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- PDB-4g9n: Crystal structure of the Rhizoctonia solani agglutinin in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g9n
タイトルCrystal structure of the Rhizoctonia solani agglutinin in complex with N'-acetyl-galactosamine
要素agglutinin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / carbohydrate-binding specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizoctonia solani (菌類)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Skamnaki, V.T. / Kantsadi, A.L. / Leonidas, D.D.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2013
タイトル: Structural analysis of the Rhizoctonia solani agglutinin reveals a domain-swapping dimeric assembly.
著者: Skamnaki, V.T. / Peumans, W.J. / Kantsadi, A.L. / Cubeta, M.A. / Plas, K. / Pakala, S. / Zographos, S.E. / Smagghe, G. / Nierman, W.C. / Van Damme, E.J. / Leonidas, D.D.
履歴
登録2012年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: agglutinin
B: agglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6305
ポリマ－30,9662
非ポリマー6643
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.583, 61.251, 32.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 agglutinin


分子量: 15483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhizoctonia solani (菌類) / 参照: UniProt: L8WGI4*PLUS
#2: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Reservoir: 0.1 M sodium acetate, pH 4.2, 20% v/v PEG8000, 0.2 M sodium chloride, 10 mM sodium citrate, a single native crystal was soaked in a solution of 12.9 mM N'-acetyl-galactosamine ...詳細: Reservoir: 0.1 M sodium acetate, pH 4.2, 20% v/v PEG8000, 0.2 M sodium chloride, 10 mM sodium citrate, a single native crystal was soaked in a solution of 12.9 mM N'-acetyl-galactosamine (GalNAc) in reservoir solution for 48 hours, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月18日
放射モノクロメーター: Cu-Ka / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→13.86 Å / Num. all: 13153 / Num. obs: 13153 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.33 % / Biso Wilson estimate: 10.02 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
REFMAC精密化
CrysalisProデータ収集
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4G9M

4g9m


解像度: 2.2→13.859 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 646 4.91 %
Rwork0.1502 --
obs0.1543 13153 99.88 %
all-13153 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1351 Å20 Å2-1.1153 Å2
2--1.3682 Å2-0 Å2
3---0.767 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→13.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2177 0 45 262 2484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1373097
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.343811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004397
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.36920.28481220.16922487X-RAY DIFFRACTION99
2.3692-2.60620.26471140.17442472X-RAY DIFFRACTION100
2.6062-2.98010.28371380.16222528X-RAY DIFFRACTION100
2.9801-3.74230.21711320.13862482X-RAY DIFFRACTION100
3.7423-13.85910.17331400.13052538X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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