PDB-4hx6: Streptomyces globisporus C-1027 NADH:FAD oxidoreductase SgcE6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hx6

タイトル

Streptomyces globisporus C-1027 NADH:FAD oxidoreductase SgcE6

要素

Oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD reductase (NADH) / pyrimidine nucleobase catabolic process / riboflavin reductase (NADPH) activity / antibiotic biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces globisporus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of SgcE6 and SgcC, the Two-Component Monooxygenase That Catalyzes Hydroxylation of a Carrier Protein-Tethered Substrate during the Biosynthesis of the Enediyne ...
著者: Chang, C.Y. / Lohman, J.R. / Cao, H. / Tan, K. / Rudolf, J.D. / Ma, M. / Xu, W. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Bigelow, L. / Babnigg, G. / Yan, X. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B.

履歴

登録	2012年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.3	2016年12月7日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4hx6.ent.gz	469.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4hx6_full_validation.pdf.gz	523.6 KB	表示
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関連構造データ

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類似構造データ	2de4-2 1k9z-d 2sni-d 3zoe-d 4a94-1 3tec-d 2imz-d 1qwr-1 1y3c-d 2au1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC109096

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Oxidoreductase

B: Oxidoreductase

C: Oxidoreductase

D: Oxidoreductase

E: Oxidoreductase

F: Oxidoreductase

G: Oxidoreductase

H: Oxidoreductase

ヘテロ分子

160 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Oxidoreductase

B: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Oxidoreductase

D: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Oxidoreductase

F: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.2 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Oxidoreductase

H: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.374, 213.307, 56.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 88.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The chains A and B, C and D, E and F, and G and H form dimers respectively.

#1: タンパク質	Oxidoreductase 分子量: 19949.947 Da / 分子数: 8 / 変異: R100H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces globisporus (バクテリア) 遺伝子: Streptomyces globisporus / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE)magic / 参照: UniProt: Q8GME2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 774 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES:NaOH, 25% (w/v) PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月16日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→30.2 Å / Num. all: 104829 / Num. obs: 104829 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4283 / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.89→30.121 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2119	5226	4.99 %	random
R_work	0.1667	-	-	-
all	0.1689	104751	-	-
obs	0.1689	104751	98.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.295 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.4456 Å²	0 Å²	1.4384 Å²
2-	-	6.3847 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.9391 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→30.121 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10389	0	50	774	11213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.083	14803
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.98	3908
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1678
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1952

