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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g9m | ||||||
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Title | Crystal structure of the Rhizoctonia solani agglutinin | ||||||
![]() | agglutinin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / carbohydrate-binding specificity | ||||||
Function / homology | Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / carbohydrate binding / Mainly Beta / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Skamnaki, V.T. / Kantsadi, A.L. / Leonidas, D.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural analysis of the Rhizoctonia solani agglutinin reveals a domain-swapping dimeric assembly. Authors: Skamnaki, V.T. / Peumans, W.J. / Kantsadi, A.L. / Cubeta, M.A. / Plas, K. / Pakala, S. / Zographos, S.E. / Smagghe, G. / Nierman, W.C. / Van Damme, E.J. / Leonidas, D.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 99.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 426.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 426.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4g9nC ![]() 2x2sS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15483.156 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 0.1 M sodium acetate, pH 4.2, 20% v/v PEG8000, 0.2 M sodium chloride, 10 mM sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2011 |
Radiation | Monochromator: bent Si(111) crystal, horizontally focusing / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03954 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→20.734 Å / Num. all: 27436 / Num. obs: 27436 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 14.63 % / Biso Wilson estimate: 21.05 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 4.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 37.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2X2S Resolution: 1.601→20.734 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.942 Å2 / ksol: 0.438 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.601→20.734 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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