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- PDB-4hsn: Crystal structure of DAH7PS from Neisseria meningitidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hsn
タイトルCrystal structure of DAH7PS from Neisseria meningitidis
要素3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / DAHP / DAHPS / DAH7PS / TIM BARREL / ALLOSTERIC REGULATION / AROMATIC BIOSYNTHESIS / SHIKIMATE PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOENOLPYRUVATE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cross, P.J. / Pietersma, A.L. / Allison, T.M. / Wilson-Coutts, S.M. / Cochrane, F.C. / Parker, E.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Neisseria meningitidis expresses a single 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase that is inhibited primarily by phenylalanine.
著者: Cross, P.J. / Pietersma, A.L. / Allison, T.M. / Wilson-Coutts, S.M. / Cochrane, F.C. / Parker, E.J.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
B: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
C: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
D: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,12516
ポリマ－154,8494
非ポリマー1,27612
水10,106561
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16100 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area45410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.462, 137.279, 76.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 10 - 350 / Label seq-ID: 10 - 350

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase


分子量: 38712.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 (serogroup B) / 遺伝子: aroG, NMB0307 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9K169, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: A protein solution [11 mg/mL in 10 mM BTP buffer (pH 7.3)] was mixed 1:1 (v/v) with a reservoir solution containing 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% 20% (w/v) PEG 2000 ...詳細: A protein solution [11 mg/mL in 10 mM BTP buffer (pH 7.3)] was mixed 1:1 (v/v) with a reservoir solution containing 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% 20% (w/v) PEG 2000 mme, 0.4 mM MnSO4. The drop sizes were 2 uL, and the volume of the reservoir solution was 500 uL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.79 Å / Num. all: 100515 / Num. obs: 100515 / % possible obs: 99.3 %
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XSCALEデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OF8

