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万見
- PDB-4gqs: Structure of Human Microsomal Cytochrome P450 (CYP) 2C19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gqs
タイトルStructure of Human Microsomal Cytochrome P450 (CYP) 2C19
要素Cytochrome P450 2C19
キーワードOXIDOREDUCTASE / monooxygenase / drug metabolizing enzyme / heme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


fenbendazole monooxygenase (4'-hydroxylating) / xenobiotic catabolic process => GO:0042178 / xenobiotic metabolic process => GO:0006805 / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / organic acid metabolic process ...fenbendazole monooxygenase (4'-hydroxylating) / xenobiotic catabolic process => GO:0042178 / xenobiotic metabolic process => GO:0006805 / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / organic acid metabolic process / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / omega-hydroxylase P450 pathway / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / : / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / monoterpenoid metabolic process / : / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / steroid metabolic process / steroid hydroxylase activity / monooxygenase activity / xenobiotic metabolic process / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0XV / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 2C19
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Reynald, R.L. / Sansen, S. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Characterization of Human Cytochrome P450 2C19: ACTIVE SITE DIFFERENCES BETWEEN P450s 2C8, 2C9, AND 2C19.
著者: Reynald, R.L. / Sansen, S. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
履歴
登録2012年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2C19
B: Cytochrome P450 2C19
C: Cytochrome P450 2C19
D: Cytochrome P450 2C19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,18815
ポリマ－218,3244
非ポリマー3,86411
水90150
1
A: Cytochrome P450 2C19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7546
ポリマ－54,5811
非ポリマー1,1735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 2C19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4783
ポリマ－54,5811
非ポリマー8972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome P450 2C19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4783
ポリマ－54,5811
非ポリマー8972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytochrome P450 2C19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4783
ポリマ－54,5811
非ポリマー8972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.189, 159.189, 450.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2C19 / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / ...(R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / CYPIIC17 / CYPIIC19 / Cytochrome P450-11A / Cytochrome P450-254C / Mephenytoin 4-hydroxylase


分子量: 54581.000 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (UNP Residues 21-490) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: ALLELIC VARIANT 1B / 遺伝子: CYP2C19 / プラスミド: PCW0RI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: UniProt: P33261, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P33261, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む, EC: 1.14.13.80, EC: 1.14.13.48, EC: 1.14.13.49
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-0XV / (4-hydroxy-3,5-dimethylphenyl)(2-methyl-1-benzofuran-3-yl)methanone


分子量: 280.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 2000, 10% isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.92014 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92014 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→79.6 Å / Num. all: 50609 / Num. obs: 50609 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 76.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.87→3.03 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 7297 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R9O

1r9o


解像度: 2.87→79.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 8638772.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: FLAT BULK SOLVENT MODEL USED KSOL: 0.36 BSOL: 83.8113
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 2570 5.1 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.25 50558 99.7 %-
all-50609 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 83.8113 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 85.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----1.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→79.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14719 0 274 50 15043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.881
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.772
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.87→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 240 4.8 %
Rwork0.351 4730 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6xdict_heme.parxdict_heme.top
X-RAY DIFFRACTION7dmb.pardmb.top
X-RAY DIFFRACTION8gol.pargol.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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