PDB-6ozb: Crystal structure of the phycoerythrobilin-bound GAF domain from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ozb

タイトル

Crystal structure of the phycoerythrobilin-bound GAF domain from a cyanobacterial phytochrome

要素

Two-component sensor histidine kinase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / cyanobacterial phytochromes / photoreceptors

機能・相同性

機能・相同性情報

detection of visible light / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Heewhan, S. / Xiaoli, Z. / Yafang, S. / Zhong, R. / Wolfgang, G. / Kai, H.Z. / Xiaojing, Y.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: The interplay between chromophore and protein determines the extended excited state dynamics in a single-domain phytochrome.
著者: Slavov, C. / Fischer, T. / Barnoy, A. / Shin, H. / Rao, A.G. / Wiebeler, C. / Zeng, X. / Sun, Y. / Xu, Q. / Gutt, A. / Zhao, K.H. / Gartner, W. / Yang, X. / Schapiro, I. / Wachtveitl, J.

履歴

登録	2019年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ozb.cif.gz	353 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ozb.ent.gz	294 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ozb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ozaC 3w2zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4myo-d 4hus-d 3c6m-1 4hur-d 3c6k-2 5n8q-d 4aor-d 3n2e-d 5t3p-d 1pq3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (15) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (7) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Two-component sensor histidine kinase

B: Two-component sensor histidine kinase

C: Two-component sensor histidine kinase

ヘテロ分子

70.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.967, 78.967, 209.299
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1173- HOH
2	1	A-1178- HOH
3	1	A-1226- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: PEB / End label comp-ID: PEB / Auth seq-ID: 11 - 900 / Label seq-ID: 11

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A - D
2	chain B	B	B - E
3	chain C	C	C - F

#1: タンパク質	Two-component sensor histidine kinase 分子量: 23004.090 Da / 分子数: 3 / 変異: Y71H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: all2699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YTL8
#2: 化合物	ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, ammonium acetate, sodium citrate tribasic dihydrate. Crystal was set up under green safety light and grown in dark

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 61064 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.18 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 1.267 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 274187

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	4.2	0.629	2503	0.774	0.329	0.713	0.764	71.6
1.83-1.86	4.3	0.519	2593	0.822	0.264	0.585	0.788	74.5
1.86-1.9	4.4	0.442	2825	0.881	0.217	0.494	0.838	80.1
1.9-1.94	4.7	0.383	2839	0.909	0.183	0.426	0.853	81.8
1.94-1.98	4.7	0.33	2860	0.933	0.157	0.367	0.886	81
1.98-2.03	4.7	0.278	2864	0.953	0.132	0.309	0.885	81.3
2.03-2.08	4.7	0.24	2910	0.963	0.115	0.267	0.921	82.3
2.08-2.13	4.7	0.211	2897	0.971	0.102	0.235	0.946	82.2
2.13-2.2	4.6	0.174	2911	0.978	0.084	0.194	0.975	83.1
2.2-2.27	4.6	0.16	2927	0.98	0.077	0.178	1.048	83.4
2.27-2.35	4.5	0.14	2946	0.985	0.068	0.156	1.136	83.8
2.35-2.44	4.5	0.128	3012	0.985	0.062	0.143	1.301	84.7
2.44-2.55	4.4	0.118	3027	0.988	0.057	0.132	1.501	85.2
2.55-2.69	4.3	0.098	3107	0.991	0.048	0.11	1.584	87.5
2.69-2.86	4.3	0.087	3154	0.993	0.043	0.097	1.583	89
2.86-3.08	4.2	0.075	3319	0.994	0.037	0.084	1.67	92.4
3.08-3.39	4.2	0.066	3432	0.994	0.034	0.075	1.808	95.5
3.39-3.88	4.3	0.056	3490	0.995	0.03	0.063	2.093	96.8
3.88-4.88	4.5	0.041	3613	0.997	0.021	0.046	1.723	98.4
4.88-50	4.9	0.038	3835	0.998	0.019	0.043	1.507	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W2Z

3w2z

解像度: 1.8→33.746 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1937	2011	3.3 %
R_work	0.1516	58980	-
obs	0.153	60991	85.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 204.29 Å² / B_iso mean: 32.3019 Å² / B_iso min: 9.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→33.746 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4392	0	243	692	5327
B_iso mean	-	-	25.55	36.04	-
残基数	-	-	-	-	565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4673
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.404	6374
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	748
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	824
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.866	1737

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3265	X-RAY DIFFRACTION	7.941	TORSIONAL
1	2	B	3265	X-RAY DIFFRACTION	7.941	TORSIONAL
1	3	C	3265	X-RAY DIFFRACTION	7.941	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8-1.8449	0.2429	119	0.2195	3457	72
1.8449-1.8948	0.2592	131	0.1917	3785	78
1.8948-1.9505	0.2298	129	0.1774	3967	82
1.9505-2.0135	0.2462	135	0.173	3955	81
2.0135-2.0854	0.1873	129	0.1625	3973	82
2.0854-2.1689	0.1907	141	0.1552	4007	83
2.1689-2.2676	0.2234	139	0.1438	4048	83
2.2676-2.3871	0.1923	140	0.1462	4100	84
2.3871-2.5366	0.194	137	0.1518	4168	85
2.5366-2.7324	0.1985	149	0.1525	4282	87
2.7324-3.0072	0.182	151	0.1625	4445	91
3.0072-3.442	0.2156	167	0.1549	4746	95
3.442-4.3352	0.1627	168	0.1297	4860	97
4.3352-33.746	0.1802	176	0.1444	5187	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3388	-0.1722	0.0367	2.1227	-1.0813	1.6283	0.0013	0.0111	0.0414	0.0498	-0.0264	-0.1069	-0.0182	0.058	0.0343	0.1074	-0.0005	-0.0095	0.1225	0.0009	0.1125	70.891	-1.4886	88.8588
2	1.9323	-0.6849	-0.7953	0.8785	0.4113	1.4201	-0.0341	0.0034	-0.1477	0.0584	-0.0195	0.0605	0.0604	0.0055	0.058	0.1248	-0.0035	0.001	0.1095	0.0055	0.1113	42.1207	25.545	89.695
3	1.9074	1.1987	1.0142	1.3527	0.6362	1.3649	0.0169	-0.1266	0.1096	0.059	-0.0275	0.0985	-0.0188	-0.0563	0.0015	0.1439	0.0042	0.0074	0.1589	-0.011	0.1193	78.5037	36.8237	88.6788

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	11 - 900
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	11 - 900
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	11 - 900

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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