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万見
- PDB-3f87: An alpha/beta-Peptide Helix Bundle with a Pure beta-Amino Acid Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f87
タイトルAn alpha/beta-Peptide Helix Bundle with a Pure beta-Amino Acid Core and a Distinctive Quarternary Structure: GCN4pLI derivative with beta residues at a and d heptad positions - higher symmetry crystal
要素GCN4pLI-betaAD
キーワードUNKNOWN FUNCTION / alpha/beta-peptide / helix bundle / foldamer / GCN4 derivative
機能・相同性IODIDE ION
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Giuliano, M.W. / Horne, W.S. / Gellman, S.H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: An alpha/beta-peptide helix bundle with a pure beta3-amino acid core and a distinctive quaternary structure.
著者: Giuliano, M.W. / Horne, W.S. / Gellman, S.H.
履歴
登録2008年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GCN4pLI-betaAD
B: GCN4pLI-betaAD
C: GCN4pLI-betaAD
D: GCN4pLI-betaAD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,99113
ポリマ－16,8484
非ポリマー1,1429
水1,42379
1
A: GCN4pLI-betaAD
B: GCN4pLI-betaAD
ヘテロ分子

A: GCN4pLI-betaAD
B: GCN4pLI-betaAD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,62518
ポリマ－16,8484
非ポリマー1,77714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
2
C: GCN4pLI-betaAD
D: GCN4pLI-betaAD
ヘテロ分子

C: GCN4pLI-betaAD
D: GCN4pLI-betaAD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3568
ポリマ－16,8484
非ポリマー5084
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.313, 71.313, 97.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The asymmetric unit contains half of two separate, NCS-related tetrameric helix bundles: The second half of the first tetramer, which contains chains A and B, is generated by: (-y, -x, -z+1/2) + (010) / The asymmetric unit contains half of two separate, NCS-related tetrameric helix bundles: The second half of the second tetramer, which contains chains C and D, is generated by: (y, x, -z) + (100)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
GCN4pLI-betaAD


分子量: 4212.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Peptide / 参照: PDB-3F86
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.12 M NaI, 0.08 M NaCl, 0.1 M HEPES-Na pH 7.5, 20% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月21日 / 詳細: confocal mirrors
放射モノクロメーター: Gobel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50.4 Å / Num. all: 10451 / Num. obs: 10316 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.61 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rsym value: 0.061
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 9.76 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 4.41 / Num. unique all: 1096 / Rsym value: 0.228 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0062精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→50.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 7.794 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 490 4.8 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.233 9808 --
obs0.233 9808 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.868 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1176 0 9 79 1264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0260.02972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0112.2131609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.39332391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.543557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.49125.63655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.28215203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.508157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0131077
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.013212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.671.5682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4781.5313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3621079
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1813539
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7854.5525
LS精密化 シェル解像度: 2.396→2.458 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 32 -
Rwork0.24 723 -
obs-723 99.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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