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Yorodumi- PDB-4hv3: Structure of Ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonyl-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hv3 | ||||||
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Title | Structure of Ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonyl-L-serinyl)-L-tryptophan | ||||||
Components | Ricin | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / RICIN / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / PTERIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / TOXIN / HYDROLASE / RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / N-GLYCOSIDASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Ricinus communis (castor bean) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.54 Å | ||||||
Authors | Robertus, J.D. / Manzano, L.A. / Jasheway, K.R. / Monzingo, A.F. / Saito, R. / Pruet, J.M. / Wiget, P.A. / Anslyn, E.V. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2013 Title: Peptide-conjugated pterins as inhibitors of ricin toxin A. Authors: Saito, R. / Pruet, J.M. / Manzano, L.A. / Jasheway, K. / Monzingo, A.F. / Wiget, P.A. / Kamat, I. / Anslyn, E.V. / Robertus, J.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hv3.cif.gz | 75.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hv3.ent.gz | 54.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hv3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/4hv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/4hv3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4huoC 4hupC 4hv7C 1rtcS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30067.953 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: castor bean / Source: (gene. exp.) Ricinus communis (castor bean) / Plasmid: PUTA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM101 / References: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-19L / ( | ||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 1.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 10, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double-crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.54→61.1 Å / Num. obs: 49375 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1RTC Resolution: 1.54→61.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.277 / SU ML: 0.048 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.082 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.78 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.54→61.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.539→1.579 Å / Total num. of bins used: 20
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