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8904-1.9119	0.2764	144	0.2301	2489	X-RAY DIFFRACTION	75
1.9119-1.9343	0.2755	171	0.2112	3395	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9343-1.9579	0.2765	182	0.2057	3369	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9579-1.9827	0.248	165	0.1922	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9827-2.0088	0.2645	184	0.1886	3355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0088-2.0363	0.2378	164	0.1904	3353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0363-2.0654	0.2563	154	0.1783	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0654-2.0962	0.2082	166	0.1778	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0962-2.129	0.2286	174	0.1695	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.129-2.1639	0.2032	167	0.1671	3390	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1639-2.2012	0.2197	206	0.1639	3295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2012-2.2412	0.2291	190	0.1732	3346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2412-2.2843	0.2337	172	0.1736	3328	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2843-2.3309	0.2531	170	0.1687	3368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3309-2.3815	0.2236	162	0.1699	3332	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3815-2.4369	0.2637	183	0.1766	3370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4369-2.4978	0.2374	174	0.1757	3337	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4978-2.5653	0.2305	193	0.1787	3378	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5653-2.6408	0.238	156	0.1793	3320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6408-2.726	0.237	190	0.1818	3362	X-RAY DIFFRACTION	99
2.726-2.8233	0.2319	162	0.1823	3383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8233-2.9363	0.2055	189	0.1716	3304	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9363-3.0698	0.228	155	0.1654	3358	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0698-3.2314	0.1923	203	0.1669	3328	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2314-3.4336	0.1757	180	0.1561	3342	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4336-3.6983	0.1857	206	0.1483	3313	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6983-4.0697	0.1925	184	0.1447	3357	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0697-4.6567	0.1542	152	0.1319	3361	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6567-5.8599	0.1976	156	0.1489	3350	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8599-30.1246	0.1936	172	0.1859	3217	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5299	-0.1805	0.0924	1.1634	-0.3332	1.2971	-0.0331	-0.5316	0.3456	0.4245	-0.0058	-0.1411	-0.2002	0.0601	-0.0155	0.2286	0.0158	-0.0257	0.2128	-0.0576	0.1685	14.7203	0.5314	39.9244
2	2.1004	0.591	-0.4264	2.9727	-0.6877	1.2046	-0.0109	-0.0249	-0.1594	0.049	0.0251	0.0533	0.0612	-0.1197	-0.0141	0.1209	0.0125	-0.0047	0.1059	-0.0026	0.0723	-0.9838	-12.3713	24.076
3	3.8938	-0.9622	0.0323	0.9003	0.5722	2.4334	0.091	-0.0657	0.1234	0.0278	-0.0344	-0.0185	-0.1528	-0.1572	-0.0802	0.1736	-0.0135	0.0255	0.0346	0.0373	0.1062	1.8139	-3.2784	24.1327
4	4.4909	0.4927	-4.5981	4.27	-0.2131	6.9199	-0.0081	0.3068	0.2352	-0.0279	0.2506	0.1341	-0.5243	-0.6963	0.1117	0.2011	0.0782	-0.0637	0.3738	0.1735	0.2747	-6.6733	2.9345	11.5579
5	3.4167	-1.4019	0.4325	4.3176	-0.6011	1.4301	0.102	0.3088	0.9853	-0.1262	0.2767	0.1033	-0.6789	-0.3545	-0.2144	0.2431	0.0083	-0.0076	0.2049	0.0741	0.2389	-0.5312	6.5374	15.6961
6	2.1168	-0.0412	1.3817	2.4205	0.796	2.0717	-0.0462	0.485	0.2933	-0.1072	-0.109	-0.1196	-0.3095	0.2672	0.1996	0.1997	-0.0126	-0.0244	0.1567	0.0504	0.1726	17.7411	10.1233	26.1464
7	3.0473	0.0805	0.7031	3.7141	-0.4452	3.6169	0.043	0.146	0.1134	-0.0653	0.0535	0.105	-0.0569	0.1324	-0.0034	0.1284	0.0049	0.0073	0.0906	0.0015	0.1125	16.4897	-0.909	24.8388
8	2.1475	-0.7425	1.0145	2.245	0.8694	3.6512	-0.3167	0.6047	0.3746	-0.4006	0.1543	-0.264	-0.2096	0.7677	0.0863	0.2263	-0.0932	-0.0028	0.2912	0.0519	0.2481	24.4934	7.128	22.4035
9	4.8828	-0.081	-1.5454	5.8543	-0.8401	5.5667	-0.109	0.1478	0.9099	0.0377	-0.1275	0.3518	-0.9072	-0.626	0.1372	0.3366	0.0803	-0.0857	0.2138	-0.0772	0.3455	11.2499	17.0929	32.9497
10	4.2667	0.0733	-0.638	2.3328	-1.3644	2.1736	-0.2805	0.8304	1.1131	-0.496	0.104	-0.2099	-1.2627	0.3283	-0.0087	0.5163	-0.0357	0.0042	0.2306	0.1954	0.364	21.8983	20.9018	26.1651
11	6.8538	-2.2133	-1.3318	2.7735	3.4975	6.0299	-0.4414	-0.1286	0.2467	0.5368	0.2247	-1.0471	-0.2072	0.6138	0.0286	0.2426	-0.0449	-0.0516	0.2565	-0.0242	0.2922	29.265	9.9618	34.873
12	1.9827	0.3611	1.0165	1.9833	2.5816	5.8178	-0.0872	0.0908	0.062	-0.003	0.0925	-0.0839	-0.1741	0.3841	-0.0605	0.1121	-0.0041	0.0155	0.0774	0.0467	0.1633	20.957	2.6213	26.7578
13	2.024	0.2337	1.019	2.2751	2.0281	6.5975	-0.0733	-0.154	0.1564	0.1348	0.0043	-0.0169	-0.0556	-0.0425	0.1034	0.1377	-0.033	-0.011	0.0842	0.0244	0.145	17.3491	3.1107	33.4329
14	8.4998	1.9618	-3.3606	6.0234	-3.5022	3.2539	-0.0268	-0.7241	0.5677	0.6115	0.0696	0.5245	-0.2513	-0.1715	-0.1784	0.2372	0.0391	0.0167	0.2044	-0.0424	0.2162	0.3128	10.1001	34.3997
15	6.507	-5.2256	1.1217	6.9028	1.128	2.9254	0.0077	-0.429	-0.4539	0.365	0.2608	0.0621	0.7355	0.125	-0.0936	0.3678	0.006	0.1754	0.3916	0.0325	0.2043	47.3786	-41.5545	-19.8295
16	6.1893	1.2994	-2.9721	2.1533	-1.2702	5.3371	0.1157	0.6373	-0.0519	-0.5321	0.0403	0.3038	0.077	-0.5436	-0.1415	0.1974	0.0208	-0.0136	0.2567	-0.0274	0.1439	30.6059	-23.028	-17.6145
17	3.7528	0.4231	-2.0059	1.404	-0.3955	2.8622	0.2624	0.2636	0.246	-0.0803	-0.008	0.1399	-0.2557	-0.4355	-0.1418	0.0589	-0.0027	0.0085	0.0924	0.0263	0.0986	16.3387	-26.6206	1.9104
18	2.8299	0.2817	0.5162	1.8136	-0.5769	1.8358	-0.0311	0.2496	0.1068	0.012	0.0085	0.0898	-0.0842	0.0778	0.0048	0.0672	0.0055	0.0133	0.106	0.0036	0.0755	19.225	-18.9696	3.9675
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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