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- PDB-4gxu: Crystal structure of antibody 1F1 bound to the 1918 influenza hem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gxu
タイトルCrystal structure of antibody 1F1 bound to the 1918 influenza hemagglutinin
要素
  • (Antibody 1F1, ...) x 2
  • (Hemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral fusion protein / immunoglobulin / virus attachment and entry / immune recognition / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.294 Å
データ登録者Ekiert, D.C. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Influenza Human Monoclonal Antibody 1F1 Interacts with Three Major Antigenic Sites and Residues Mediating Human Receptor Specificity in H1N1 Viruses.
著者: Tsibane, T. / Ekiert, D.C. / Krause, J.C. / Martinez, O. / Crowe, J.E. / Wilson, I.A. / Basler, C.F.
履歴
登録2012年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12021年5月26日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 3.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
G: Hemagglutinin HA1 chain
H: Hemagglutinin HA2 chain
I: Hemagglutinin HA1 chain
J: Hemagglutinin HA2 chain
K: Hemagglutinin HA1 chain
L: Hemagglutinin HA2 chain
M: Antibody 1F1, heavy chain
N: Antibody 1F1, light chain
O: Antibody 1F1, heavy chain
P: Antibody 1F1, light chain
Q: Antibody 1F1, heavy chain
R: Antibody 1F1, light chain
S: Antibody 1F1, heavy chain
T: Antibody 1F1, light chain
U: Antibody 1F1, heavy chain
V: Antibody 1F1, light chain
W: Antibody 1F1, heavy chain
X: Antibody 1F1, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)631,66842
ポリマ－625,49524
非ポリマー6,17418
水00
1
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
M: Antibody 1F1, heavy chain
N: Antibody 1F1, light chain
O: Antibody 1F1, heavy chain
P: Antibody 1F1, light chain
Q: Antibody 1F1, heavy chain
R: Antibody 1F1, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,83421
ポリマ－312,74712
非ポリマー3,0879
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47690 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area104930 Å2
手法PISA
2
G: Hemagglutinin HA1 chain
H: Hemagglutinin HA2 chain
I: Hemagglutinin HA1 chain
J: Hemagglutinin HA2 chain
K: Hemagglutinin HA1 chain
L: Hemagglutinin HA2 chain
S: Antibody 1F1, heavy chain
T: Antibody 1F1, light chain
U: Antibody 1F1, heavy chain
V: Antibody 1F1, light chain
W: Antibody 1F1, heavy chain
X: Antibody 1F1, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,83421
ポリマ－312,74712
非ポリマー3,0879
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42890 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area87320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.711, 176.269, 168.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Hemagglutinin HA1 chain / Hemagglutinin receptor binding subunit


分子量: 36452.797 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 18-344 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/South Carolina/1/1918 H1N1 / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): High5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9WFX3
#2: タンパク質
Hemagglutinin HA2 chain / Hemagglutinin membrane fusion subunit


分子量: 20093.121 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 345-520 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/South Carolina/1/1918 H1N1 / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): High5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9WFX3

-
抗体 , 2種, 12分子 MOQSUWNPRTVX

#3: 抗体
Antibody 1F1, heavy chain


分子量: 24914.973 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体
Antibody 1F1, light chain


分子量: 22788.197 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 18分子

#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 8.5% PEG6000, 100 mM Tris, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月9日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.294→50 Å / Num. obs: 108722 / % possible obs: 80.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 104.24 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 3.294→3.42 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.52 / % possible all: 34.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GXV

