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- PDB-4r82: Streptomyces globisporus C-1027 NADH:FAD oxidoreductase SgcE6 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r82
タイトルStreptomyces globisporus C-1027 NADH:FAD oxidoreductase SgcE6 in complex with NAD and FAD fragments
要素Oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD reductase (NADH) / riboflavin reductase (NADPH) activity / antibiotic biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NADH-dependent FAD reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces globisporus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.659 Å
データ登録者Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. ...Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of SgcE6 and SgcC, the Two-Component Monooxygenase That Catalyzes Hydroxylation of a Carrier Protein-Tethered Substrate during the Biosynthesis of the Enediyne ...タイトル: Crystal Structures of SgcE6 and SgcC, the Two-Component Monooxygenase That Catalyzes Hydroxylation of a Carrier Protein-Tethered Substrate during the Biosynthesis of the Enediyne Antitumor Antibiotic C-1027 in Streptomyces globisporus.
著者: Chang, C.Y. / Lohman, J.R. / Cao, H. / Tan, K. / Rudolf, J.D. / Ma, M. / Xu, W. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Bigelow, L. / Babnigg, G. / Yan, X. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B.
履歴
登録2014年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase
B: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,61418
ポリマ－39,9382
非ポリマー4,67616
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9830 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.046, 62.830, 70.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Oxidoreductase


分子量: 19968.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces globisporus (バクテリア)
プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q8GME2

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非ポリマー , 7種, 252分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M MES:NaCl, 20% (w/v) PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月10日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→35 Å / Num. all: 43097 / Num. obs: 43097 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2089 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.659→34.928 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1876 2168 5.04 %random
Rwork0.1631 ---
obs0.1644 43034 99.38 %-
all-43034 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.659→34.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2470 0 176 236 2882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1583772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.838944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6587-1.69730.26871190.24452653X-RAY DIFFRACTION96
1.6973-1.73970.22341590.19582678X-RAY DIFFRACTION99
1.7397-1.78680.21231480.18312712X-RAY DIFFRACTION100
1.7868-1.83930.23131470.17792732X-RAY DIFFRACTION100
1.8393-1.89870.19121290.17562750X-RAY DIFFRACTION100
1.8987-1.96660.20781380.16512703X-RAY DIFFRACTION100
1.9666-2.04530.17211670.16372713X-RAY DIFFRACTION100
2.0453-2.13840.1761500.15852720X-RAY DIFFRACTION100
2.1384-2.25110.18071530.16042721X-RAY DIFFRACTION100
2.2511-2.39210.20131610.15892711X-RAY DIFFRACTION100
2.3921-2.57670.21781270.1642758X-RAY DIFFRACTION100
2.5767-2.83590.18541360.16972769X-RAY DIFFRACTION100
2.8359-3.24610.20841320.15932758X-RAY DIFFRACTION100
3.2461-4.08870.18021530.14552715X-RAY DIFFRACTION99
4.0887-34.93550.15111490.15792773X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0957-0.1263-0.35380.6480.16321.56510.00820.009-0.0457-0.0487-0.0360.0473-0.0252-0.15810.01390.1041-0.0019-0.01230.0814-0.00670.117112.1960.750810.6163
21.28970.0551-0.6061.7449-0.24111.41160.00220.076-0.0272-0.16760.00660.02920.0126-0.08460.0230.1104-0.0033-0.03770.0898-0.01140.106519.13092.29115.2865
31.697-0.0228-0.80260.90960.08611.78560.0061-0.0914-0.09240.04920.0421-0.06190.01530.189-0.05120.10710.0038-0.02290.0999-0.00540.116523.46692.613521.0954
43.0434-2.066-0.88815.1498-1.27012.2528-0.1829-0.5165-0.26920.22850.35320.1280.3136-0.0977-0.11380.2372-0.0107-0.02770.19890.02540.13718.7988-0.692634.1689
52.36290.4240.23273.96530.15113.07130.0683-0.40360.09350.4420.0325-0.1114-0.08920.0745-0.0520.17060.01220.0030.1676-0.02640.094417.50811.41234.6799
62.8035-0.5278-0.45971.87430.01281.0830.0141-0.02140.0949-0.00180.01230.0928-0.0731-0.0811-0.03380.0963-0.0029-0.02770.1224-0.01870.031315.51987.87822.2622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 96 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 97 through 177 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 9 through 67 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 68 through 83 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 84 through 134 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 135 through 177 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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