1of8


解像度: 2→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.214 / WRfactor Rwork: 0.1796 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8641 / SU B: 7.837 / SU ML: 0.109 / SU R Cruickshank DPI: 0.169 / SU Rfree: 0.1463 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 6233 6.2 %RANDOM
Rwork0.1754 ---
obs0.1774 100477 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.47 Å2 / Biso mean: 37.0606 Å2 / Biso min: 20.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.63 Å20 Å2-0.03 Å2
2--4.22 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10432 0 64 561 11057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01910683
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.0210291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7811.96814460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.478323654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.52951362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39123.996463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.428151846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5361573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02112124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.022365
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms
11A210810.08
12B210810.08
21A209000.09
22C209000.09
31A213450.08
32D213450.08
41B207760.1
42C207760.1
51B209350.09
52D209350.09
61C208080.09
62D208080.09
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 494 -
Rwork0.241 6971 -
all-7465 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8307-0.0382-0.3842.1699-0.43591.12070.05530.1850.33-0.0266-0.0338-0.1186-0.1056-0.0362-0.02150.2715-0.0166-0.03810.06810.05280.2311-3.445-69.646-16.549
21.2814-0.06680.10880.8777-0.08140.555-0.03480.0809-0.0483-0.0481-0.0167-0.08250.06070.01080.05150.2648-0.01-0.0040.02470.01010.22530.783-82.162-9.398
31.3204-0.254-0.0021.2108-0.77330.864-0.02410.1703-0.0825-0.05970.04120.10850.0901-0.0625-0.01710.2719-0.0295-0.02110.0326-0.03210.2174-16.548-85.374-11.432
43.84160.62811.48372.49281.06884.12870.0415-0.123-0.5691-0.001-0.08850.13870.3646-0.10570.0470.3009-0.03250.01690.0123-0.01610.3226-11.724-100.935-2.942
52.93471.90072.25938.15626.11899.8182-0.0339-0.227-0.30020.1828-0.14480.10680.37940.10510.17870.28920.00590.00390.03510.05620.34230.226-101.6142.94
61.67130.65080.19032.81590.77151.46-0.0306-0.2752-0.05540.1123-0.0972-0.0172-0.00610.06240.12780.27750.0145-0.01390.0560.04590.23184.942-85.8722.764
73.40073.03541.003110.98665.18857.4614-0.01990.0727-0.56580.0693-0.1767-0.10780.60890.04940.19660.29590.05990.06290.02280.00010.3786.306-104.375-7.281
82.18440.1272-0.11031.156-1.13942.84630.02520.17350.2691-0.01790.11090.0575-0.1601-0.0485-0.13610.23620.0025-0.01710.03230.06610.3161-31.03-62.933-8.061
92.2595-0.4478-0.50011.51380.25953.5145-0.0414-0.00470.12080.02060.21140.17270.0717-0.3556-0.170.2438-0.0331-0.0330.11990.11520.274-44.24-71.2081.071
101.74740.0825-0.30770.7051-0.74811.1563-0.05560.11950.0394-0.12340.1490.04760.1775-0.1356-0.09340.2349-0.0202-0.04030.0670.07970.2133-33.119-71.736-11.301
111.79780.1948-0.53330.8088-0.55681.0079-0.0155-0.14270.03110.03660.0129-0.01220.05670.01050.00270.2562-0.0059-0.03560.0559-0.00110.2159-22.192-73.9952.618
122.73920.61840.94051.33380.10962.07670.0079-0.3382-0.29050.02730.17880.01370.2342-0.2293-0.18670.2556-0.0024-0.0280.11470.09540.1721-35.997-83.20313.082
132.0909-0.41070.19911.0080.54160.463-0.0131-0.0648-0.2445-0.07670.0020.0946-0.0116-0.1170.01110.2787-0.0556-0.01510.14180.05790.2626-45.59-81.412-0.168
1412.0392-0.0106-1.00069.08694.05337.22520.0423-1.0678-0.06570.71530.28490.0277-0.3889-0.5406-0.32720.22270.09150.03490.30290.13880.1618-47.012-72.70419.686
151.74770.16180.06072.9406-0.65660.76850.0523-0.0402-0.07940.08470.00360.0472-0.0324-0.034-0.05590.3059-0.00570.00260.10230.0710.23020.448-45.433-21.372
161.35110.8980.19014.47860.26152.2115-0.07760.0825-0.0005-0.0190.0144-0.29580.02880.14220.06320.2245-0.0257-0.00390.06370.10720.231514.457-37.491-27.919
171.57680.347-0.32691.2443-0.22440.2162-0.04050.2815-0.021-0.20350.0605-0.00010.0512-0.0646-0.020.2527-0.0175-0.02620.08220.0750.19532.97-48.933-30.456
181.75560.7847-0.15031.3069-0.76530.9048-0.02480.20410.22030.03030.08260.1057-0.11080.0003-0.05780.2328-0.0056-0.01160.05320.10490.2541-7.909-34.232-30.913
192.6508-0.4813-0.64941.2239-0.13691.6742-0.10740.3610.3584-0.1063-0.05760.1337-0.13970.16680.1650.2942-0.0665-0.06730.12480.17130.30845.611-23.129-37.718
201.4850.2311-0.18452.70940.50662.2396-0.20840.34310.0817-0.28030.0281-0.21680.09580.18550.18030.2596-0.0690.02990.15470.13330.228915.465-34.608-36.987
2117.9931-0.9846-0.267211.0923-5.537616.3442-0.1702-0.18430.82830.72240.4310.104-0.9027-0.3186-0.26080.3238-0.0578-0.08250.05880.070.281815.127-15.698-24.13
221.9235-0.08650.31871.1339-0.75212.41910.1402-0.0858-0.1414-0.09620.08540.11320.1319-0.0421-0.22560.29410.0019-0.06420.07160.1210.3196-26.562-53.807-37.368
231.0542-0.28880.40330.7724-0.24351.35590.02040.0193-0.0124-0.07560.05770.15870.0507-0.0271-0.07810.2127-0.0214-0.0480.07810.15410.308-32.288-43.896-38.977
240.8342-0.18150.5940.6973-0.37810.91920.07030.2283-0.0176-0.1151-0.06130.02910.08970.2387-0.00890.22160.0103-0.04790.13540.09830.1759-15.347-46.546-44.325
252.3365-1.20190.5821.93960.0221.75050.00460.3390.1438-0.26780.04490.167-0.11990.3056-0.04950.2836-0.0552-0.06580.17590.14810.2148-22.981-34.015-57.669
262.9139-1.2179-2.93272.1211.62015.3564-0.010.18230.0802-0.15260.06070.3542-0.08490.1779-0.05070.2439-0.0319-0.11510.12640.14480.3489-31.92-34.435-50.338
272.74660.8041-0.02410.93360.69782.2445-0.0564-0.16340.260.03620.15340.4202-0.1183-0.132-0.0970.25740.0367-0.0440.14110.17410.4439-38.306-31.561-39.353
286.1995-1.8877-3.86716.43464.479112.97360.18070.4942-0.1368-0.53640.0330.0921-0.03820.0637-0.21370.2745-0.0159-0.14040.14660.12840.2796-36.419-39.491-62.81
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2A41 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3A164 - 239
4X-RAY DIFFRACTION4A240 - 273
5X-RAY DIFFRACTION5A274 - 295
6X-RAY DIFFRACTION6A296 - 331
7X-RAY DIFFRACTION7A332 - 350
8X-RAY DIFFRACTION8B10 - 50
9X-RAY DIFFRACTION9B51 - 98
10X-RAY DIFFRACTION10B99 - 164
11X-RAY DIFFRACTION11B165 - 243
12X-RAY DIFFRACTION12B244 - 292
13X-RAY DIFFRACTION13B293 - 338
14X-RAY DIFFRACTION14B339 - 350
15X-RAY DIFFRACTION15C10 - 53
16X-RAY DIFFRACTION16C54 - 98
17X-RAY DIFFRACTION17C99 - 162
18X-RAY DIFFRACTION18C163 - 245
19X-RAY DIFFRACTION19C246 - 291
20X-RAY DIFFRACTION20C292 - 342
21X-RAY DIFFRACTION21C343 - 350
22X-RAY DIFFRACTION22D10 - 53
23X-RAY DIFFRACTION23D54 - 154
24X-RAY DIFFRACTION24D155 - 242
25X-RAY DIFFRACTION25D243 - 291
26X-RAY DIFFRACTION26D292 - 314
27X-RAY DIFFRACTION27D315 - 331
28X-RAY DIFFRACTION28D332 - 350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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