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- PDB-3mn1: Crystal structure of probable yrbi family phosphatase from pseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mn1
タイトルCrystal structure of probable yrbi family phosphatase from pseudomonas syringae pv.phaseolica 1448a
要素probable yrbi family phosphatase
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PHOSPHATASE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / N-acylneuraminate cytidylyltransferase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / : / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Ramagopal, U. / Toro, R. / Freeman, J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the divergence of substrate specificity and biological function within HAD phosphatases in lipopolysaccharide and sialic acid biosynthesis.
著者: Daughtry, K.D. / Huang, H. / Malashkevich, V. / Patskovsky, Y. / Liu, W. / Ramagopal, U. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2010年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: probable yrbi family phosphatase
B: probable yrbi family phosphatase
C: probable yrbi family phosphatase
D: probable yrbi family phosphatase
E: probable yrbi family phosphatase
F: probable yrbi family phosphatase
G: probable yrbi family phosphatase
H: probable yrbi family phosphatase
I: probable yrbi family phosphatase
J: probable yrbi family phosphatase
K: probable yrbi family phosphatase
L: probable yrbi family phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,50824
ポリマ－248,08312
非ポリマー42512
水26,0681447
1
A: probable yrbi family phosphatase
C: probable yrbi family phosphatase
D: probable yrbi family phosphatase
H: probable yrbi family phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8368
ポリマ－82,6944
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9500 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
2
B: probable yrbi family phosphatase
J: probable yrbi family phosphatase
K: probable yrbi family phosphatase
L: probable yrbi family phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8368
ポリマ－82,6944
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9350 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
3
E: probable yrbi family phosphatase
F: probable yrbi family phosphatase
G: probable yrbi family phosphatase
I: probable yrbi family phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8368
ポリマ－82,6944
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area26490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.965, 127.023, 107.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
probable yrbi family phosphatase


分子量: 20673.576 Da / 分子数: 12 / 変異: R151Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア)
株: 1448A / Race 6 / 遺伝子: PSPPH_4147 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q48EB9
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100MM SODIUM CITRATE, PH 5.6, 30% PEG 4K, 200MM AMMONIUM ACETATE, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9786
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月3日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 190104 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 23.603 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.996 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22182 5717 3 %RANDOM
Rwork0.17546 ---
obs0.17688 183426 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.885 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20.38 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15986 0 12 1447 17445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02216549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0491.97622361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.86652219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33123.93748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.055153039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.35815140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.013210484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.376316701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.48536065
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.26655595
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 427 -
Rwork0.261 13116 -
obs--96.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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