PDB-1n8v: Chemosensory Protein in complex with bromo-dodecanol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n8v

タイトル

Chemosensory Protein in complex with bromo-dodecanol

要素

chemosensory protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN

機能・相同性

Antennal chemosensory protein a6 / Insect odorant-binding protein A10/Ejaculatory bulb-specific protein 3 / Insect odorant-binding protein A10/Ejaculatory bulb-specific protein 3 / Insect odorant-binding protein A10/Ejaculatory bulb-specific protein 3 superfamily / Insect pheromone-binding family, A10/OS-D / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / BROMO-DODECANOL / Chemosensory protein

機能・相同性情報

生物種

Mamestra brassicae (ヨトウガ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.39 Å

データ登録者

Campanacci, V. / Lartigue, A. / Hallberg, B.M. / Jones, T.A. / Giudici-Orticoni, M.T. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Moth chemosensory protein exhibits drastic conformational changes and cooperativity on ligand binding.
著者: Campanacci, V. / Lartigue, A. / Hallberg, B.M. / Jones, T.A. / Giudici-Orticoni, M.T. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

履歴

登録	2002年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年2月1日	Group: Structure summary
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n8v.cif.gz	66.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n8v.ent.gz	49.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/1n8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/1n8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n8uC 1k19 1kx8 1kx9 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tmy-d 3d9y-2 6lyw-2 3d74-3 3b2n-d 3d75-d 2fch-6 6roz-1 3cdn-d 3a0u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: chemosensory protein

B: chemosensory protein

ヘテロ分子

27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: chemosensory protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: chemosensory protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.460, 54.180, 56.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	chemosensory protein 分子量: 13094.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mamestra brassicae (ヨトウガ) / プラスミド: PET-22B+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9NG96
#2: 化合物	ChemComp-BDD / BROMO-DODECANOL / 12-ブロモ-1-ドデカノ-ル分子量: 265.230 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₅BrO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.58 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 34% MPEG 2000, 0.1M Na cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	34 %	mPEG2000	1	1
2	0.1 M	sodium cacodylate	1	1	pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9197 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月5日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→55 Å / Num. all: 38354 / Num. obs: 38354 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 1.39→1.44 Å / R_merge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 87
反射	PLUS 最低解像度*: 55 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.39→55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 1.536 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20178	1544	4 %	RANDOM
R_work	0.18002	-	-	-
all	0.1809	36789	-	-
obs	0.1809	36789	95.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0.34 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.39→55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1668	0	84	405	2157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.992	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.171	3	3866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.299	3	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.063	15	337
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.025	0.02	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.073	0.02	322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.267	0.3	469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.3	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.5	239
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.321	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.092	0.3	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.187	0.3	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.04	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.771	1.5	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.436	2	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.566	3	759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.843	4.5	730

LS精密化シェル

解像度: 1.39→1.431 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.249	73
R_work	0.221	2331

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 6.978 Å / Origin y: 26.809 Å / Origin z: 13.829 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0006 Å²	-0.0008 Å²	0.0021 Å²	-	0.0059 Å²	-0.0006 Å²	-	-	0.009 Å²
L	0.1322 °²	0.0181 °²	0.0738 °²	-	0.085 °²	-0.0319 °²	-	-	0.6025 °²
S	-0.0207 Å °	-0.0011 Å °	-0.0232 Å °	-0.0007 Å °	-0.0102 Å °	-0.0119 Å °	-0.0028 Å °	-0.0156 Å °	0.0309 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 103	3 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	1 - 103	1 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A - B	C - H	501 - 513	1

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.2 / R_factor R_work: 0.18

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.37

LS精密化シェル

*PLUS

最低解像度: 1.44 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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