PDB-4g9m: Crystal structure of the Rhizoctonia solani agglutinin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g9m

タイトル

Crystal structure of the Rhizoctonia solani agglutinin

要素

agglutinin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / carbohydrate-binding specificity

機能・相同性

Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / carbohydrate binding / Mainly Beta / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizoctonia solani (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.601 Å

データ登録者

Skamnaki, V.T. / Kantsadi, A.L. / Leonidas, D.D.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2013
タイトル: Structural analysis of the Rhizoctonia solani agglutinin reveals a domain-swapping dimeric assembly.
著者: Skamnaki, V.T. / Peumans, W.J. / Kantsadi, A.L. / Cubeta, M.A. / Plas, K. / Pakala, S. / Zographos, S.E. / Smagghe, G. / Nierman, W.C. / Van Damme, E.J. / Leonidas, D.D.

履歴

登録	2012年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g9m.cif.gz	125.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g9m.ent.gz	99.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4g9m_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g9m_full_validation.pdf.gz	426.7 KB	表示
XML形式データ	4g9m_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	4g9m_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/4g9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/4g9m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g9nC 2x2sS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4g9n-d 3h5o-2 5xss-3 3aq5-d 3brs-1 1jye-d 3u21-d 3d21-d 6y4q-d 3hor-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (2) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: agglutinin

B: agglutinin

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.979, 61.091, 32.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	agglutinin 分子量: 15483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhizoctonia solani (菌類) / 参照: UniProt: L8WGI4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.2, 20% v/v PEG8000, 0.2 M sodium chloride, 10 mM sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03954 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月20日
放射	モノクロメーター: bent Si(111) crystal, horizontally focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→20.734 Å / Num. all: 27436 / Num. obs: 27436 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.63 % / B_iso Wilson estimate: 21.05 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / R_sym value: 0.342 / % possible all: 37.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MrBUMP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X2S

2x2s

解像度: 1.601→20.734 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	1386	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1813	-	-	-
obs	0.184	27436	86.43 %	-
all	-	27436	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 80.942 Å² / k_sol: 0.438 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.3207 Å²	-0 Å²	1.6549 Å²
2-	-	1.4573 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.7779 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.601→20.734 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2178	0	0	247	2425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2244
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	3065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.422	800
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	399

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.601-1.6584	0.2667	61	0.2726	1120	X-RAY DIFFRACTION	37
1.6584-1.7248	0.3026	107	0.2501	1989	X-RAY DIFFRACTION	66
1.7248-1.8032	0.2906	144	0.225	2572	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8032-1.8982	0.2544	151	0.2015	2845	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8982-2.0171	0.2544	149	0.1856	2894	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0171-2.1726	0.2453	150	0.1746	2928	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1726-2.391	0.2029	157	0.1784	2912	X-RAY DIFFRACTION	97
2.391-2.7363	0.2691	144	0.1873	2983	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7363-3.4449	0.2386	165	0.18	2946	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4449-20.7353	0.2034	158	0.166	2861	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.573	0.1709	-0.5293	0.0873	-0.037	0.7439	-0.4809	0.2905	-0.2357	-0.2539	0.1893	0.1635	0.515	-0.3661	-0.0119	0.3408	-0.067	0.0467	0.1221	-0.0349	0.2433	39.9142	34.9036	2.0898
2	1.0714	0.4546	-1.3076	1.4378	-0.3318	1.2393	-0.1677	-0.217	-0.2633	-0.075	-0.1178	-0.2372	0.2377	0.209	-0.02	0.2073	0.0228	0.0322	0.1467	0.0482	0.2034	41.2527	32.0403	10.8552
3	0.6108	1.0393	-0.6355	1.9657	-0.975	0.977	-0.2175	-1.0213	-0.5155	-0.1696	-0.0293	-0.9384	0.1195	0.7028	-0.2148	0.1804	0.0559	-0.0045	0.4977	0.0606	0.2811	52.2727	34.7335	11.4085
4	0.5816	-0.0169	-0.3476	0.5045	0.2604	0.4057	-0.2127	0.0906	-0.3046	-0.6038	0.0711	-0.1966	0.2292	-0.008	-0.0354	0.2591	0.0106	0.0975	0.1989	0.0143	0.2781	49.1063	33.7338	3.6116
5	0.1313	-0.1779	-0.0574	0.1166	0.0013	0.0305	-0.037	0.2375	0.1461	-0.2817	-0.0622	0.0856	0.0526	-0.5326	0.0127	0.2175	-0.0353	-0.0008	0.2475	-0.0139	0.1409	40.731	54.4448	2.4618
6	0.1202	-0.098	-0.0357	0.0391	-0.0247	0.0639	0.1707	0.0167	0.4926	0.2645	0.0209	0.2536	-0.2757	-0.0848	-0.0002	0.2165	-0.0069	0.0015	0.1462	-0.0058	0.2083	40.6367	68.5518	12.188
7	0.0656	0.1216	-0.0994	0.1809	-0.1285	0.1186	0.0145	0.0609	0.4083	-0.017	0.0556	0.0452	-0.1963	-0.0995	0.0001	0.1788	0.0101	-0.0223	0.1937	0.021	0.1895	44.5819	71.5931	10.7422
8	0.0316	-0.0735	-0.0008	0.0619	0.0302	-0.008	0.2378	0.1409	-0.0028	-0.4841	-0.1183	-0.0427	-0.115	-0.1438	0.0002	0.2004	0.0195	0.001	0.2033	0.0283	0.1811	47.0331	62.4885	3.2852
9	0.2091	0.0528	-0.0553	0.0684	-0.1011	0.0376	-0.0252	0.0296	-0.0061	-0.0505	-0.0368	0.079	-0.1441	0.0531	0	0.1837	0.0035	-0.0089	0.1565	0.0216	0.1723	53.2423	60.0484	7.0509
10	0.4316	-0.3564	-0.267	0.3652	0.1628	0.1555	0.268	-0.476	0.1656	0.3062	-0.1904	-0.2618	-0.201	-0.124	0.015	0.1577	-0.0061	-0.0248	0.3031	0.017	0.1443	52.6246	62.341	24.2917
11	0.0132	0.1922	-0.0937	0.0863	-0.177	0.0353	0.0113	-0.0069	-0.0815	0.0308	-0.0731	-0.0916	-0.021	-0.0298	0	0.1407	-0.0083	-0.0083	0.1899	-0.0099	0.1823	47.4632	55.614	12.8938
12	0.23	0.1361	0.0799	0.1561	-0.1347	0.2658	-0.0502	0.1926	-0.0445	0.1781	-0.1474	-0.0289	-0.1039	-0.0416	-0.0003	0.2167	0.0138	-0.0116	0.2232	0.0142	0.1735	46.4939	56.8449	20.5886
13	0.0738	-0.0886	-0.1523	0.1514	0.114	0.356	-0.077	-0.0856	0.1036	0.0682	0.0826	0.0619	-0.0082	-0.1546	0	0.1507	0.0059	-0.0297	0.1982	-0.0136	0.1548	40.1081	60.9291	20.4384
14	0.1265	0.0882	-0.0228	0.0067	-0.0065	0.0073	0.0287	0.1293	-0.0358	-0.1621	-0.0986	-0.1221	0.3971	-0.0458	-0.0001	0.1963	-0.0017	-0.0166	0.2345	0.0058	0.1499	38.899	58.1063	3.3828

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 27:103)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 104:116)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 117:142)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 1:14)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 15:26)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 27:42)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 43:51)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 52:71)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 72:80)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 81:103)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 104:116)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 117:136)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 137:143)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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