4gxv


解像度: 3.294→35.036 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2547 5428 5.01 %RANDOM
Rwork0.2188 102884 --
obs0.2206 108312 80.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 308.71 Å2 / Biso mean: 109.4148 Å2 / Biso min: 18.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.294→35.036 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37154 0 402 0 37556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00539522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24553879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0695934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066981
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.47314445
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.294-3.3310.4306700.38271282135230
3.331-3.37010.3403800.33521462154235
3.3701-3.41120.3584800.33041550163036
3.4112-3.45440.377900.34731794188442
3.4544-3.49980.4249960.3362070216649
3.4998-3.54770.36271180.32872236235452
3.5477-3.59830.31921270.30092370249755
3.5983-3.6520.32991320.29372565269760
3.652-3.7090.34731550.30352720287565
3.709-3.76970.34281500.2732971312169
3.7697-3.83460.30721750.27083124329973
3.8346-3.90430.311790.27263342352178
3.9043-3.97930.32221860.24953492367883
3.9793-4.06040.30451970.23973841403890
4.0604-4.14850.27972050.23064013421894
4.1485-4.24490.27182430.22374169441298
4.2449-4.35080.2682250.22284241446699
4.3508-4.46820.23182250.21342404465100
4.4682-4.59940.24262090.19394278448799
4.5994-4.74760.2452530.195142494502100
4.7476-4.91680.23872090.194742674476100
4.9168-5.11310.23332400.190342554495100
5.1131-5.3450.22642130.187942854498100
5.345-5.62570.2212340.193942604494100
5.6257-5.97660.23372260.194742944520100
5.9766-6.43540.22492170.200743234540100
6.4354-7.07820.23322300.212742914521100
7.0782-8.09150.23642110.199943444555100
8.0915-10.15310.2032270.188943144541100
10.1531-35.03820.26512260.22874242446897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37530.3651-0.24310.95610.23410.5025-0.16290.38610.3397-0.1690.00980.5078-0.3976-0.418-0.30920.57650.008-0.1390.25650.14470.5308-115.6498-60.8522-91.6202
23.5270.2781.21910.7362-0.16950.9697-0.23590.11060.3365-0.2763-0.06930.586-0.1169-0.6850.16980.4197-0.1431-0.11291.165-0.07480.6744-154.4749-90.5576-111.2463
30.5434-0.1181-0.47390.41220.12270.9141-0.0653-0.01540.08790.2490.17450.37660.0559-0.46820.59870.1310.30150.34170.3671-0.18360.0989-116.4889-84.4269-65.9224
41.27310.539-0.00391.0759-0.12330.47760.02770.1172-0.3059-0.1496-0.10430.56130.2571-0.779-0.15830.4007-0.31040.05361.0226-0.03250.8987-153.8731-106.4489-96.3236
51.50210.59090.42490.86970.20790.226-0.28150.48890.0553-0.30370.3449-0.13150.0094-0.0288-0.02120.29050.02680.11060.3518-0.14070.2637-97.1943-90.4369-94.5673
61.82010.43341.10191.53490.64051.8062-0.1440.72-0.5495-0.35430.19030.23950.1212-0.0408-0.00090.3336-0.22230.06111.0117-0.11250.6437-142.3469-108.2463-114.581
72.11050.64420.81910.2818-0.10250.77820.28730.0260.38430.2838-0.12420.2213-0.0989-0.1489-0.07640.6198-0.0099-0.0520.7555-0.07120.6301-121.6755-58.438-157.5903
82.38821.75560.54672.1471.30550.9787-0.08920.02360.41180.1533-0.08360.0322-0.45380.09220.2141.0413-0.3679-0.31460.61850.12880.646-74.9189-44.5982-138.5567
91.43320.84420.50430.67390.13790.36810.4793-0.3636-0.29140.4482-0.4884-0.24930.3314-0.11140.14721.0394-0.1721-0.07780.4474-0.08590.6943-108.0414-91.0314-155.8284
102.0306-0.07911.36070.54650.40942.21570.2284-0.5987-0.28340.5228-0.3439-0.60150.02850.433-0.12181.0496-0.3736-0.42670.90340.31710.7268-66.8603-64.6938-136.3855
110.6570.59380.74180.6410.06251.05430.12030.6655-0.2901-0.0652-0.0296-0.2541-0.04090.1569-0.01330.56210.2861-0.09131.184-0.32570.5232-101.5004-70.6783-184.5905
