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- PDB-4hup: Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hup
タイトルStructure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanyl)-L-phenylalanine
要素Ricin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / RICIN / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / PTERIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / TOXIN / HYDROLASE / RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / N-GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-19M / MALONIC ACID / Ricin
類似検索 - 構成要素
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Jasheway, K.R. / Monzingo, A.F. / Saito, R. / Pruet, J.M. / Manzano, L.A. / Wiget, P.A. / Anslyn, E.V. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Peptide-conjugated pterins as inhibitors of ricin toxin A.
著者: Saito, R. / Pruet, J.M. / Manzano, L.A. / Jasheway, K. / Monzingo, A.F. / Wiget, P.A. / Kamat, I. / Anslyn, E.V. / Robertus, J.D.
履歴
登録2012年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Atomic model
改定 1.22013年3月6日Group: Database references
改定 1.32015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Ricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8966
ポリマ－29,9371
非ポリマー9595
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: Ricin
ヘテロ分子

X: Ricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,79112
ポリマ－59,8742
非ポリマー1,91810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area3180 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.723, 67.723, 140.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-677-

HOH

21X-678-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ricin / Ricin A chain / rRNA N-glycosidase / Linker peptide / Ricin B chain


分子量: 29936.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: castor bean / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / プラスミド: PUTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-19M / (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid


タイプ: peptide-like / 分子量: 558.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H26N8O6
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月4日 / 詳細: Varimax HF
放射モノクロメーター: Varimax HF optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.699→50 Å / Num. obs: 33847 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.225 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.7-1.7312.417881.2891100
1.73-1.7612.618061.3251100
1.76-1.7912.518301.3631100
1.79-1.8312.618281.42711000.863
1.83-1.8712.717981.45411000.781
1.87-1.919.511961.479165.90.767
1.91-1.969.817931.711199.60.536
1.96-2.0212.818271.43711000.413
2.02-2.0712.818331.4711000.316
2.07-2.1412.918181.46811000.265
2.14-2.2211.816551.459190.40.251
2.22-2.318.25301.474128.90.194
2.31-2.411318501.33411000.168
2.41-2.5413.118421.24511000.148
2.54-2.713.218571.1711000.122
2.7-2.9113.218681.07511000.1
2.91-3.213.218750.87211000.076
3.2-3.6611.714340.783176.30.063
3.66-4.6111.613560.528170.20.047
4.61-5012.320630.39199.10.036

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RTC

1rtc


解像度: 1.699→25.969 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8272 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 1694 5.02 %random
Rwork0.2092 ---
obs0.2106 33712 91.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.063 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 72.94 Å2 / Biso mean: 26.3206 Å2 / Biso min: 13.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1768 Å20 Å2-0 Å2
2--3.1768 Å20 Å2
3----6.3536 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.699→25.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2078 0 65 337 2480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0093003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.774803
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6985-1.75920.34681920.33643390358299
1.7592-1.82970.3621640.289734753639100
1.8297-1.91290.33361610.29392839300083
1.9129-2.01370.36271720.27143419359199
2.0137-2.13980.25581930.197834593652100
2.1398-2.3050.262940.22642070216459
2.305-2.53670.2151720.205435093681100
2.5367-2.90340.23611930.206235213714100
2.9034-3.65630.21331840.19463129331396
3.6563-25.9720.19011690.17743207337691

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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