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- PDB-4go4: Crystal structure of PnpE in complex with Nicotinamide adenine di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4go4
タイトルCrystal structure of PnpE in complex with Nicotinamide adenine dinucleotide
要素Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.099 Å
データ登録者Su, J. / Zhang, C. / Liu, S. / Zhu, D. / Gu, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PnpE in complex with Nicotinamide adenine dinucleotide
著者: Su, J. / Zhang, C. / Liu, S. / Zhu, D. / Gu, L.
履歴
登録2012年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
B: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
C: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
D: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
E: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
F: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
G: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
H: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)432,68116
ポリマ－427,3748
非ポリマー5,3078
水2,432135
1
A: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
B: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1704
ポリマ－106,8442
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area31810 Å2
手法PISA
2
C: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
D: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1704
ポリマ－106,8442
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area31670 Å2
手法PISA
3
E: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
F: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1704
ポリマ－106,8442
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8790 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area31520 Å2
手法PISA
4
G: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
H: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1704
ポリマ－106,8442
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8820 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area31720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.911, 154.539, 143.435
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase


分子量: 53421.758 Da / 分子数: 8 / 変異: S426H, Y484H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 株: WBC-3 / 遺伝子: pnpE / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1I208, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M BICINE pH 8.5, 20% PEG 10000, 1mM NAD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 69131 / Num. obs: 69131 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 62.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3-3.113.30.6032184.8
6.46-503.70.02845.3199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GO3

4go3


解像度: 3.099→37.243 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 1759 2.9 %
Rwork0.2067 --
obs0.208 60632 88.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 10.933 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 153.48 Å2 / Biso mean: 60.26 Å2 / Biso min: 12.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2112 Å20 Å2-2.3687 Å2
2--9.8381 Å2-0 Å2
3----10.0493 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.099→37.243 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29496 0 352 135 29983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01130592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55541560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.35811536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0864616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055416
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0994-3.18310.41381070.30433669377672
3.1831-3.27670.36371190.29983881400076
3.2767-3.38240.32311200.28043999411979
3.3824-3.50320.31011230.26114142426581
3.5032-3.64340.29781300.24554275440584
3.6434-3.8090.29811290.23124369449886
3.809-4.00960.25461340.21644518465288
4.0096-4.26050.23681410.19954668480992
4.2605-4.58890.2021490.17254976512597
4.5889-5.04970.22861480.17415005515398
5.0497-5.77810.25311530.19795083523699
5.7781-7.27090.2241520.17785123527599
7.2709-37.24570.19881540.17925165531999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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