123.33720.47060.7421.05970.04460.7103-0.0350.1942-0.09980.3434-0.1495-0.5513-0.20620.40260.18670.7025-0.1692-0.20610.64720.29810.4873-62.6353-52.8383-154.0401
131.34620.4407-0.34420.6777-0.09090.4339-0.22350.232-0.1711-0.13020.16680.12820.1269-0.04750.07260.9901-0.4432-0.01130.27930.14250.351-70.7854-45.2973-99.4809
141.6498-0.58590.13522.04250.33851.2255-0.0970.0234-0.24110.55920.3249-0.64910.42970.3099-0.13491.05470.0628-0.16240.4663-0.33180.6531-32.2325-37.9575-94.7299
150.59520.662-0.06970.84380.03390.13820.0418-0.09550.28330.2447-0.10710.0782-0.22070.11530.0270.9508-0.32710.03060.08640.10280.351-70.2168-38.3236-79.1859
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181.0448-0.753-0.01391.48420.34230.94750.0639-0.31780.5877-0.07990.2158-0.8362-0.11350.5955-0.48830.65740.29230.00450.9113-0.49290.9628-84.6653-53.1187-39.078
191.2043-0.1112-0.09371.4912-0.69041.5073-0.0134-0.172-0.32670.7186-0.2735-0.5499-0.02810.27780.14690.80010.1192-0.46210.3671-0.03481.2085-66.5591-94.9698-57.6795
201.0037-0.4358-0.09710.2035-0.08510.97840.7438-0.45580.20510.0554-0.0274-0.12410.32450.0818-0.37411.5057-0.3993-0.53612.29280.55661.6522-46.4576-85.6161-25.9668
212.80640.90890.2941.6178-0.45093.38220.1564-0.11880.24670.6244-0.2231-0.8845-0.66410.6608-0.09510.6856-0.0383-0.2750.678-0.05791.4542-57.333-76.8407-64.0044
220.71150.5513-0.00731.8594-0.83682.306-0.1784-0.21350.3322-0.1391-0.20630.1578-0.01520.20860.24961.9184-0.5892-0.85472.00520.32091.5467-34.2816-82.4973-36.2437
231.30480.47-0.25560.5182-0.53510.60950.0763-0.0745-0.17310.18040.13720.02740.5104-0.4407-0.10921.3332-0.4221-0.12151.5364-0.09310.772-160.985-85.3195-151.0531
241.52180.70320.8880.46880.13491.33830.07110.11130.0646-0.25830.09590.51130.6569-0.6492-0.13430.995-0.3617-0.18182.1485-0.02430.8723-166.409-80.9728-171.3486
250.7807-0.1728-0.30170.79410.54481.11180.37310.5902-0.6493-0.3282-0.30850.5122-0.035-0.27890.1251.27980.625-0.68721.2158-0.62321.5296-123.1627-119.1162-191.6961
261.22230.3886-0.54151.07110.5290.75750.14890.3713-0.5197-0.1901-0.19850.8094-0.1347-0.7460.00421.16590.3352-0.53991.653-0.73682.2244-143.0989-116.758-184.7319
272.7341-1.34541.31711.689-0.39251.1419-0.12720.05350.3452-0.43680.27340.7597-0.1432-0.01990.05010.8541-0.096-0.39251.80540.47731.1773-140.5651-57.9299-208.3754
281.5259-0.07260.78440.83970.55040.8636-0.25420.3013-0.1689-0.22550.35240.44710.3036-0.0451-0.07091.0302-0.0623-0.37281.49470.2591.1823-144.4563-78.4264-212.8331
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA9 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC9 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 171
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE9 - 325
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF1 - 171
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG9 - 325
8X-RAY DIFFRACTION8chain HH1 - 171
9X-RAY DIFFRACTION9chain II9 - 325
10X-RAY DIFFRACTION10chain JJ1 - 171
11X-RAY DIFFRACTION11chain KK9 - 325
12X-RAY DIFFRACTION12chain LL1 - 171
13X-RAY DIFFRACTION13chain M and resid 1:113M1 - 113
14X-RAY DIFFRACTION14chain M and resid 114:215M114 - 215
15X-RAY DIFFRACTION15chain N and resid 1:107N1 - 107
16X-RAY DIFFRACTION16chain N and resid 108:209N108 - 209
17X-RAY DIFFRACTION17chain OO1 - 112
18X-RAY DIFFRACTION18chain PP1 - 106
19X-RAY DIFFRACTION19chain Q and resid 1:113Q1 - 113
20X-RAY DIFFRACTION20chain Q and resid 114:215Q114 - 215
21X-RAY DIFFRACTION21chain R and resid 1:107R1 - 107
22X-RAY DIFFRACTION22chain R and resid 108:209R108 - 209
23X-RAY DIFFRACTION23chain SS1 - 112
24X-RAY DIFFRACTION24chain TT1 - 106
25X-RAY DIFFRACTION25chain UU1 - 112
26X-RAY DIFFRACTION26chain VV1 - 106
27X-RAY DIFFRACTION27chain WW1 - 112
28X-RAY DIFFRACTION28chain XX1 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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