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- PDB-4fxi: Crystal structure of the isolated E. coli RelE toxin, P21 form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fxi
タイトルCrystal structure of the isolated E. coli RelE toxin, P21 form
要素mRNA interferase RelE
キーワードTOXIN / toxin/antitoxin system / nuclease / translational control / stress response / RelB / Ribosome / B-ME on Cys50
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / protein-DNA complex / ribosome binding ...toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / protein-DNA complex / ribosome binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / rRNA binding / negative regulation of translation / transcription cis-regulatory region binding / response to antibiotic / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / RelE-like / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA interferase toxin RelE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8003 Å
データ登録者Brodersen, D.E. / Boggild, A. / Sofos, N.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of the intact E. coli RelBE toxin-antitoxin complex provides the structural basis for conditional cooperativity.
著者: Boggild, A. / Sofos, N. / Andersen, K.R. / Feddersen, A. / Easter, A.D. / Passmore, L.A. / Brodersen, D.E.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: The structural basis for mRNA recognition and cleavage by the ribosome-dependent endonuclease RelE.
著者: Neubauer, C. / Gao, Y.G. / Andersen, K.R. / Dunham, C.M. / Kelley, A.C. / Hentschel, J. / Gerdes, K. / Ramakrishnan, V. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2012年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2012年9月12日ID: 3KHA
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22012年12月26日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA interferase RelE
B: mRNA interferase RelE
C: mRNA interferase RelE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2859
ポリマ－33,7093
非ポリマー5766
水4,846269
1
A: mRNA interferase RelE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3322
ポリマ－11,2361
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: mRNA interferase RelE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5244
ポリマ－11,2361
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: mRNA interferase RelE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4283
ポリマ－11,2361
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: mRNA interferase RelE
C: mRNA interferase RelE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9537
ポリマ－22,4732
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.570, 61.140, 70.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 mRNA interferase RelE / Endoribonuclease RelE / Toxin RelE


分子量: 11236.251 Da / 分子数: 3 / 断片: RelE / 変異: R81A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1563, JW1555, relE / プラスミド: pSC2524HE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0C077, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 0.2 M ammonium sulphate, 30% PEG 5000 MME, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.6 Å / Num. all: 32745 / Num. obs: 32079 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 39.855 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 17.74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.8-1.850.5992.198844236597.4
1.85-1.90.43738579225697.8
1.9-1.950.314.228542224997.5
1.95-2.010.1956.528254217598
2.01-2.080.1518.547924209098.4
2.08-2.150.11210.847715203997.7
2.15-2.230.09412.897578200198.9
2.23-2.320.07615.177146189498.4
2.32-2.430.06118.266892182798.7
2.43-2.550.05121.136595175098.4
2.55-2.680.04524.066301168098.8
2.68-2.850.04226.615920158798.8
2.85-3.040.03729.665497148298.3
3.04-3.290.03432.895086138898.4
3.29-3.60.03135.454661127899
3.6-4.030.0336.954172115998.8
4.03-4.650.02737.873618102098.6
4.65-5.690.02638.43317986998.1
5.69-8.050.02938.04243267497.7
8.050.02735.7792229675.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.49 Å
Translation2.5 Å41.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KHA

3kha
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.8003→41.491 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8382 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2185 1635 5.1 %Random
Rwork0.1838 ---
obs0.1857 32078 98.03 %-
