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- PDB-4grl: Crystal structure of a autoimmune TCR-MHC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4grl
タイトルCrystal structure of a autoimmune TCR-MHC complex
要素
  • (MHC class II ...) x 2
  • TCR Hy.1B11 alpha chain
  • TCR Hy.1B11 beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune complex / peptide antigen presentation / multiple sclerosis / autoimmunity
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II HLA-DQ-alpha chain / MHC class II antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Sethi, D.K. / Wucherpfennig, K.W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Crossreactivity of a human autoimmune TCR is dominated by a single TCR loop.
著者: Sethi, D.K. / Gordo, S. / Schubert, D.A. / Wucherpfennig, K.W.
履歴
登録2012年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: MHC class II antigen
C: TCR Hy.1B11 alpha chain
D: TCR Hy.1B11 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0205
ポリマ－96,7994
非ポリマー2211
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13200 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area37140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.011, 125.583, 134.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
MHC class II ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain


分子量: 20762.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: alpha chain, HLA-DQ1, HLA-DQA1, MHC CLASS II MOLECULE
プラスミド: pEE13.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Lec3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q30066
#2: タンパク質 MHC class II antigen


分子量: 23232.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: beta chain, HLA-DQ1, HLA-DQB1, MHC CLASS II MOLECULE
プラスミド: pEE13.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Lec3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q67AJ6

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 TCR Hy.1B11 alpha chain


分子量: 23266.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCR Hy.1B11 alpha chain / プラスミド: pet22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 TCR Hy.1B11 beta chain


