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- PDB-4hgo: 2-keto-3-deoxy-D-glycero-D-galactonononate-9-phosphate phosphohyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hgo
タイトル2-keto-3-deoxy-D-glycero-D-galactonononate-9-phosphate phosphohydrolase from Bacteroides thetaiotaomicron in complex with transition state mimic
要素acylneuraminate cytidylyltransferase
キーワードTransferase / Hydrolase / Rossmann Fold / Phosphohydroylase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nonulopyranosonate 9-phosphatase / hydrolase activity, acting on ester bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / : / HAD-superfamily hydrolase,subfamily IIIA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
deamino-beta-neuraminic acid / oxido(dioxo)vanadium / 2-keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-9-phosphonononic acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Daughtry, K.D. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for the Divergence of Substrate Specificity and Biological Function within HAD Phosphatases in Lipopolysaccharide and Sialic Acid Biosynthesis.
著者: Daughtry, K.D. / Huang, H. / Malashkevich, V. / Patskovsky, Y. / Liu, W. / Ramagopal, U. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2012年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acylneuraminate cytidylyltransferase
B: acylneuraminate cytidylyltransferase
C: acylneuraminate cytidylyltransferase
D: acylneuraminate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,47814
ポリマ－73,4484
非ポリマー1,02910
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area24610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.296, 106.324, 74.147
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-325-

HOH

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要素

#1: タンパク質
acylneuraminate cytidylyltransferase / 2-keto-3-deoxy-D-glycero-D-galactonononate-9-phosphate phosphohydrolase


分子量: 18362.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_1713 / プラスミド: pET-3A-626 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8A712
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-VN4 / oxido(dioxo)vanadium


分子量: 98.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO3
#4: 糖 ChemComp-KDN / deamino-beta-neuraminic acid / beta-deaminoneuraminic acid / 3-deoxy-D-glycero-beta-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid / sialic acid / 3-デオキシ-β-D-glycero-D-galacto-2-ノヌロピラノソン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 268.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16O9
識別子タイププログラム
DKdnpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
2-keto-3-deoxy-b-D-nonulopyranosic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-KdnpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
KdnSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 19% polyethylene glycol 3350 and 100 mM magnesium formate. Crystal soaked with 20 mM NaVN4 and 50 mM KDN for 1 week. Crystal dragged through Paratone prior to flash cooling, pH 7.5, VAPOR ...詳細: 19% polyethylene glycol 3350 and 100 mM magnesium formate. Crystal soaked with 20 mM NaVN4 and 50 mM KDN for 1 week. Crystal dragged through Paratone prior to flash cooling, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月24日 / 詳細: Helios multi-layer optics
放射モノクロメーター: rotating-anode / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.5 Å / Num. all: 38011 / Num. obs: 38011 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 23.37 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 6.29
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.73 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.485 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3E8M

3e8m


解像度: 2.1→28.482 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 25.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 2000 5.26 %
Rwork0.1914 --
obs0.1942 38004 99.45 %
all-38004 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.67 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5132 0 56 176 5364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0427117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8611931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003904
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15250.34691390.27572516X-RAY DIFFRACTION99
2.1525-2.21070.30851400.25732510X-RAY DIFFRACTION99
2.2107-2.27570.2961410.2312538X-RAY DIFFRACTION99
2.2757-2.34920.31421400.2222524X-RAY DIFFRACTION99
2.3492-2.43310.28071410.20942536X-RAY DIFFRACTION100
2.4331-2.53040.26471420.21072551X-RAY DIFFRACTION99
2.5304-2.64550.29581420.20632557X-RAY DIFFRACTION100
2.6455-2.78490.27911410.21522539X-RAY DIFFRACTION99
2.7849-2.95920.29241430.21292575X-RAY DIFFRACTION100
2.9592-3.18740.22661430.19952571X-RAY DIFFRACTION100
3.1874-3.50770.2831440.18982594X-RAY DIFFRACTION100
3.5077-4.0140.21741430.16062581X-RAY DIFFRACTION99
4.014-5.05260.15561470.14042645X-RAY DIFFRACTION100
5.0526-28.48460.20721540.17032767X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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