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- PDB-4gri: Crystal structure of a glutamyl-tRNA synthetase GluRS from Borrel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gri
タイトルCrystal structure of a glutamyl-tRNA synthetase GluRS from Borrelia burgdorferi bound to glutamic acid and zinc
要素Glutamate--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-dependent / transferase / aaRS / GluRS / tRNAglu
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain 1 / Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #350 / Glutamate-tRNA ligase, bacterial/mitochondrial / Glutamyl-tRNA synthetase / : / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding / Anticodon binding domain ...Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain 1 / Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #350 / Glutamate-tRNA ligase, bacterial/mitochondrial / Glutamyl-tRNA synthetase / : / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding / Anticodon binding domain / Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Glutamyl-trna Synthetase; Domain 2 / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 3 / Glutamyl-tRNA Synthetase; Domain 3 / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / HUPs / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / Glutamate--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Ligand co-crystallization of aminoacyl-tRNA synthetases from infectious disease organisms.
著者: Moen, S.O. / Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Clifton, M.C. / Sankaran, B. / Van Voorhis, W.C. / Sharma, A. / Manoil, C. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2012年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate--tRNA ligase
B: Glutamate--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9317
ポリマ－118,4702
非ポリマー4615
水5,206289
1
A: Glutamate--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4834
ポリマ－59,2351
非ポリマー2483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glutamate--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4483
ポリマ－59,2351
非ポリマー2132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.460, 110.310, 197.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Glutamate--tRNA ligase / Glutamyl-tRNA synthetase / GluRS


分子量: 59235.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: BB_0372, gltX / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O51345, glutamate-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: BobuA.01348.a.A1 at 28 mg/mL with 20 mM glutamic acid against Wiz3 screen condition A8, 20% PEG 3350, 0.2 M KNO3 with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 233969a8, ...詳細: BobuA.01348.a.A1 at 28 mg/mL with 20 mM glutamic acid against Wiz3 screen condition A8, 20% PEG 3350, 0.2 M KNO3 with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 233969a8, unique puck ID qax1-1, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 42317 / Num. obs: 41054 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 39.822 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 10.18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.6-2.670.3743.3911525276288.9
2.67-2.740.3553.5211651276992.8
2.74-2.820.2834.1112128277695.1
2.82-2.910.2534.5812587277897
2.91-30.2175.2412693270598.4
3-3.110.197612840260498
3.11-3.220.186.8813334252397.3
3.22-3.360.158.3913403241797.3
3.36-3.510.13111.0812850232397.4
3.51-3.680.11312.7312717225798.4
3.68-3.880.10214.0212415215198.9
3.88-4.110.09215.5312389207198.6
4.11-4.390.08317.0511997192299
4.39-4.750.07718.1711095179798.8
4.75-5.20.08117.5910559168299.4
5.2-5.810.08716.189296152699.8
5.81-6.710.08616.218599136499.6
6.71-8.220.07117.37324116499.4
8.22-11.630.05820.37571092899.5
11.630.04918.31309953595.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1j09

