PDB-4fma: EspG structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fma

タイトル

EspG structure

要素

EspG protein

キーワード

PROTEIN BINDING / alpha and beta fold / Rab1 GAP / Rab1 GTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Shao, F. / Zhu, Y. / Hu, L.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Structurally Distinct Bacterial TBC-like GAPs Link Arf GTPase to Rab1 Inactivation to Counteract Host Defenses.
著者: Dong, N. / Zhu, Y. / Lu, Q. / Hu, L. / Zheng, Y. / Shao, F.

履歴

登録	2012年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月3日	Group: Database references
改定 1.2	2018年12月5日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fma.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fma.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fma.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fma_validation.pdf.gz	558.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fma_full_validation.pdf.gz	648.6 KB	表示
XML形式データ	4fma_validation.xml.gz	171 KB	表示
CIF形式データ	4fma_validation.cif.gz	239.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/4fma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/4fma	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fmbC 4fmcC 4fmdC 4fmeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yoo-4 3pcs-1 3q1c-d 6j88-2 3pqv-2 6tr7-d 5k5x-d 3ie7-d 6pqs-d 5kdy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EspG protein

B: EspG protein

C: EspG protein

D: EspG protein

E: EspG protein

F: EspG protein

G: EspG protein

H: EspG protein

I: EspG protein

J: EspG protein

K: EspG protein

L: EspG protein

ヘテロ分子

467 kDa, 12 ポリマー
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1

A: EspG protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
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2

B: EspG protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: EspG protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: EspG protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
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5

E: EspG protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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6

F: EspG protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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7

G: EspG protein

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: EspG protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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9

I: EspG protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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10

J: EspG protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
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11

K: EspG protein

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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12

L: EspG protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
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13

A: EspG protein

ヘテロ分子

C: EspG protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 2 ポリマー
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14

F: EspG protein

ヘテロ分子

B: EspG protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 2 ポリマー
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15

D: EspG protein

K: EspG protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 2 ポリマー
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16

E: EspG protein

I: EspG protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
77.8 kDa, 2 ポリマー
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17

L: EspG protein

ヘテロ分子

G: EspG protein

ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 2 ポリマー
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18

H: EspG protein

J: EspG protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.615, 167.739, 361.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	EspG protein 分子量: 38875.531 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: espG / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5WMC0
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2605 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 310382 / Num. obs: 310382 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 0.975 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.23	7.5	0.412	30660	0.753	1	99.9
2.23-2.32	7.5	0.324	30824	0.929	1	99.9
2.32-2.42	7.5	0.229	30797	0.757	1	100
2.42-2.55	7.5	0.185	30796	0.78	1	100
2.55-2.71	7.5	0.144	30920	0.814	1	100
2.71-2.92	7.5	0.101	30887	0.841	1	100
2.92-3.21	7.5	0.065	31009	0.935	1	100
3.21-3.68	7.5	0.05	31110	1.249	1	100
3.68-4.63	7.4	0.044	31308	1.684	1	100
4.63-50	7.2	0.027	32071	1.014	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0072	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.987 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2388	15668	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2001	-	-	-
all	0.202	310382	-	-
obs	0.202	310196	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.32 Å² / B_iso mean: 37.119 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31998	0	41	2605	34644

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	32636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.145	1.971	44307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.4	5	4129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.693	24.384	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.739	15	5565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.028	15	243
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	5154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	24634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.44	1.5	20815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.851	2	33726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.259	3	11821
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.128	4.5	10581

