PDB-4gw4: Crystal structure of 3BNC60 Fab with P61A mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gw4

タイトル

Crystal structure of 3BNC60 Fab with P61A mutation

要素

3BNC60 Fab Heavy-chain
3BNC60 Fab Light-chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / FWR / IgG / Anti HIV / gp120 / HIV

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Diskin, R. / Fu, B.Z. / Bjorkman, P.J.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Somatic Mutations of the Immunoglobulin Framework Are Generally Required for Broad and Potent HIV-1 Neutralization.
著者: Klein, F. / Diskin, R. / Scheid, J.F. / Gaebler, C. / Mouquet, H. / Georgiev, I.S. / Pancera, M. / Zhou, T. / Incesu, R.B. / Fu, B.Z. / Gnanapragasam, P.N. / Oliveira, T.Y. / Seaman, M.S. / ...

履歴

登録	2012年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gw4.cif.gz	471.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gw4.ent.gz	400.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/4gw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/4gw4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jpvC 4jpwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rpi-2 4x8j-2 4elk-2 7fab-d 6uga-2 1hxm-2 4jpi-1 4nyl-3 6tul-d 2eyt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: 3BNC60 Fab Light-chain

H: 3BNC60 Fab Heavy-chain

A: 3BNC60 Fab Heavy-chain

B: 3BNC60 Fab Light-chain

ヘテロ分子

96.3 kDa, 4 ポリマー
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1

L: 3BNC60 Fab Light-chain

H: 3BNC60 Fab Heavy-chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 2 ポリマー
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2

A: 3BNC60 Fab Heavy-chain

B: 3BNC60 Fab Light-chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.570, 154.880, 74.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体

3BNC60 Fab Light-chain

分子量: 23076.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

3BNC60 Fab Heavy-chain

分子量: 24864.656 Da / 分子数: 2 / Mutation: P61A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.9 詳細: 16% polyethylene glycol 6,000, 0.1 M citric acid pH 3.9, 0.15 M lithium sulfate monohydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→39.35 Å / Num. all: 39926 / Num. obs: 39093 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.65→2.72 Å / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_966)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→39.346 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2556	1954	5 %
R_work	0.2132	-	-
obs	0.2154	39058	98.1 %
all	-	39926	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.874 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.9555 Å²	-0 Å²	5.8892 Å²
2-	-	-4.4106 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.5449 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→39.346 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6400	0	28	199	6627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6603
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.356	8984
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.917	2352
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	992
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1152