1j09


解像度: 2.6→48.175 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7231 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2851 2072 5.05 %
Rwork0.2233 --
obs0.2264 41004 96.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.79 Å2 / Biso mean: 37.4745 Å2 / Biso min: 1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7526 0 23 289 7838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027735
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68210489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4352803
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.66050.31621130.26282360247389
2.6605-2.7270.32581420.2682396253892
2.727-2.80080.32941370.25362531266895
2.8008-2.88320.31841520.24942509266197
2.8832-2.97620.32671280.25242584271298
2.9762-3.08260.32921260.2342630275698
3.0826-3.2060.32971260.23812589271598
3.206-3.35180.27041370.2352579271697
3.3518-3.52850.3461450.24182580272597
3.5285-3.74950.32611440.2222636278099
3.7495-4.03890.26491380.20672641277999
4.0389-4.44510.22591320.19322681281399
4.4451-5.08770.23761440.19332687283199
5.0877-6.40750.26781510.221327162867100
6.4075-48.18340.23881570.21212813297098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02530.00470.04410.01450.02260.0880.00840.00150.0044-0.00640.0582-0.01090.0955-0.1220.0874-0.1002-0.1767-0.0582-0.0204-0.06990.0059-22.346318.9554-20.1414
20.02640.00210.0053-0.00230.00260.0236-0.01420.05220.00650.0162-0.0025-0.0488-0.02170.02140.0153-0.0486-0.0477-0.0650.0501-0.06790.0231-3.402918.22450.534
30.04150.00390.02990.00630.00410.0192-0.0023-0.07470.01010.0301-0.0179-0.01080.00040.017-0.0378-0.0517-0.0659-0.02560.087-0.01420.06453.558220.21045.2432
40.0253-0.0333-0.01770.06670.05530.0540.03540.04050.0001-0.02050.0211-0.02850.0370.0880.02710.01540.0436-0.05860.0713-0.13660.1589-1.52219.6911-11.1056
50.0692-0.0459-0.00230.0472-0.03140.0331-0.00870.04840.0367-0.0539-0.0023-0.05220.0799-0.05170.0073-0.1219-0.03510.01610.0372-0.0356-0.0037-13.465314.649-26.072
60.21440.0080.1340.0635-0.04840.4130.09750.0434-0.06890.03130.03880.01110.1404-0.09880.13970.04790.00420.0330.0403-0.03170.0783-23.515821.3927-41.3868
70.0385-0.0315-0.01690.0618-0.01280.03230.04740.0642-0.0271-0.04840.00330.01270.0301-0.03170.05160.12280.1264-0.04580.25520.03570.3101-35.322241.9384-47.9246
80.0344-0.0163-0.02240.0655-0.01120.02030.02120.02660.0753-0.00730.017-0.0214-0.01-0.02280.04450.17960.0940.0540.24520.16160.185-20.767743.033-53.0735
90.0213-0.01220.02280.013-0.01520.0264-0.00280.01090.0462-0.0316-0.009-0.0209-0.0149-0.0433-0.00430.49740.3210.0770.54280.17640.3577-24.423745.2679-73.1791
100.0003-0.0130.00940.0224-0.03450.02220.04480.02920.0787-0.0951-0.060.072-0.0839-0.0160.00540.41430.2674-0.01140.3670.12340.4997-22.889648.6435-61.3556
110.05450.02630.02530.0235-0.03310.16930.02220.05540.0261-0.0350.04290.03620.0522-00.12410.03680.0340.00830.01260.05250.0563-6.276219.1213-78.6684
120.0131-0.01220.02540.0908-0.0620.1182-0.0258-0.02670.0025-0.0568-0.01730.0642-0.0692-0.03940.00920.19520.0410.01210.1359-0.05140.0795-24.940518.0106-99.6286
130.0347-0.00440.00610.0011-0.00180.00030.0040.0462-0.0086-0.0129-0.00580.03070.019-0.0579-0.02410.2232-0.0811-0.14080.22180.03360.1478-31.990220.0133-104.4065
140.0309-0.01840.03110.1351-0.02710.16830.028-0.04620.0199-0.00310.06680.13590.1512-0.12090.19080.2306-0.0222-0.01970.05930.0520.0515-18.115113.483-76.7333
150.2074-0.0463-0.04460.14550.02670.26150.0959-0.03130.06110.01080.06020.0262-0.00270.00530.29270.00610.04490.06160.0762-0.0023-0.0157-5.326421.511-57.4227
160.0029-0.0019-0.00150.00670.0031-0.0004-0.0092-0.02020.03250.00760.0076-0.03840.00430.0251-0.0396-0.02460.00870.05510.01-0.0580.08230.989439.9647-49.8773
170.00940.01480.0150.02180.0210.02070.022-0.04970.04640.102-0.05550.0807-0.0185-0.0139-0.06940.3287-0.16390.09280.1677-0.04330.1663-7.084246.7056-28.872
180.0157-0.0095-0.00380.0520.00660.00260.0676-0.04970.06960.0704-0.0530.1187-0.0212-0.02650.02230.0471-0.14690.00480.1359-0.10840.152-6.958347.9454-35.2854
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 3:87)A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 88:123)A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 124:156)A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 157:195)A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 196:294)A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 295:346)A0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 347:369)A0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 370:405)A0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 406:455)A0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 456:490)A0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 3:87)B0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 88:123)B0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 124:156)B0
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 157:294)B0
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 295:346)B0
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 347:386)B0
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND (RESID 387:439)B0
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND (RESID 440:490)B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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