PDB-4hx7: Structure of MNTR E11K mutant complexed with Cd2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hx7

タイトル

Structure of MNTR E11K mutant complexed with Cd2+

要素

Transcriptional regulator MntR

キーワード

TRANSCRIPTION / WINGED HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION REGULATOR

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Glasfeld, A. / Cuthbert, B.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Roles of the A and C Sites in the Manganese-Specific Activation of MntR.
著者: McGuire, A.M. / Cuthbert, B.J. / Ma, Z. / Grauer-Gray, K.D. / Brunjes Brophy, M. / Spear, K.A. / Soonsanga, S. / Kliegman, J.I. / Griner, S.L. / Helmann, J.D. / Glasfeld, A.

履歴

登録	2012年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hx7.cif.gz	118.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hx7.ent.gz	92.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hx7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hx7_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hx7_full_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示
XML形式データ	4hx7_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	4hx7_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hx7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r60C 3r61C 4hv5C 4hv6C 4hx4C 4hx8C 2f5dS 4hxd S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ev0-d 1on1-d 2f5e-d 4hx4-d 3r61-d 2ev5-d 2f5d-d 3r60-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator MntR

B: Transcriptional regulator MntR

ヘテロ分子

33.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.119, 46.252, 74.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Transcriptional regulator MntR / Manganese transport regulator 分子量: 16656.000 Da / 分子数: 2 / 変異: E11K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: mntR, yqhN, BSU24520 / 参照: UniProt: P54512
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 40% ETHYLENE GLYCOL, 10% PEG 3000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月9日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→74 Å / Num. obs: 25216 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 78.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2F5D

2f5d

解像度: 1.9→74 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2858	1189	4.86 %	RANDOM
R_work	0.2439	-	-	-
obs	0.2459	24461	92.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.304 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.6412 Å²	-0 Å²	-2.3546 Å²
2-	-	-3.4007 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.2405 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2121	0	2	58	2181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2152
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	2881
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.695	840
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	319
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	360

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-1.9865	0.3104	124	0.2719	2046	X-RAY DIFFRACTION	66
1.9865-2.0913	0.3223	144	0.236	2810	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0913-2.2223	0.2673	143	0.2292	2938	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2223-2.3939	0.284	148	0.2207	3009	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3939-2.6348	0.2663	162	0.2317	3032	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6348-3.0161	0.2594	163	0.2378	3075	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0161-3.8	0.2966	160	0.2493	3142	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8-74.0975	0.2947	145	0.257	3220	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3265	-0.0118	0.7177	0.2185	-0.0329	0.4946	0.0618	0.4708	-0.208	-0.1146	-0.0198	-0.0278	-0.0155	0.1625	-0.0298	0.0327	0.0346	0.0123	0.149	0.0268	0.1166	29.2227	-2.6395	38.343
2	0.7596	0.6915	-0.6477	1.0459	-0.3095	0.9274	-0.2582	-0.4686	-0.438	-0.0029	0.051	-0.3153	0.1979	0.3263	0.1953	0.2187	0.1312	0.0715	0.3021	0.0147	0.1904	37.9855	-7.4846	35.0564
3	0.4106	-0.1854	0.3855	1.4086	-0.4165	1.3676	-0.0198	0.3317	0.3261	0.069	-0.2763	-0.2042	-0.1066	0.6029	0.2687	0.1814	-0.0467	0.0629	0.2968	0.0341	0.1919	35.8916	6.513	39.6267
4	3.766	1.2488	1.0014	2.9371	0.1003	1.3061	-0.2695	-0.0997	0.2688	0.5152	0.3557	0.4067	-0.4172	0.1183	-0.1157	0.2366	0.0734	-0.0064	0.1583	-0.0631	0.2025	23.2351	6.8487	37.4283
5	0.8858	-0.0468	-0.7493	0.2268	-0.371	2.0536	-0.1757	-0.1116	0.1004	-0.1389	0.0499	-0.129	0.0213	0.3224	0.0811	0.1031	-0.0084	-0.0488	0.0193	-0.0018	0.1033	17.3414	-5.4244	24.8686
6	1.4729	0.8695	0.1999	0.831	-0.2499	0.4558	0.14	0.0501	-0.2244	0.1854	0.0429	-0.1518	0.0023	-0.0592	-0.1356	0.1128	0.0025	-0.0027	0.1219	-0.0077	0.0971	6.0088	-0.4763	20.6484
7	0.9756	-0.1785	-0.1076	2.7134	0.7619	0.8943	-0.0829	-0.1823	0.1936	0.454	0.0265	-0.1635	0.0438	0.1713	-0.0034	0.053	-0.0099	-0.0098	0.1023	0.0109	0.0911	32.3333	4.299	0.5512
8	0.6065	0.9421	0.2367	2.3632	0.1279	0.1549	-0.0862	-0.0528	-0.3592	0.5539	0.2802	-1.0252	0.0051	0.1219	-0.2145	0.2123	0.0772	-0.1312	0.1943	-0.0381	0.2928	42.0417	-0.3797	3.3196
9	1.0477	-0.3517	0.392	1.4832	-0.3131	0.6008	0.018	-0.0245	-0.4813	0.1629	-0.0799	-0.2832	0.2995	0.0156	0.0931	0.1523	0.0152	0.023	0.1253	-0.0067	0.215	36.1307	-6.8409	-4.0322
10	1.4703	-0.292	-0.6005	1.0488	0.0409	0.7067	-0.2493	0.4369	-0.1623	0.1172	0.0784	0.0728	0.4314	-0.0737	0.11	0.1423	0.0063	0.0036	0.1302	-0.0413	0.0934	20.3725	-1.7083	4.3669
11	1.0723	-0.6437	-0.3723	1.1501	-0.2791	0.4645	0.0071	-0.1487	0.3598	0.1794	0.0556	-0.2859	-0.2344	0.0844	-0.1126	0.1442	0.0352	0.0403	0.0845	-0.0138	0.0929	19.1981	7.4567	14.2022
12	0.9269	0.3331	0.583	0.3788	-0.3395	1.6225	0.1177	-0.2541	-0.0153	-0.0993	0.0088	0.0587	0.2656	-0.261	-0.1177	0.071	-0.0004	-0.017	0.13	-0.0229	0.081	5.6767	1.0929	14.4152

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:25)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 26:40)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 41:64)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 65:73)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 74:103)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 104:136)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 3:34)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 35:47)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 48:64)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 65:83)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 84:104)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 105:136)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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