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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hx8 | ||||||
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Title | Structure of metal-free MNTR mutant E11K | ||||||
![]() | Transcriptional regulator MntR | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / WINGED HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION REGULATOR | ||||||
Function / homology | ![]() intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Glasfeld, A. / Mcguire, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Roles of the A and C Sites in the Manganese-Specific Activation of MntR. Authors: McGuire, A.M. / Cuthbert, B.J. / Ma, Z. / Grauer-Gray, K.D. / Brunjes Brophy, M. / Spear, K.A. / Soonsanga, S. / Kliegman, J.I. / Griner, S.L. / Helmann, J.D. / Glasfeld, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 98.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 438.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 443.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3r60C ![]() 3r61C ![]() 4hv5C ![]() 4hv6C ![]() 4hx4C ![]() 4hx7C ![]() 2hyfS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 16656.000 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E11K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 168 / Gene: mntR, yqhN, BSU24520 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 5% PEG 4000, 4% ethanol, 2% 1,4-butanediol, 4 mM EDTA, 0.1 M sodium acetate , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2010 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1159 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→45.6 Å / Num. obs: 21377 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.5 % / Net I/σ(I): 17.4 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 94.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: EPmolecular replacement Starting model: 2HYF Resolution: 2.001→43.355 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 29.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.873 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.001→43.355 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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