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- PDB-1px8: Crystal structure of beta-D-xylosidase from Thermoanaerobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1px8
タイトルCrystal structure of beta-D-xylosidase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum, a family 39 glycoside hydrolase
要素Beta-xylosidase
キーワードHYDROLASE / family 39 glycoside hydrolase / xylosidase / xylan / xylose / covalent glycosyl-enzyme intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase domain; family 39 / : / Glycosyl hydrolases family 39 active site. / Glycoside hydrolase, family 39 / : / Glycosyl hydrolases family 39 / : / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolase domain; family 39 / : / Glycosyl hydrolases family 39 active site. / Glycoside hydrolase, family 39 / : / Glycosyl hydrolases family 39 / : / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-xylopyranose / Beta-xylosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacterium saccharolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yang, J.K. / Yoon, H.J. / Ahn, H.J. / Il Lee, B. / Pedelacq, J.D. / Liong, E.C. / Berendzen, J. / Laivenieks, M. / Vieille, C. / Zeikus, G.J. ...Yang, J.K. / Yoon, H.J. / Ahn, H.J. / Il Lee, B. / Pedelacq, J.D. / Liong, E.C. / Berendzen, J. / Laivenieks, M. / Vieille, C. / Zeikus, G.J. / Vocadlo, D.J. / Withers, S.G. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of beta-D-xylosidase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum, a family 39 glycoside hydrolase.
著者: Yang, J.K. / Yoon, H.J. / Ahn, H.J. / Lee, B.I. / Pedelacq, J.D. / Liong, E.C. / Berendzen, J. / Laivenieks, M. / Vieille, C. / Zeikus, G.J. / Vocadlo, D.J. / Withers, S.G. / Suh, S.W.
履歴
登録2003年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylosidase
B: Beta-xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,7794
ポリマ－117,4782
非ポリマー3002
水5,891327
1
A: Beta-xylosidase
B: Beta-xylosidase
ヘテロ分子

A: Beta-xylosidase
B: Beta-xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,5578
ポリマ－234,9574
非ポリマー6014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area18770 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area69780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.719, 92.719, 241.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Beta-xylosidase / 1 / 4-beta-D-xylosidase / 1 / 4-beta-D-xylan xylohydrolase / Xylan 1 / 4-beta-xylosidase


分子量: 58739.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium saccharolyticum (バクテリア)
プラスミド: pXHP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36906, xylan 1,4-beta-xylosidase
#2: 糖 ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 2000 MME, Tris-HCl, dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Yang, J.K., (2002) Acta Crystallogr., D58, 531.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
21.0 MD-xylose1drop
324 %(w/v)PEG2000MME1reservoir
45 mMdithiothreitol1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoirpH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.9500, 0.9787, 0.9789, 1.0000
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.951
20.97871
30.97891
411
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 37528 / Num. obs: 35679 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 76.6
反射
*PLUS
Num. obs: 37528 / Num. measured all: 172649 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.6 % / Rmerge(I) obs: 0.247

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3580 10 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.229 37437 --
obs0.224 35677 84.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 12.7696 Å2 / ksol: 0.28452 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.69 Å20 Å20 Å2
2--4.69 Å20 Å2
3----9.39 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.4 Å / Luzzati sigma a free: 0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8308 0 20 327 8655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.472.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 476 10.2 %
Rwork0.332 4204 -
obs--68.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0068
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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