分子量: 29536.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCR Hy.1B11 beta chain / プラスミド: pet22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 / 非ポリマー , 2種, 36分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 3-17 ARE A PEPTIDE FROM PSEUDOMONAS, COVALENTLY ATTACHED TO N-TERM OF TCR BETA CHAIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 6.1
詳細: 0.1% Ammonium sulphate, 12% peg 6000, 0.1M Sodium citrate, pH 6.1, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→50 Å / Num. all: 32941 / Num. obs: 29267 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.86→2.96 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→36.601 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 1432 4.96 %
Rwork0.2016 --
obs0.2044 28869 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.9383 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→36.601 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6399 0 14 35 6448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096583
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2798950
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1962356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.86-2.96220.39471340.31222718X-RAY DIFFRACTION100
2.9622-3.08070.3871470.28872711X-RAY DIFFRACTION100
3.0807-3.22090.3481500.27392679X-RAY DIFFRACTION100
3.2209-3.39060.30471390.23912734X-RAY DIFFRACTION100
3.3906-3.60280.32861260.23422763X-RAY DIFFRACTION100
3.6028-3.88070.25711540.19492682X-RAY DIFFRACTION99
3.8807-4.27070.20861330.17582764X-RAY DIFFRACTION99
4.2707-4.88750.18681470.13872752X-RAY DIFFRACTION99
4.8875-6.15290.22461510.17812773X-RAY DIFFRACTION99
6.1529-36.60430.25161510.20632861X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.33510.9709-0.57152.56042.13914.18670.03010.0987-0.0774-0.10940.1632-0.0888-0.22440.4421-0.14190.36450.0084-0.03370.1964-0.00290.27851.154310.369913.6416
20.58631.0719-0.11093.58530.04142.5473-0.04550.4061-0.0199-0.66690.2117-0.17370.25720.5232-0.20.4671-0.0455-0.07930.4691-0.07850.42036.100515.884417.6912
32.42241.59370.19581.79550.68884.0769-0.14640.8720.0954-0.63270.264-0.43180.44670.8636-0.09890.45290.00030.11540.6632-0.12490.41188.52685.274-2.7414
41.8355-0.15931.21612.19710.80742.59420.01820.6969-0.0928-0.70780.2029-0.49720.16761.2968-0.15740.7401-0.05210.10630.7489-0.17560.49698.90464.4463-4.6098
52.20380.1636-1.21142.26010.43293.28960.0153-0.2132-0.43810.63240.034-0.10770.41410.1849-0.0520.55790.0401-0.09030.3028-0.03210.3144-1.19611.869824.797
60.4527-0.031-0.04322.22431.07550.7458-0.4867-0.22360.2735-0.0647-0.21450.4655-0.2741-1.24990.53490.52820.134-0.01940.3686-0.03110.4274-11.864515.344318.2066
72.34890.87290.37094.5022-0.40834.4524-0.15820.50.1418-0.49340.16670.2181-0.5201-0.09580.06240.38770.0194-0.02680.41510.04130.2842-16.55261.3329-13.6442
82.40950.63890.71011.58330.61151.4833-0.29870.02780.1037-0.46320.20120.1946-0.6035-0.29650.2120.6156-0.008-0.11240.33450.08880.3453-15.64283.8568-14.4204
91.7984-0.5093-0.13870.95720.62760.39440.12760.33110.8089-1.16820.33670.2622-0.60280.4259-0.950.7791-0.00610.21590.4528-0.16160.6610.979244.603239.7623
102.4532-0.3002-0.6273.1611.51914.0226-0.0391-0.11180.0099-0.08710.02840.16920.1994-0.2739-0.05990.36410.0327-0.04340.3399-0.04290.42-3.115733.588941.5263
113.8658-0.08310.20092.22861.90771.68930.0049-0.08950.2439-0.4656-0.08860.3303-0.6929-0.12130.14530.41870.0439-0.06590.242-0.00040.4257-2.273235.463139.8171
125.20590.87343.3522.22490.96649.1753-0.5758-0.9588-1.2189-0.3348-0.14210.26140.0166-1.20320.18330.50770.07930.02440.0668-0.15760.63560.9548.120161.0037
134.6198-0.9730.38261.317-0.21941.09950.36270.05340.16190.4462-0.0916-0.99120.19631.6388-0.17850.33340.051-0.06720.6887-0.05890.477921.461549.947773.004
144.47221.8439-0.92425.9571-1.25685.023-0.10681.26590.4278-0.25610.15170.2118-0.65120.04640.03860.4150.0244-0.09480.47560.01420.308514.213354.786261.7051
153.65422.66621.79236.06350.96913.5039-0.97510.2933-0.4678-0.55940.47060.3193-0.3763-1.23490.18840.36870.0399-0.00240.543-0.03540.48688.257543.676168.3327
161.2742-2.1091-0.35463.3396-0.34785.44930.076-0.05260.82630.5450.0979-1.09070.05121.8029-0.75570.2339-0.4812-0.0918-0.1975-0.40570.916620.068960.090368.9227
173.46641.62910.64382.15610.86392.24480.1764-0.5697-0.8133-0.5558-0.3562-0.53160.1921.0903-0.17580.3026-0.0249-0.10490.8-0.05490.542224.267425.862443.6923
184.49560.84550.73871.9939-1.44071.57740.08790.35960.0358-0.40420.02860.12910.20920.1045-0.02990.41410.0035-0.02550.4281-0.13530.316214.525725.517633.928
191.8092-0.20451.34823.08890.63431.69930.13340.4049-0.1525-0.16760.2686-0.43320.07640.5328-0.3680.41260.0503-0.02010.5913-0.19370.421518.044324.686637.2324
201.6719-0.06631.68350.9504-0.13992.9515-0.71741.70320.3371-0.1350.3994-0.0853-1.17271.42780.40410.3727-0.1215-0.02941.036-0.23040.667431.704238.01247.2941
211.1870.07640.71721.3266-0.35571.2510.04820.3593-0.05210.14960.2394-0.15730.18010.0571-0.26040.2035-0.0448-0.03810.2947-0.07330.532419.473541.552368.946
223.76380.0755-0.08871.39620.32434.0902-0.08590.2992-0.154-0.00520.3316-0.01030.2827-0.2477-0.12250.22310.0344-0.04660.2189-0.09190.410819.517939.227465.7264
233.56390.0046-3.07891.773-0.21113.6314-0.28350.1394-0.4387-0.02090.0908-0.59810.10260.57360.36670.28040.0422-0.12030.665-0.15720.739233.387433.285260.6615
245.3933-2.08151.45053.3315-2.08362.7385-0.13410.70820.1554-0.3243-0.1556-0.54810.15880.38260.11540.47210.0162-0.0570.4208-0.11190.2947-0.294616.769924.7532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 35 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 76 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 134 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 135 through 180 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 64 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 65 through 97 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 98 through 144 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 145 through 191 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 2 through 14 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 15 through 61 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 62 through 105 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 106 through 119 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 120 through 138 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 139 through 161 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 162 through 178 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 179 through 192 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid -2 through 21 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 22 through 62 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 63 through 104 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 105 through 119 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 120 through 157 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 158 through 210 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 211 through 240 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid -24 through -11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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