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万見
- PDB-4g9j: Protein Ser/Thr phosphatase-1 in complex with cell-permeable peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g9j
タイトルProtein Ser/Thr phosphatase-1 in complex with cell-permeable peptide
要素
  • Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
  • synthetic peptide
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE ACTIVATOR / protein phosphatase 1 / activating peptide / RVxF binding motif / HYDROLASE-HYDROLASE ACTIVATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / branching morphogenesis of an epithelial tube ...regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / branching morphogenesis of an epithelial tube / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / dephosphorylation / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism / Maturation of hRSV A proteins / phosphatase activity / telomere maintenance in response to DNA damage / phosphoprotein phosphatase activity / DARPP-32 events / transition metal ion binding / ribonucleoprotein complex binding / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / adherens junction / lung development / response to lead ion / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / Circadian Clock / presynapse / perikaryon / dendritic spine / iron ion binding / cell division / glutamatergic synapse / nucleolus / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase ...: / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sukackaite, R. / Chatterjee, J. / Beullens, M. / Bollen, M. / Koehn, M. / Hart, D.J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: Development of a Peptide that Selectively Activates Protein Phosphatase-1 in Living Cells.
著者: Chatterjee, J. / Beullens, M. / Sukackaite, R. / Qian, J. / Lesage, B. / Hart, D.J. / Bollen, M. / Kohn, M.
履歴
登録2012年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
C: synthetic peptide
D: synthetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9516
ポリマ－80,8414
非ポリマー1102
水61334
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
C: synthetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4753
ポリマ－40,4202
非ポリマー551
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
D: synthetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4753
ポリマ－40,4202
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.007, 138.007, 113.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / PP-1A


分子量: 37615.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1A, PPP1CA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド synthetic peptide


分子量: 2805.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG6000, 1 M lithium chloride, pH 8.0, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月15日
放射モノクロメーター: channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→97.586 Å / Num. all: 22560 / Num. obs: 22186 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.16-3.335.90.6641.21625027650.66499.7
3.33-3.536.10.372.11599726100.3799.6
3.53-3.785.90.2632.91449024410.26399
3.78-4.086.10.1594.81396622910.15999.2
4.08-4.4760.0987.71271621280.09899.2
4.47-560.0838.81132319030.08398.4
5-5.776.10.0977.71039517120.09798.7
5.77-7.075.80.0848.7842414460.08498.6
7.07-9.995.70.05212.3661911540.05298
9.99-49.115.20.0413.235046690.0496.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
SCALA3.2.19データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FJM

1fjm


解像度: 3.1→97.586 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / WRfactor Rfree: 0.248 / WRfactor Rwork: 0.199 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.793 / SU B: 21.046 / SU ML: 0.369 / SU Rfree: 0.443 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.443 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 928 4.6 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.226 20157 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.57 Å2 / Biso mean: 60.665 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3---1.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→97.586 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4908 0 2 34 4944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0221.9696776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4075608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28624.104251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.23115871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.841534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0390.2731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.22276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.23391
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2470.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7631.53125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3724884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61932132
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7314.51892
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 62 -
Rwork0.312 1429 -
all-1491 -
obs--99.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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