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万見
- PDB-4hjd: GCN4pLI derivative with alpha/beta/acyclic-gamma amino acid subst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hjd
タイトルGCN4pLI derivative with alpha/beta/acyclic-gamma amino acid substitution pattern
要素GCN4pLI(alpha/beta/acyclic gamma)
キーワードUNKNOWN FUNCTION / alpha/beta/gamma amino acid
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Shin, Y.H. / Mortenson, D.E. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Differential Impact of beta and gamma Residue Preorganization on alpha / beta / gamma-Peptide Helix Stability in Water.
著者: Shin, Y.H. / Mortenson, D.E. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2012年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GCN4pLI(alpha/beta/acyclic gamma)
B: GCN4pLI(alpha/beta/acyclic gamma)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9962
ポリマ－7,9962
非ポリマー00
水43224
1
A: GCN4pLI(alpha/beta/acyclic gamma)
B: GCN4pLI(alpha/beta/acyclic gamma)

A: GCN4pLI(alpha/beta/acyclic gamma)
B: GCN4pLI(alpha/beta/acyclic gamma)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9914
ポリマ－15,9914
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7470 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area7340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.920, 51.490, 31.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.870, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGLEULEUAA2 - 142 - 14
21ARGARGLEULEUBB2 - 142 - 14
12GLUGLUARGARGAA22 - 3322 - 33
22GLUGLUARGARGBB22 - 3322 - 33

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細Tetramer generated via symmetry mate at -x,y,-z+1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GCN4pLI(alpha/beta/acyclic gamma)


分子量: 3997.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Generated via solid-phase peptide synthesis.
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M NaOAc, 8% w/v PEG4000, cryoprotected by addition of 24% PEG4000 to mother liquor, precipitant solution combined 1+1 uL with peptide stock at 10 mg/mL, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月14日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→17.62 Å / Num. obs: 6350 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.72 % / Biso Wilson estimate: 28.775 Å2 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 23.38
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsRsym value% possible all
1.7-1.743.73.7617724774770.34698.8
1679446
1686452
1567418
1625434
1536410
1416374
1444385
1337356
1313348
1267337
1158311
1099293
1007272
882238
876236
759206
609165
491135
20157

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.7.0009精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
EMBLMD-2データ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GCL

1gcl


解像度: 1.7→17.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 7.468 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 298 4.7 %RANDOM
Rwork0.2506 ---
obs0.2525 6053 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.41 Å2 / Biso mean: 22.6426 Å2 / Biso min: 5.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å2-0.05 Å2
2---0.82 Å2-0 Å2
3---0.83 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.111 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→17.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数535 0 0 24 559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.02552
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9062.123737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00431041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.184554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.19926.1921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.03815128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.932153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.018529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.01784
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.2093969
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.39856
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.8165981
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms
11A3930.32
12B3930.32
21A3430.27
22B3430.27
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 26 -
Rwork0.343 451 -
all-477 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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