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- PDB-3e8m: Structure-function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e8m
タイトルStructure-function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nononate-9-phosphate (KDN) Phosphatase Defines a New Clad Within the Type C0 HAD Subfamily
要素Acylneuraminate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / 2-keto-3-deoxynononic acid 9-phosphate phosphohydrolase / Nucleotidyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nonulopyranosonate 9-phosphatase / hydrolase activity, acting on ester bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / : / HAD-superfamily hydrolase,subfamily IIIA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 2-keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-9-phosphonononic acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Lu, Z. / Wang, L. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure-Function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galactonononate-9-phosphate Phosphatase Defines Specificity Elements in Type C0 Haloalkanoate Dehalogenase Family Members.
著者: Lu, Z. / Wang, L. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2008年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acylneuraminate cytidylyltransferase
B: Acylneuraminate cytidylyltransferase
C: Acylneuraminate cytidylyltransferase
D: Acylneuraminate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,53536
ポリマ－73,4484
非ポリマー2,08632
水19,5821087
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12870 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area26430 Å2
手法PISA
2
A: Acylneuraminate cytidylyltransferase
B: Acylneuraminate cytidylyltransferase
C: Acylneuraminate cytidylyltransferase
D: Acylneuraminate cytidylyltransferase
ヘテロ分子

A: Acylneuraminate cytidylyltransferase
B: Acylneuraminate cytidylyltransferase
C: Acylneuraminate cytidylyltransferase
D: Acylneuraminate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,06972
ポリマ－146,8978
非ポリマー4,17364
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area31120 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area47480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.243, 107.482, 75.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-264-

HOH

21B-350-

HOH

31C-326-

HOH

41D-301-

HOH

51D-426-

HOH

61D-477-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Acylneuraminate cytidylyltransferase


分子量: 18362.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_1713 / プラスミド: pET-3A-626 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8A712

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非ポリマー , 8種, 1119分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1087 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% w/v polyethelene glycol (PEG) 4,000, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 0.2 M sodium acetate and 10 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 258326 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 8.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 43.5
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 22333 / Χ2: 1.011 / % possible all: 84.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
DENZOデータ削減
精密化開始モデル: pdb entry 1K1E

1k1e


解像度: 1.1→28.782 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.13 / SU ML: 0.09 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1.89 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.141 24703 5.05 %RANDOM
Rwork0.127 ---
obs0.128 257759 94.97 %-
all-257889 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.109 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.45 Å2 / Biso mean: 17.685 Å2 / Biso min: 8.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.077 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.633 Å2-0 Å2
3----0.953 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.12 Å0.11 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→28.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10811 0 171 1197 12179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONf_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONf_from_restr_planes0.026
X-RAY DIFFRACTIONf_zero_chiral_vol0.073
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.1-1.16930.173434370.1562X-RAY DIFFRACTION6674381.6
1.1693-1.25960.13940650.1191X-RAY DIFFRACTION7691494.2
1.2596-1.38630.12442910.1049X-RAY DIFFRACTION7862996.6
1.3863-1.58690.122342920.0962X-RAY DIFFRACTION8011998
1.5869-1.99930.125743960.1029X-RAY DIFFRACTION8093899.4
1.9993-28.79230.137142220.1244X-RAY DIFFRACTION81464100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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