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5791	0.4034	0.0803	2.5289	0.9492	6.2324	-0.0753	-0.092	0.1465	0.1844	-0.0673	-0.0307	-0.1359	0.3968	0.1426	0.0258	-0.0213	-0.0229	0.2029	0.0926	0.1426	54.8499	98.6211	93.4147
2	1.0339	-0.1283	0.2124	0.7697	-0.1863	1.3704	0.0043	0.077	0.0113	0.0579	-0.0704	0.0281	-0.01	-0.0127	0.0662	0.0059	0.0079	0.0034	0.1437	0.0394	0.0833	39.7963	90.3517	90.4784
3	0.9041	-0.0957	0.1677	0.8898	-0.2548	1.8573	-0.0312	-0.0151	-0.062	0.0354	-0.0566	-0.0193	0.0748	-0.1296	0.0878	0.0089	0.0064	0.0056	0.1428	0.0354	0.0962	37.6729	87.0662	93.1381
4	3.8857	-0.6521	4.3675	1.425	0.0262	12.0217	0.0179	0.3537	0.0291	-0.3505	-0.2046	-0.2691	0.3199	1.1321	0.1867	0.1788	0.0507	0.0634	0.2018	0.0888	0.1186	58.4639	105.3265	201.2352
5	5.1952	0.6397	-1.0015	2.6861	-0.0535	5.1333	-0.0864	0.3368	-0.0447	-0.0998	-0.0188	-0.1056	-0.2816	0.0952	0.1051	0.1191	-0.0674	-0.024	0.0607	0.0221	0.0373	49.6553	105.6051	209.7066
6	0.6676	0.0478	0.1638	1.1005	-0.0982	1.7169	-0.0091	0.0302	-0.0008	-0.0285	-0.0465	0.0069	0.0515	-0.0394	0.0556	0.0793	-0.0307	-0.0111	0.0175	0.0087	0.0526	36.6092	95.9001	209.1063
7	5.4361	-1.1937	3.2874	5.5206	-1.8955	6.8582	0.0119	-0.9031	-0.621	0.7176	0.0528	0.3359	0.4155	-0.9707	-0.0646	0.2108	-0.1414	0.1414	0.5153	-0.0344	0.2287	25.8088	9.7938	148.481
8	1.3054	0.2786	0.3569	0.6005	0.231	1.9453	-0.0116	-0.0654	-0.0861	0.114	-0.0735	0.0677	0.0945	-0.2563	0.085	0.0299	-0.0102	0.0111	0.1083	-0.0662	0.0753	38.1865	14.054	129.3015
9	0.8845	0.0876	0.7587	8.1768	-4.3894	8.9941	0.0448	0.0775	-0.1101	0.6159	-0.1275	-0.0407	-0.6172	0.3479	0.0827	0.0675	-0.0004	-0.0281	0.1606	-0.0841	0.1241	47.1094	16.8816	129.5882
10	2.0389	-0.7147	-2.6086	3.1489	-0.6643	8.468	-0.0568	-0.4348	-0.2715	0.3008	-0.1349	-0.4651	0.4527	0.8138	0.1917	0.1706	-0.0261	-0.0397	0.1366	0.0689	0.2801	28.5452	42.2335	220.7637
11	1.003	-0.2644	-0.4406	2.5294	0.1142	1.6299	-0.0651	-0.0776	-0.1226	-0.0794	0.0265	0.0447	0.189	-0.0273	0.0386	0.1116	-0.0536	0.0276	0.043	0.0063	0.046	19.1821	52.7893	216.4146
12	1.8247	0.2332	-0.9769	1.5485	-0.1517	1.9759	-0.0744	-0.0491	-0.0512	-0.1254	-0.0053	-0.0751	-0.0111	0.0548	0.0797	0.1061	-0.0534	0.0378	0.0341	-0.0202	0.0517	25.8297	66.5474	208.7227
13	1.0769	-0.3978	-0.164	1.4284	0.0136	1.8154	-0.1011	0.1019	-0.1652	-0.149	0.0176	0.0539	0.3298	0.0557	0.0835	0.097	0.0171	0.0479	0.0797	0.0491	0.088	55.0019	55.563	104.3069
14	0.8872	-0.1985	0.3991	1.4003	-0.4444	2.5582	-0.1229	0.0197	-0.1178	0.216	0.067	0.0264	0.2064	0.0727	0.0559	0.1033	0.055	0.065	0.0822	0.0709	0.0854	53.4405	58.4171	122.6458
15	2.6861	0.4367	1.3446	2.1189	-0.0932	3.5881	-0.0598	0.0486	-0.0321	-0.0346	0.072	0.1899	0.0582	-0.0728	-0.0122	0.0519	0.0497	0.0552	0.0678	0.0678	0.0847	50.3837	62.8912	111.2244
16	2.687	-0.1008	0.6041	4.1701	0.2958	3.6049	-0.0678	0.3609	-0.2561	-0.4338	-0.1329	-0.0016	0.4082	0.3079	0.2007	0.1744	0.0638	0.0892	0.1064	-0.0085	0.084	13.2125	137.394	98.3275
17	0.4791	-0.1777	0.2559	1.3697	-0.6344	2.1445	-0.0611	0.0374	-0.0948	0.0507	0.0233	0.1009	0.2564	0.0092	0.0377	0.0671	0.0092	0.0501	0.0307	0.0143	0.0699	2.7755	144.8224	117.1868
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23	1.5487	-0.5877	0.5387	1.4864	-0.7633	3.0119	0.014	0.0182	-0.0416	-0.0643	-0.0606	0.11	-0.1728	-0.2415	0.0466	0.1265	0.0696	-0.0869	0.0503	-0.0466	0.0631	17.2284	120.1137	184.6938
24	11.7714	0.7366	-0.3547	5.9867	0.1878	0.0186	0.1648	-0.8012	-0.5472	0.3015	-0.2164	0.9551	0.0063	0.0085	0.0516	0.1011	-0.0104	0.0233	0.2534	0.0252	0.2381	4.1463	110.6286	202.6073
25	2.7591	0.5075	-0.775	6.6012	-1.476	7.0667	0.2892	-0.5177	0.3294	0.8061	-0.1947	-0.4115	-0.4142	1.0352	-0.0945	0.2297	-0.0319	0.0142	0.2961	0.0328	0.2193	61.5914	64.7059	160.6348