all-32745 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.46 Å2 / Biso mean: 44.7062 Å2 / Biso min: 17.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8003→41.491 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 30 269 2639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0543210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.932945
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8003-1.85330.33971460.270725112657251197
1.8533-1.91310.32921430.24324892632248998
1.9131-1.98150.23931280.225125192647251998
1.9815-2.06090.25811470.202825122659251298
2.0609-2.15460.21781310.188925202651252098
2.1546-2.26820.25411240.193925922716259299
2.2682-2.41030.25821240.188425302654253099
2.4103-2.59640.21721260.190625632689256399
2.5964-2.85760.24271280.208125622690256299
2.8576-3.2710.21351500.194825572707255799
3.271-4.12050.21721430.16625732716257399
4.1205-41.50210.181450.16225152660251595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14220.34240.16810.3940.13561.3144-0.0902-0.3175-0.154-0.18670.23040.32140.4837-0.99870.0050.3812-0.1022-0.00240.364-0.00940.271910.85128.734417.6601
21.26710.96420.17981.27551.06531.40910.2034-0.0335-0.08840.2477-0.2326-0.1254-0.04950.1189-00.1813-0.02850.00770.2742-0.03270.254919.964816.712118.3527
32.48080.38450.34990.07510.03370.0533-0.37650.15630.4463-0.2520.4057-0.2639-0.22840.03610.01770.2967-0.04580.04850.3055-0.13370.210418.01415.03231.1293
40.2778-0.0286-0.58240.4026-0.05841.0287-0.1708-0.0304-0.3118-0.07570.2442-0.4196-0.01350.3118-00.21480.01920.01710.35-0.08990.34122.400411.537512.5125
50.14520.0211-0.2740.4585-0.20870.93560.36750.1209-0.1225-0.9345-0.20620.05350.4978-0.17630.00340.26-0.00660.00920.2622-0.04210.199810.826814.299910.8466
60.29760.5505-0.45251.8699-1.38031.0284-0.1254-0.6988-0.81610.8836-0.3808-1.4451.24540.7446-0.09320.90270.08060.03130.7658-0.07270.859825.8599-0.05078.261
72.3482-0.71010.48360.2421-0.1230.12760.03761.0802-0.0506-0.1636-0.1813-0.40961.3810.7055-0.03910.5736-0.02410.04860.4383-0.09390.319314.78644.29535.1752
80.21-0.142-0.2940.69780.11131.0861-0.03070.38320.2203-0.4397-0.011-0.0199-0.37850.07190.00190.2848-0.0469-0.04170.29390.09020.320130.514941.55297.2119
90.33060.7883-0.14061.7414-0.00740.7758-0.0450.2216-0.2235-0.2312-0.0717-0.22240.2925-0.0329-0.00040.2430.04530.02320.29540.04770.265731.549430.37257.2932
100.9631-0.2177-0.74771.40750.74991.43350.19960.0050.08350.7517-0.573-0.4194-0.1153-0.0097-0.1930.2636-0.0375-0.04660.28270.07940.337729.93830.68617.902
110.83641.0627-0.62151.0698-0.34451.5040.1153-0.28490.07110.1095-0.0638-0.076-0.24410.13560.00240.12940.0299-0.01950.23350.02460.191827.975437.202212.027
120.62380.435-0.57550.2574-0.36940.45590.03490.56720.368-0.59240.2139-0.2862-0.62560.15940.0120.5559-0.07540.00630.39140.09730.354149.617521.732426.0955
131.71370.5055-0.35110.2577-0.02290.9762-0.1516-1.0817-0.41230.7575-0.0966-0.10830.25740.5805-0.08140.3842-0.0703-0.01710.29740.00690.271945.593317.072840.8983
140.22730.02050.02710.0649-0.040.0252-0.4488-0.261-0.05130.32430.26480.9422-0.111-0.55480.00020.43810.07790.0590.35740.02360.434834.727416.944140.1078
152.6591-0.62920.37930.6620.59882.3042-0.14720.4695-0.1096-0.3989-0.02910.0483-0.4591-0.0907-0.05630.33280.0034-0.04520.18250.02680.282640.997116.193229.8244
161.34551.59780.06152.26740.11152.72690.1099-0.3185-0.45091.5154-0.4618-0.2361-0.7645-0.2813-0.0750.4633-0.14480.02770.4754-0.00980.282634.178541.371820.7524
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:18)A2 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 19:42)A19 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 43:49)A43 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 50:65)A50 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 66:80)A66 - 80
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 81:85)A81 - 85
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 86:95)A86 - 95
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 2:14)B2 - 14
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 15:43)B15 - 43
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 44:59)B44 - 59
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 60:80)B60 - 80
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 81:95)B81 - 95
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 2:22)C2 - 22
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 23:35)C23 - 35
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 36:83)C36 - 83
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 84:95)C84 - 95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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