+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3r61 | ||||||
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Title | Structure of the MntR Co2+ Complex | ||||||
Components | Transcriptional regulator mntR | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION REGULATOR / Winged helix-turn-helix | ||||||
Function / homology | Function and homology information intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9002 Å | ||||||
Authors | Glasfeld, A. / Brophy, M.B. / Kliegman, J.I. / Griner, S.L. / Nix, J.C. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Roles of the A and C Sites in the Manganese-Specific Activation of MntR. Authors: McGuire, A.M. / Cuthbert, B.J. / Ma, Z. / Grauer-Gray, K.D. / Brunjes Brophy, M. / Spear, K.A. / Soonsanga, S. / Kliegman, J.I. / Griner, S.L. / Helmann, J.D. / Glasfeld, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3r61.cif.gz | 126.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3r61.ent.gz | 98.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3r61.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r61 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3r60C 4hv5C 4hv6C 4hx4C 4hx7C 4hx8C 2f5dS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16655.936 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Gene: Bacillus subtilis, BSU24520, mntR, yqhN / Plasmid: pHB7506 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P54512 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 100 mM HEPES, pH 7.0, 50 mM Lithium Sulfate, 20% 1,2-Propanediol, 0.5 mM Cobalt(II) Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: Feb 10, 2011 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→41.45 Å / Num. obs: 26945 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2F5D Resolution: 1.9002→41.445 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 29.83 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.06 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.874 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9002→41.445 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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