26	1.6095	0.112	-1.0788	1.2352	-0.611	2.6971	0.2535	0.1277	0.2186	0.0937	-0.0225	0.1025	-0.4333	-0.2541	-0.231	0.2258	0.1284	0.1129	0.0819	0.0685	0.1063	40.8237	68.9128	151.307
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28	1.7143	0.6157	0.896	1.1586	1.6885	10.5076	0.0221	0.343	0.1768	-0.214	-0.0907	-0.1583	-0.6078	0.7966	0.0686	0.1388	0.0618	-0.0335	0.254	0.0589	0.2069	23.0041	126.0322	140.2025
29	1.2478	0.0237	0.6067	1.6332	-0.026	2.2037	-0.0071	0.0711	-0.0752	0.0447	0.0773	-0.1458	0.1763	0.1671	-0.0702	0.1614	0.1158	-0.0584	0.089	-0.0501	0.0514	19.1694	109.4321	150.7177
30	1.519	0.0244	1.0938	1.4925	0.4415	2.6967	0.094	0.1289	-0.2954	0.1475	0.062	-0.0332	0.4147	0.1094	-0.156	0.2444	0.1063	-0.0893	0.0654	-0.0604	0.1275	16.1076	100.5882	146.5819
31	3.6142	-0.1869	1.8373	7.1362	-0.5435	4.3826	-0.1374	0.6855	-0.0463	-0.3875	-0.0851	1.0711	0.2041	-0.9526	0.2225	0.1038	-0.119	0.0169	0.6317	-0.1447	0.2485	8.5168	35.8577	156.701
32	1.8637	0.6447	-0.5076	1.5182	-0.0592	2.38	0.1289	0.0945	-0.0351	0.185	-0.1318	0.0975	-0.0084	-0.2245	0.0029	0.1031	-0.0116	0.0593	0.0604	-0.0218	0.045	21.907	43.3236	173.4852
33	1.644	-3.1146	-0.2098	8.8337	-4.5549	10.6542	0.2853	0.1535	-0.1077	-0.468	0.0311	0.7689	-0.3384	-1.0831	-0.3164	0.1732	0.1524	0.0081	0.276	-0.0456	0.3232	9.8015	55.3335	161.4871
34	3.223	0.5405	0.598	2.0184	0.2961	4.3208	0.0373	0.1428	0.2155	0.1489	-0.0502	-0.1054	-0.1103	0.31	0.013	0.0163	-0.0279	-0.009	0.2129	0.0185	0.1574	13.6973	15.0218	94.9314
35	1.784	-0.0996	0.7855	1.0395	-0.4395	1.1568	-0.043	0.0707	0.1482	0.0575	0.0324	0.0675	-0.0595	-0.0782	0.0106	0.0064	0.0011	0.0113	0.1557	0.0265	0.0788	-8.5637	10.0896	90.2538
36	1.9059	-0.4749	0.7335	2.163	-0.0727	3.7548	-0.004	0.0583	0.0354	0.1621	-0.0671	-0.0706	0.0967	0.0194	0.0711	0.0166	-0.0068	0.0067	0.1255	0.032	0.0847	-3.5488	5.2579	94.0488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	74 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	215 - 350
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 21
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	22 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 351
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 24
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	25 - 331
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	332 - 350
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 36
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	37 - 150
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	151 - 350
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	1 - 184
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	185 - 271
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	272 - 351
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	2 - 94
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	95 - 269
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	276 - 351
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	2 - 79
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	80 - 161
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	162 - 350
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	2 - 198
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	199 - 346
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	347 - 351
25	X-RAY DIFFRACTION	25	I	1 - 28
26	X-RAY DIFFRACTION	26	I	29 - 346
27	X-RAY DIFFRACTION	27	I	347 - 351
28	X-RAY DIFFRACTION	28	J	2 - 23
29	X-RAY DIFFRACTION	29	J	24 - 225
30	X-RAY DIFFRACTION	30	J	226 - 350
31	X-RAY DIFFRACTION	31	K	1 - 33
32	X-RAY DIFFRACTION	32	K	34 - 345
33	X-RAY DIFFRACTION	33	K	346 - 351
34	X-RAY DIFFRACTION	34	L	2 - 103
35	X-RAY DIFFRACTION	35	L	104 - 271
36	X-RAY DIFFRACTION	36	L	274 - 351

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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