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6499-2.7162	0.5706	137	0.5449	2591	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7162-2.7896	0.4975	138	0.4712	2630	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7896-2.8717	0.4883	139	0.3983	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8717-2.9643	0.316	141	0.3104	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9643-3.0702	0.3105	139	0.2405	2664	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0702-3.1931	0.2631	139	0.2093	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1931-3.3384	0.2452	140	0.2153	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3384-3.5143	0.2793	141	0.2138	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5143-3.7343	0.2389	137	0.1996	2589	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7343-4.0223	0.2259	141	0.1848	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0223-4.4266	0.2073	141	0.1549	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4266-5.066	0.1651	141	0.1395	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
5.066-6.3783	0.2243	138	0.1876	2641	X-RAY DIFFRACTION	97
6.3783-39.3505	0.2601	142	0.2172	2675	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1516	-0.6303	-0.1576	2.6921	0.682	0.1734	0.1256	-0.4956	0.0904	0.6008	0.2822	1.1847	0.3611	-1.5971	-0.2363	0.5064	-0.147	0.0855	0.9246	0.067	0.3428	-33.3822	43.282	-27.9162
2	7.913	-0.3577	0.3637	3.681	1.4084	7.1617	-0.4321	0.0965	-0.03	-0.1913	0.4802	-0.0135	-0.3486	-0.4256	-0.0337	0.2165	-0.0193	-0.0045	0.2974	0.039	0.2116	-24.2865	50.168	-18.6584
3	6.5944	2.9464	-4.2037	3.1964	0.0691	4.7356	-0.3528	-0.3287	1.2998	0.9797	0.2945	1.0366	-0.1096	-1.1709	-0.1236	0.5437	0.2042	0.1165	0.6927	-0.0199	0.45	-34.1972	54.4468	-19.1818
4	0.5692	0.0095	0.7843	0.7613	-0.9181	6.8482	0.2833	-0.1124	-0.2629	-0.0529	0.1985	0.0647	0.8544	0.1375	0.6787	0.1959	0.0406	0.0464	0.4336	0.0704	0.2088	-27.4392	42.7749	-25.32
5	0.329	-0.1944	0.3102	0.0868	-0.2037	0.3215	0.1963	0.0858	-1.0341	-0.9667	0.2707	1.3651	1.092	-0.0168	-0.2039	1.2557	-0.0125	0.0371	0.3602	0.0928	0.8336	-25.4664	14.7863	-33.2121
6	8.1263	5.3375	-0.33	5.6995	-1.7166	1.0458	0.0198	0.4001	-1.9913	-0.6673	0.8265	0.7581	1.4967	-0.3439	-0.0167	1.5683	-0.0607	0.0555	0.4482	0.0976	1.3549	-32.5703	11.5692	-26.4521
7	3.0136	0.1997	0.9233	3.0844	1.1959	1.1522	0.3743	-0.4528	-0.8381	0.5761	0.4122	-0.2003	0.4955	0.5007	0.7971	0.7297	0.0454	0.2365	0.3429	0.074	0.3311	-24.286	17.5702	-31.2915
8	0.9815	1.1458	-0.9674	2.3108	-0.2677	1.6668	0.1077	0.1082	-0.8308	-0.5006	0.4229	0.2328	0.9033	-0.2628	1.0922	1.0455	-0.2922	-0.4009	0.4415	0.1689	1.6992	-35.157	15.5665	-37.5939
9	4.0228	-1.4981	0.5286	4.0861	-0.1129	5.2017	0.0475	-0.1493	-0.5697	0.1918	0.0276	-0.5324	0.2136	0.4365	0.0399	0.137	-0.0034	-0.0134	0.3422	-0.0198	0.3673	-13.149	39.5344	-3.6118
10	1.6399	-1.6673	0.5384	3.898	-0.8971	3.5372	0.1403	-0.2317	-0.1816	-0.2086	0.0692	-0.6842	-0.0717	0.902	0.2006	0.1857	0.0303	-0.022	0.4798	-0.0478	0.4059	-12.1237	40.9639	-6.3643
11	3.1361	0.0616	1.4354	4.8875	-0.4705	1.6712	-0.1633	0.4283	0.0451	-0.1865	-0.0126	-1.9437	0.4894	0.8606	-0.233	1.3033	0.373	0.1894	0.548	0.0123	0.9374	-11.2729	17.2708	-31.4038
12	4.9458	0.4055	-0.6118	2.9236	1.2986	2.8119	-0.1083	-0.1351	0.3933	0.1013	0.1657	-0.2545	-0.2718	0.2874	0.0849	0.2401	-0.0064	-0.0854	0.3653	-0.0263	0.2582	-8.0291	-21.4906	-18.7784
13	4.1975	2.373	1.1439	6.9435	0.0285	3.865	0.259	-0.3781	-0.31	1.1151	-0.1093	-1.4738	-0.8372	0.1509	-0.2344	1.0182	-0.1125	-0.0161	0.3993	-0.1019	0.7705	-23.841	1.451	2.812
14	0.27	0.7793	-0.4352	4.0994	-0.914	0.8086	0.2915	1.3701	0.3498	-0.7515	0.221	0.4807	-0.1502	-1.0392	0.1165	0.3596	0.0609	0.0409	0.9251	0.1577	0.3212	-38.7762	-24.4303	-14.1687
15	7.0047	-0.9391	-0.012	3.5937	-0.0085	3.5624	-0.2303	0.0689	0.3248	0.0219	0.3781	0.205	-0.3819	-0.4744	0.2265	0.0868	-0.0567	-0.0444	0.3038	0.0438	0.1644	-26.7304	-27.9736	-16.6729
16	2.1555	-0.6314	-1.9951	2.2936	1.2033	2.1326	0.0637	-0.6006	-0.888	0.0659	0.3036	0.0025	-0.0646	0.6986	-0.3311	0.2351	-0.0013	-0.0256	0.4344	-0.0122	0.5413	-24.1433	-38.345	-13.2122
17	2.0492	-1.0348	-1.6934	7.7766	-3.9995	4.6563	0.1553	0.975	-0.7546	-1.4962	0.406	0.6729	0.3637	-0.8222	0.7451	0.3919	-0.0573	0.0116	0.675	-0.1415	0.3114	-33.8804	-35.5603	-21.6196
18	3.9937	-0.6245	-3.9439	0.5706	0.9749	4.1157	0.2545	0.1096	0.555	-0.1861	0.2038	0.029	-0.3854	0.2137	-0.1238	0.2101	-0.0254	-0.0038	0.4371	0.0447	0.1653	-32.5162	-23.8166	-12.4845
19	2.0528	1.3494	-0.3133	0.8785	-0.2512	0.8261	-0.1972	0.4035	1.4468	-0.5122	0.4185	1.6352	-0.7286	-0.0903	-0.1062	0.8571	0.015	-0.0145	0.3486	0.1316	0.7562	-35.7656	3.9218	-5.0403
20	3.1233	-2.6213	3.1312	2.1864	-2.6246	3.1435	-0.5526	0.3552	1.6923	-0.2693	0.2263	0.2783	-1.1167	-0.2031	-0.4022	1.4141	-0.0301	-0.0435	0.3564	0.1837	0.9708	-36.6203	7.1316	-14.7969
21	3.066	1.7026	-0.14	6.4957	-0.2592	1.893	-0.5038	0.0366	0.6799	-0.6009	0.7211	-0.2896	-0.2991	0.4574	0.1129	0.6216	0.0014	0.0115	0.3045	-0.0138	0.3785	-33.6095	0.2714	-5.3836
22	0.5475	-0.5294	-0.9289	0.5289	0.7579	2.5251	0.3492	0.4044	1.0804	-0.3317	0.1542	0.3309	-0.8155	-0.313	-0.0511	1.1966	0.0949	-0.4745	0.625	0.3452	1.9661	-45.3982	4.8998	-7.7759

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 4 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 19 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 60 through 73 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 74 through 102 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 103 through 139 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 140 through 152 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 153 through 178 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 179 through 198 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 2 through 74 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 74a through 117 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 118 through 217 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 2 through 117 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 118 through 217 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 4 through 18 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 19 through 46 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 47 through 59 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 60 through 73 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 74 through 102 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 103 through 139 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 140 through 152 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 153 through 177 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 178 through 199 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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