+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hx4 | ||||||
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Title | Structure of MNTR mutant E11K complexed with Mn2+ | ||||||
Components | TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MNTR | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / WINGED HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION REGULATOR | ||||||
Function / homology | Function and homology information intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | BACILLUS SUBTILIS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Glasfeld, A. / McGuire, A. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Roles of the A and C Sites in the Manganese-Specific Activation of MntR. Authors: McGuire, A.M. / Cuthbert, B.J. / Ma, Z. / Grauer-Gray, K.D. / Brunjes Brophy, M. / Spear, K.A. / Soonsanga, S. / Kliegman, J.I. / Griner, S.L. / Helmann, J.D. / Glasfeld, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hx4.cif.gz | 121.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hx4.ent.gz | 96.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hx4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hx4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3r60C 3r61C 4hv5C 4hv6C 4hx7C 4hx8C 2f5dS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16656.000 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E11K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) BACILLUS SUBTILIS (bacteria) / Strain: 168 / Gene: BACILLUS SUBTILIS, BSU24520, MNTR, YQHN / Plasmid: PHB7506 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)AI / References: UniProt: P54512 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 22% ETHYLENE GLYCOL, 55 MM LITHIUM SULFATE, 2 MM MANGANESE CHLORIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.1159 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 14, 2007 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1159 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→74.79 Å / Num. obs: 40214 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.56 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 22.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2F5D Resolution: 1.65→30.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.109 / SU ML: 0.113 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.109 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.787 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→30.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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