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- PDB-4myo: Crystal structure of streptogramin group A antibiotic acetyltrans... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4myo | |||||||||
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Title | Crystal structure of streptogramin group A antibiotic acetyltransferase VatA from Staphylococcus aureus | |||||||||
![]() | Virginiamycin A acetyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / LEFT-HANDED BETA HELIX DOMAIN / XENOBIOTIC ACYLTRANSFERASE (XAT) FAMILY / HEXAPEPTIDE REPEAT ACYLTRANSFERASE / STREPTOGRAMIN GROUP A ANTIBIOTICS / STREPTOGRAMIN A / VIRGINIAMYCIN / DALFOPRISTIN / ACETYL COENZYME A / COENZYME A / INTRACELLULAR | |||||||||
Function / homology | ![]() acyltransferase activity / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / response to antibiotic Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stogios, P.J. / Minasov, G. / Dong, A. / Evdokimova, E. / Yim, V. / Krishnamoorthy, M. / Di Leo, R. / Courvalin, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
![]() | ![]() Title: Potential for Reduction of Streptogramin A Resistance Revealed by Structural Analysis of Acetyltransferase VatA. Authors: Stogios, P.J. / Kuhn, M.L. / Evdokimova, E. / Courvalin, P. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 220.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 457.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4hurC ![]() 4husC ![]() 1mr7S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 24315.986 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P26839, Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups #2: Chemical | ChemComp-MG / | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.2 M POTASSIUM/SODIUM TARTRATE, 2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN A200 / Detector: CCD / Date: Sep 7, 2011 |
Radiation | Monochromator: graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.696→25 Å / Num. obs: 22987 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / Redundancy: 6.1 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 10.74 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.013 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1MR7 Resolution: 2.696→24.666 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.43 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.696→24.666 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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