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万見
- PDB-6z2b: Toprim domain of RNase M5 bound with two Mg2+ ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z2b
タイトルToprim domain of RNase M5 bound with two Mg2+ ions
要素Ribonuclease M5
キーワードHYDROLASE / Toprim domain / ribonuclease / magnesium binding / RNase M5 / ribosomal RNA ribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease M5 / ribonuclease M5 activity / rRNA processing / rRNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease M5 / Ribonuclease M5, C-terminal domain / Domain of unknown function (DUF4093) / Ribonuclease M5-like, TOPRIM domain / Toprim domain / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. ...Ribonuclease M5 / Ribonuclease M5, C-terminal domain / Domain of unknown function (DUF4093) / Ribonuclease M5-like, TOPRIM domain / Toprim domain / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.138 Å
データ登録者Oerum, S. / Catala, M. / Tisne, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0009 フランス
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural studies of RNase M5 reveal two-metal-ion supported two-step dsRNA cleavage for 5S rRNA maturation.
著者: Oerum, S. / Catala, M. / Bourguet, M. / Gilet, L. / Barraud, P. / Cianferani, S. / Condon, C. / Tisne, C.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease M5
B: Ribonuclease M5
C: Ribonuclease M5
D: Ribonuclease M5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1626
ポリマ－50,1134
非ポリマー492
水1,856103
1
A: Ribonuclease M5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5281
ポリマ－12,5281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6020 Å2
手法PISA
2
B: Ribonuclease M5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5773
ポリマ－12,5281
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6510 Å2
手法PISA
3
C: Ribonuclease M5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5281
ポリマ－12,5281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5780 Å2
手法PISA
4
D: Ribonuclease M5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5281
ポリマ－12,5281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.700, 30.320, 158.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease M5 / RNase M5 / Ribosomal RNA terminal maturase M5


分子量: 12528.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: rnmV, B4109_0079, B4114_0027, D9548_05595, TGS27_1231
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A087LGV4, ribonuclease M5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% (w/v) polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.138→43.675 Å / Num. obs: 23254 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.99
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / Num. unique obs: 2238 / CC1/2: 0.633

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TG6

6tg6


解像度: 2.138→43.675 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 1161 5 %
Rwork0.1989 --
obs0.203 23233 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.88 Å2 / Biso mean: 64.163 Å2 / Biso min: 30.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.138→43.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3235 0 2 103 3340
Biso mean--65.15 56.26 -
残基数----420
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.392-0.5706-1.40424.6472-0.34278.41570.02240.12110.4155-0.12730.07480.4501-0.4103-0.7529-0.08040.37320.0323-0.01530.2887-0.02890.3956-3.5768-0.28728.2534
26.61380.8125-0.92643.6296-0.22086.8060.017-0.2567-0.00980.1520.014-0.1262-0.12350.2278-0.03960.36730.01160.02020.265-0.01460.312816.73322.03659.3101
35.99441.311-1.43334.8198-1.92027.27340.2358-0.82540.34490.2897-0.1875-0.1165-0.39160.7696-0.01470.4264-0.12540.03390.5563-0.08420.36716.2562-10.622249.2695
46.14820.00480.52223.0687-0.83826.4719-0.0985-0.4869-0.3035-0.09870.20610.21490.2841-0.5947-0.10120.487-0.13570.0840.7461-0.03090.4226-12.5896-17.533167.6267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 2:113)A2 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 0:113)B0 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:113)C1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 1:113)D1 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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