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万見
- PDB-4h22: Crystal structure of the dimeric coiled-coil domain of the cytoso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h22
タイトルCrystal structure of the dimeric coiled-coil domain of the cytosolic nucleic acid sensor LRRFIP1
要素Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / nucleic acid sensor / Flightless-1
機能・相同性
機能・相同性情報


LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Signaling by FGFR1 in disease / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / double-stranded RNA binding / cytoskeleton / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cadherin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II ...LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Signaling by FGFR1 in disease / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / double-stranded RNA binding / cytoskeleton / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cadherin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1/2 / LRRFIP family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4090 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Nguyen, J.B. / Modis, Y.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the dimeric coiled-coil domain of the cytosolic nucleic acid sensor LRRFIP1.
著者: Nguyen, J.B. / Modis, Y.
履歴
登録2012年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1
B: Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1
C: Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1
D: Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6004
ポリマ－49,6004
非ポリマー00
水46826
1
A: Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1
B: Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8002
ポリマ－24,8002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area12680 Å2
手法PISA
2
C: Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1
D: Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8002
ポリマ－24,8002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.363, 71.447, 68.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1 / LRR FLII-interacting protein 1 / GC-binding factor 2 / TAR RNA-interacting protein


分子量: 12399.946 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 162-249 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRFIP1, GCF2, TRIP / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q32MZ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, MES pH 6.5, sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. all: 15508 / Num. obs: 15465 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8
反射 シェル解像度: 2.89→2.94 Å / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2q6q

2q6q


解像度: 2.89→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 29.59 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.8 / ESU R: 0.434 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24757 775 5 %RANDOM
Rwork0.23461 ---
obs0.23529 14690 99.1 %-
all-15465 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 100.862 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.42 Å2-0 Å2-0.12 Å2
2---0.04 Å2-0 Å2
3---5.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2630 0 0 26 2656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.91.9613546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3155308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.44826.025161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.78315563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.811514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022002
LS精密化 シェル解像度: 2.89→2.962 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 56 -
Rwork0.357 980 -
obs--93.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.985-2.0131.96621.0622-0.97611.16520.1845-0.20410.1015-0.1283-0.0268-0.06310.1968-0.1351-0.15770.07840.0461-0.08630.25860.01720.1764-0.28198.7795-20.8824
20.9733-0.86390.50521.2715-0.71411.13650.1311-0.0249-0.0202-0.0645-0.1203-0.09610.25970.0798-0.01080.11640.0190.01730.15340.05370.1376-1.0957.0633-21.7395
31.4908-2.2001-0.49883.55760.75940.1991-0.0536-0.1409-0.0274-0.12940.12360.07-0.00610.0241-0.070.12820.056-0.0070.1749-0.00520.171-25.58117.7081-23.4163
44.6931-5.1966-1.50366.26291.88090.66990.094-0.3437-0.1738-0.32380.08080.0811-0.12860.0249-0.17480.070.08310.05120.17240.02790.263-24.99516.7117-19.4822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A168 - 248
2X-RAY DIFFRACTION2B167 - 249
3X-RAY DIFFRACTION3C170 - 243
4X-RAY DIFFRACTION4D170 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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