PDB-4hbc: Crystal structure of a conformation-dependent rabbit IgG Fab spec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hbc

タイトル

Crystal structure of a conformation-dependent rabbit IgG Fab specific for amyloid prefibrillar oligomers

要素

Antigen Binding Fragment, Immunoglobulin IgG - Heavy Chain
Antigen Binding Fragment, Immunoglobulin IgG - Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / rabbit / conformation-specific / amyloid

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Arai, H.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a conformation-dependent rabbit IgG Fab specific for amyloid prefibrillar oligomers.
著者: Arai, H. / Glabe, C. / Luecke, H.

履歴

登録	2012年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2012年10月31日	ID: 3NL4
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hbc.cif.gz	193.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hbc.ent.gz	154.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hbc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hbc_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hbc_full_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示
XML形式データ	4hbc_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	4hbc_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hbc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4kk5-3 5itf-2 6wgj-3 6z3k-9 5t78-1 6ugv-2 6ju0-3 4gay-2 6eyn-2 6df2-1 4ygv-1 4yhn-2 6tcm-d 3ejy-4 4yhm-d 6au5-2 1d5b-3 4msw-1 1bbj-2 6eyn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Antigen Binding Fragment, Immunoglobulin IgG - Heavy Chain

L: Antigen Binding Fragment, Immunoglobulin IgG - Light Chain

ヘテロ分子

45.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.934, 42.184, 86.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.930, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-503- HOH
2	1	H-511- HOH

#1: 抗体	Antigen Binding Fragment, Immunoglobulin IgG - Heavy Chain 分子量: 22683.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Antigen Binding Fragment, Immunoglobulin IgG - Light Chain 分子量: 22689.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium sulfate 20 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979462 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979462 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.54→31.01 Å / Num. obs: 56536 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 6.46 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 10.2 / Scaling rejects: 2758

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.54-1.6	4.67	0.53	2	14927	3191	1.25	49.7
1.6-1.66	5	0.428	2.5	20477	4076	1.17	63.5
1.66-1.73	5.58	0.355	3.2	28225	5050	1.14	78.9
1.73-1.83	6.73	0.253	4.8	41866	6206	1.07	96.7
1.83-1.94	6.71	0.406	4.3	42830	6303	1.27	98.2
1.94-2.09	6.93	0.149	8.3	44031	6286	1.04	97.9
2.09-2.3	6.69	0.178	8.7	41398	6149	0.82	95.5
2.3-2.63	6.94	0.08	12.9	44737	6422	0.71	99.1
2.63-3.32	7.02	0.063	17.3	45722	6475	0.7	99.6
3.32-31.01	6.7	0.049	25.4	43516	6378	0.8	95.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	31.01 Å
Translation	2.5 Å	31.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.7L	データスケーリング
d*TREK	9.7L	データ削減
PHASER	1.3.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.2663 / WR_factor R_work: 0.1993 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7725 / SU B: 5.08 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / SU R_free: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2592	2857	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1973	-	-	-
obs	0.2004	56401	87.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.66 Å² / B_iso mean: 27.7234 Å² / B_iso min: 12.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.22 Å²	0 Å²	-1.19 Å²
2-	-	2.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3152	0	5	434	3591

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	1.958	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.666	5	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.487	24.554	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.169	15	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.081	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2469
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.655	3	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	28.311	5	125
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	10.391	5	3529

LS精密化シェル

解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.412	127	-
R_work	0.31	2057	-
all	-	2184	-
obs	-	-	46.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4047	-0.8476	0.1337	1.0975	0.2786	0.9615	0.1294	0.0867	0.1023	-0.0433	-0.1629	-0.0584	-0.0192	0.063	0.0335	0.0527	-0.0073	0.004	0.0469	0.0044	0.0926	-11.3475	20.5667	-8.089
2	4.4185	-1.0622	1.8503	0.8657	1.1012	4.9775	0.1759	-0.0855	-0.1568	-0.0266	0.0117	0.022	-0.0363	-0.2113	-0.1876	0.0915	0.0666	0.02	0.0924	0.0296	0.0997	-49.5479	29.3668	-15.1278
3	2.8789	0.5272	-0.7189	1.8378	0.6901	3.7068	-0.0243	0.0497	-0.0363	0.0452	0.3069	-0.0496	0.2863	0.3587	-0.2826	0.0579	0.0605	-0.0294	0.1094	-0.0533	0.0697	-37.1654	26.5134	-12.4052
4	3.1227	0.6018	-1.3327	1.0623	0.7467	3.7028	0.0842	-0.2825	-0.0662	0.116	0.0506	-0.1808	0.1119	0.3563	-0.1348	0.1008	0.0251	-0.0278	0.1539	-0.0032	0.1276	-42.0388	28.9869	-4.7193
5	5.451	0.9309	0.5785	1.3721	-0.1895	0.6767	0.1046	0.6651	-0.0635	-0.2896	-0.1918	-0.0094	0.0071	0.2836	0.0872	0.1561	0.1315	-0.0436	0.306	-0.0049	0.0404	-15.2443	14.9092	-33.5508
6	1.5688	0.0529	-0.1493	0.9417	-0.1235	2.603	0.2215	0.2525	-0.1476	-0.0995	-0.2023	0.0757	0.2405	-0.0073	-0.0191	0.1013	0.0805	-0.0436	0.1068	-0.048	0.0534	-12.8706	8.8888	-22.6877
7	1.1841	-0.52	0.1367	0.4287	-0.3498	0.4671	0.1566	0.2322	-0.0657	-0.0748	-0.1383	0.0271	0.0694	0.1058	-0.0183	0.0792	0.0585	-0.0221	0.1058	-0.061	0.052	-25.9951	18.2749	-26.0821
8	0.9167	-0.2595	-0.5511	0.8562	1.1961	2.8864	0.0808	0.1263	0.1156	-0.1401	0.1764	-0.0811	-0.4324	0.2173	-0.2572	0.0846	-0.0193	0.044	0.0851	-0.0131	0.0556	-43.3486	34.3737	-27.6887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	122 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	145 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	193 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	L	1 - 24
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	25 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	58 - 143
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	144 - 213

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