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万見
- PDB-4hur: Crystal structure of streptogramin group A antibiotic acetyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hur
タイトルCrystal structure of streptogramin group A antibiotic acetyltransferase VatA from Staphylococcus aureus in complex with acetyl coenzyme A
要素Virginiamycin A acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES (CSGID) / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / XENOBIOTIC ACYLTRANSFERASE (XAT) FAMILY / HEXAPEPTIDE REPEAT ACYLTRANSFERASE / streptogramin group A antibiotic acetyltransferase / STREPTOGRAMIN GROUP A ANTIBIOTICS / STREPTOGRAMIN A / VIRGINIAMYCIN M1 / DALFOPRISTIN / ACETYL COENZYME A / COENZYME A / INTRACELLULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Virginiamycin A acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Minasov, G. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Yim, V. / Krishnamoorthy, M. / Di Leo, R. / Courvalin, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014
タイトル: Potential for Reduction of Streptogramin A Resistance Revealed by Structural Analysis of Acetyltransferase VatA.
著者: Stogios, P.J. / Kuhn, M.L. / Evdokimova, E. / Courvalin, P. / Anderson, W.F. / Savchenko, A.
履歴
登録2012年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Other
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32014年12月24日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virginiamycin A acetyltransferase
B: Virginiamycin A acetyltransferase
C: Virginiamycin A acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,57439
ポリマ－75,0533
非ポリマー4,52136
水11,133618
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17250 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area28250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.910, 184.545, 98.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Virginiamycin A acetyltransferase


分子量: 25017.736 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: BM3093 / 遺伝子: vat / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P26839, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

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非ポリマー , 6種, 654分子

#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium sulphate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400, 10 mM AcCoA, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月27日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→30 Å / Num. obs: 54946 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 2567 / Rsym value: 0.507 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIX(phenix.phaser)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E8L

4e8l
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.15→29.185 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2022 1677 3.64 %random
Rwork0.1666 ---
obs0.168 46063 98.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.185 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5071 0 280 618 5969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3827424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9632090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075784
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005926
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.21320.29531330.22643524X-RAY DIFFRACTION95
2.2132-2.28470.28731360.20993604X-RAY DIFFRACTION98
2.2847-2.36630.29111390.19593671X-RAY DIFFRACTION99
2.3663-2.4610.23871410.19013723X-RAY DIFFRACTION100
2.461-2.57290.24951400.19063682X-RAY DIFFRACTION100
2.5729-2.70850.23451400.17823708X-RAY DIFFRACTION100
2.7085-2.8780.23721400.17573711X-RAY DIFFRACTION100
2.878-3.10.19361400.17723717X-RAY DIFFRACTION99
3.1-3.41150.19391410.16323729X-RAY DIFFRACTION100
3.4115-3.90420.16421400.13913709X-RAY DIFFRACTION99
3.9042-4.91510.16241420.12833762X-RAY DIFFRACTION99
4.9151-29.18810.18191450.17853846X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5795-2.4837-0.01672.4487-1.44694.25380.0325-0.23560.06560.42250.0128-0.4585-0.3670.3377-0.07370.2594-0.0823-0.0110.2903-0.02020.2651-12.6385-22.5018-6.74
27.1341-1.4733-2.21483.2414-1.29264.613-0.4078-0.93230.40431.19780.47530.00310.09380.2733-0.10750.8360.1621-0.01760.3695-0.07650.3677-19.35656.9032-13.098
30.99460.5565-0.78375.3395-2.58493.3550.0598-0.15990.02860.49410.15950.5122-0.2382-0.2604-0.2110.19910.01490.05270.28170.01970.257-28.5325-30.4534-6.0608
43.63631.163-3.20523.5702-2.057.5189-0.0333-0.0578-0.1272-0.143-0.1261-0.23820.17490.35480.15720.11040.027-0.04120.2134-0.01710.2339-10.503-32.2399-38.5074
56.42910.73292.03495.99030.81767.308-0.12080.2142-0.3579-0.26810.2025-0.24910.61790.2526-0.08610.31620.02240.10040.23910.04380.2679-18.0466-42.183-9.8986
60.8128-0.15770.54973.0190.554.58460.0960.1839-0.1146-0.5545-0.00930.36060.061-0.457-0.0440.2419-0.0102-0.0980.29970.00650.3094-25.9635-30.3798-46.5894
74.34331.84052.31586.54073.61287.1279-0.00640.05290.14840.13290.1611-0.3312-0.3540.4155-0.14810.2459-0.00010.01890.23150.03390.2342-11.3478-0.0204-30.8932
87.7551-0.1127-0.67177.3391-0.25955.2311-0.20130.47640.1315-0.42870.08210.0578-0.16680.12520.11060.384-0.0234-0.05030.2880.00010.1826-16.6053-20.1314-54.1718
92.0272-0.18250.21975.70541.54173.2679-0.0754-0.0870.39410.26790.02740.56-0.6969-0.32250.07360.41150.13030.03990.30940.04550.3498-27.76334.729-26.4355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 7:84
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 85:113
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resi 114:216
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resi 7:84
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resi 85:113
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resi 114:216
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and resi 6:84
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and resi 85:113
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and resi 114:215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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