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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hjd | |||||||||
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タイトル | GCN4pLI derivative with alpha/beta/acyclic-gamma amino acid substitution pattern | |||||||||
![]() | GCN4pLI(alpha/beta/acyclic gamma) | |||||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / alpha/beta/gamma amino acid | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shin, Y.H. / Mortenson, D.E. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T. / Gellman, S.H. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Differential Impact of beta and gamma Residue Preorganization on alpha / beta / gamma-Peptide Helix Stability in Water. 著者: Shin, Y.H. / Mortenson, D.E. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T. / Gellman, S.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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詳細 | Tetramer generated via symmetry mate at -x,y,-z+1 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3997.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Generated via solid-phase peptide synthesis. #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M NaOAc, 8% w/v PEG4000, cryoprotected by addition of 24% PEG4000 to mother liquor, precipitant solution combined 1+1 uL with peptide stock at 10 mg/mL, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→17.62 Å / Num. obs: 6350 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.72 % / Biso Wilson estimate: 28.775 Å2 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 23.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1GCL 解像度: 1.7→17.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 7.468 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.41 Å2 / Biso mean: 22.6426 Å2 / Biso min: 5.76 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.111 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→17.62 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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