	-15.448	0.765	136.257
22	4.3019	-1.0615	1.5078	3.1743	-0.4102	4.9979	0.0102	0.3654	-0.1186	-0.348	0.1949	-0.1061	-0.2683	0.6551	0.0303	0.3311	0.0731	0.0363	0.5218	-0.008	0.4571	-9.718	-2.902	133.989
23	3.2943	-0.0682	-0.474	3.4041	-0.602	4.2065	0.2624	-0.4106	-0.5809	0.0807	0.179	0.7988	0.1283	0.1443	-0.1719	0.3419	0.1037	0.0211	0.4444	-0.0363	0.5077	-19.945	-10.962	133.902
24	7.9197	-2.2032	4.059	5.9619	-3.3894	3.0191	0.2474	1.0507	-0.7757	-0.5408	-0.1622	-0.4103	0.9877	0.7105	0.1539	0.3479	0.1399	0.0347	0.5589	-0.1146	0.5868	-14.369	-12.613	130.492
25	7.7471	-3.9451	2.7303	2.3625	-1.4399	3.6652	-0.2441	-0.3178	-0.0123	0.2724	0.244	0.0683	-0.1949	-0.1733	-0.0211	0.3248	0.0997	-0.0069	0.4571	0.0549	0.4934	-22.584	-2.825	137.81

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 3:16)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 17:32)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 33:84)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 85:105)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 106:119)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 120:126)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 127:135)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 3:16)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 17:49)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 50:84)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 85:110)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 111:135)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESID 3:16)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESID 17:24)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESID 25:49)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESID 50:84)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESID 85:119)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESID 120:135)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESID 3:18)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN D AND (RESID 19:24)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN D AND (RESID 25:49)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN D AND (RESID 50:84)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESID 85:100)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESID 101:110)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESID 111:135)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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